PDB-5osx: Translation initiation factor 4E in complex with m7G(5'S)ppp(5'S)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5osx

タイトル

Translation initiation factor 4E in complex with m7G(5'S)ppp(5'S)G mRNA 5' cap analog

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E

キーワード

TRANSLATION / Protein-ligand complex / translation initiation factor / eIF4E / m7G(5'S)ppp(5'S)G / phosphorothiolate / mRNA 5' cap analog

機能・相同性

機能・相同性情報

translation repressor complex / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Warminski, M. / Nowak, E. / Wojtczak, B.A. / Fac-Dabrowska, K. / Kubacka, D. / Nowicka, A. / Sikorski, P.J. / Kowalska, J. / Jemielity, J. / Nowotny, M.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: 5'-Phosphorothiolate Dinucleotide Cap Analogues: Reagents for Messenger RNA Modification and Potent Small-Molecular Inhibitors of Decapping Enzymes.
著者: Wojtczak, B.A. / Sikorski, P.J. / Fac-Dabrowska, K. / Nowicka, A. / Warminski, M. / Kubacka, D. / Nowak, E. / Nowotny, M. / Kowalska, J. / Jemielity, J.

履歴

登録	2017年8月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5osx.cif.gz	265.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5osx.ent.gz	213.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5osx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/5osx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/5osx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5osyC 1l8bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gkk-4 5m7x-3 5j5o-2 6gkj-4 6gkl-4 5j5o-3 5m7w-1 5m81-4 5m7x-4 5m7z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (17)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

90.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

登録者が定義した集合体
22.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

登録者が定義した集合体
22.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	37.843, 37.855, 145.987
Angle α, β, γ (deg.)	86.56, 84.56, 77.05
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / mRNA cap-binding protein / eIF-4F 25 kDa subunit 分子量: 22145.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eif4e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63073
#2: 化合物	ChemComp-AKW / [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanyl-[[[(3~{R},4~{S})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanyl-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-phosphinic acid 分子量: 835.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₁₀O₁₆P₃S₂
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M BIS-TRIS propane pH 9.0, 20% v/v PEG MME 550 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 57473 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.43 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 10.08
反射シェル	解像度: 1.92→2.03 Å / 冗長度: 2.34 % / R_merge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 9143 / CC_1/2: 0.822 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L8B

1l8b

解像度: 1.92→48.405 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2689	2100	3.65 %
R_work	0.2243	-	-
obs	0.2259	57460	95.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→48.405 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4772	0	67	217	5056

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9	6842
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.822	2925
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	747
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	870

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9155-1.96	0.3001	133	0.2909	3526	X-RAY DIFFRACTION	91
1.96-2.009	0.3042	140	0.2721	3686	X-RAY DIFFRACTION	96
2.009-2.0634	0.3151	141	0.2579	3723	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0634-2.1241	0.3257	143	0.2526	3762	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1241-2.1926	0.2804	140	0.2498	3700	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1926-2.271	0.3037	141	0.2437	3701	X-RAY DIFFRACTION	96
2.271-2.3619	0.2827	144	0.2266	3819	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3619-2.4694	0.29	141	0.236	3709	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4694-2.5996	0.2682	142	0.2271	3738	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5996-2.7625	0.2912	143	0.2211	3765	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7625-2.9757	0.2552	142	0.2164	3754	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9757-3.2751	0.2473	139	0.2154	3665	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2751-3.7489	0.2568	138	0.1973	3629	X-RAY DIFFRACTION	93
3.7489-4.7226	0.2421	136	0.1962	3582	X-RAY DIFFRACTION	92
4.7226-48.42	0.2691	137	0.2463	3601	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1775	3.2644	4.101	4.3722	4.0622	4.8587	0.2834	0.1109	-0.1664	0.5	0.392	-0.9949	0.1001	0.6801	-0.5913	0.37	-0.056	-0.064	0.2791	-0.0909	0.6654	-49.2877	75.6615	-6.4513
2	4.4247	-0.0605	0.7743	0.0369	-0.0192	0.1431	-0.051	-0.0918	0.0522	-0.1469	0.0422	0.1779	0.0592	-0.1568	0.0412	0.2448	-0.0197	0.0195	0.1622	-0.0184	0.4131	-75.9338	66.845	-12.8946
3	4.6864	0.827	1.2763	1.0911	0.4742	1.0288	-0.1286	-0.1684	0.8311	0.0584	-0.0722	0.253	-0.194	-0.1662	0.1975	0.2391	0.0079	-0.0153	0.1596	-0.0407	0.3355	-63.0818	69.1181	-7.7638
4	2.3117	-0.666	0.3324	3.0485	0.0262	2.5814	-0.0247	0.2288	-0.0383	-0.4556	-0.0453	-0.0305	0.1627	-0.0914	0.0797	0.2579	-0.0234	0.0123	0.1327	-0.0173	0.2712	-64.2598	63.0773	-19.8809
5	4.1614	-1.5386	0.1684	3.8794	0.5944	2.5811	0.0942	0.8167	-0.1334	-0.9074	-0.0939	-0.1921	0.09	0.1327	-0.0269	0.4747	-0.0142	0.0746	0.3048	-0.0636	0.2191	-59.546	60.653	-31.027
6	9.2125	0.3218	-3.2477	4.0275	-3.0416	9.5529	0.545	0.5352	0.2773	0.1718	-0.1744	0.1742	-0.8727	-0.1378	-0.3423	0.2384	0.0128	0.098	0.3214	-0.0309	0.4422	-34.3958	58.2541	-65.2165
7	3.4872	4.5485	-0.3291	7.019	-0.6992	0.1163	-0.0546	-0.0402	-0.6117	-0.115	-0.0934	-0.4836	0.0867	0.0152	0.1537	0.1858	0.0225	0.062	0.249	0.0007	0.5196	-45.9356	36.0344	-60.5469
8	1.2296	-0.5992	0.2432	1.7281	-0.8492	3.1016	0.0286	-0.1007	-0.0076	-0.0719	-0.0953	-0.0765	0.187	0.0367	0.0808	0.146	0.0116	0.0643	0.2486	0.0123	0.3255	-45.5165	44.8561	-59.5846
9	3.0133	-0.3801	0.08	1.3737	-0.3684	2.0718	-0.1539	-0.433	0.144	0.2527	0.0316	0.1524	-0.0575	-0.2216	0.1314	0.1727	0.0399	0.0715	0.2711	-0.0458	0.3823	-50.887	49.5294	-51.3692
10	2.8652	-1.5826	-0.4515	3.9856	-0.5573	3.8486	-0.3554	-0.9832	0.216	0.5597	0.4397	0.1704	-0.0293	-0.2584	-0.085	0.3219	0.1066	0.0829	0.5188	-0.0811	0.2464	-50.877	52.2271	-42.0098
11	4.8466	-1.1991	2.4331	6.3033	-5.3596	5.3046	0.293	0.8996	0.2824	-0.6063	-0.4819	-0.1537	0.498	0.1678	0.1681	0.2697	0.1572	0.0679	0.6591	-0.0734	0.3639	-52.7331	45.3478	-77.5078
12	3.1103	2.6031	-0.0069	3.5045	-1.1326	1.3521	-0.2673	0.5169	0.909	-0.0435	0.2454	0.5647	-0.1753	-0.13	-0.4482	0.2702	-0.028	0.1025	0.5689	0.4323	0.7985	-65.8192	66.9606	-82.8442
13	6.4799	0.2015	-0.5599	2.3606	0.2981	6.216	0.2428	0.7852	1.0574	-0.0681	0.1062	0.141	-0.1066	0.2104	-0.281	0.2336	-0.0037	0.0591	0.5119	0.1295	0.3321	-61.7139	53.6049	-76.2946
14	1.9116	-0.1368	0.0272	0.541	-0.0484	0.8207	0.1489	1.0723	0.852	-0.1379	0.0564	0.1478	-0.2961	-0.3207	-0.342	0.232	0.1265	0.1922	0.8044	0.3668	0.7212	-67.0281	61.635	-85.4747
15	0.5147	1.0163	0.1859	2.0087	0.3653	0.0682	0.0907	0.8717	0.4381	-0.3021	0.199	0.7181	-0.1979	-0.4304	-0.2592	0.3383	0.0059	0.0098	1.087	0.2737	0.5007	-74.8689	52.6489	-87.8276
16	0.351	0.8087	-0.3566	1.9892	-0.2009	3.106	-0.0936	1.2312	0.1008	-0.3662	0.3146	0.2172	-0.004	0.1831	-0.2018	0.4274	0.0057	-0.0563	1.3221	0.1319	0.4084	-66.6784	52.6994	-94.4328
17	3.8356	-0.5695	0.4795	3.753	-0.6534	2.924	0.2641	-0.3724	-0.1314	0.6626	-0.0779	-0.998	-0.2636	0.2771	-0.2228	0.6613	-0.0677	-0.1759	0.2297	-0.0369	0.4441	-57.5666	52.9442	6.9936
18	3.1011	-2.8501	-0.8049	7.0763	-0.4731	2.2337	0.1288	0.1051	-0.4776	0.0916	0.1936	-0.1354	0.6208	-0.041	-0.2908	0.4359	-0.0507	-0.121	0.1973	-0.031	0.2976	-61.8535	43.503	2.7572
19	0.648	0.5275	0.1814	0.6717	0.8059	1.8541	0.3011	-0.4079	-0.3447	0.6564	0.1056	-0.5258	0.2645	0.3928	-0.2932	1.0913	-0.1233	-0.6647	0.5431	0.0025	0.8498	-51.0206	45.7439	16.5748
20	1.5955	0.1063	0.1944	0.2072	0.1897	0.7425	0.1881	-0.0737	-0.4403	0.6817	-0.057	-0.2312	0.331	0.0338	-0.0327	1.2304	-0.1878	-0.337	0.2121	0.0251	0.4447	-61.8424	40.5424	16.9539

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 55 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 56 through 78 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 79 through 172 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 173 through 217 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 32 through 42 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 43 through 66 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 67 through 110 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 111 through 172 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 173 through 217 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 32 through 42 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 43 through 60 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 61 through 78 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 79 through 112 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 113 through 138 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 139 through 200 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 34 through 68 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 69 through 84 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 85 through 112 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 113 through 167 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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