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- PDB-5oe6: Crystal structure of the N-terminal domain of PqsA in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oe6
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of PqsA in complex with 6-fluoroanthraniloyl-AMP (crystal form 1)
要素Anthranilate--CoA ligase
キーワードLIGASE / PQS / PqsA / Anthranilate / Anthraniloyl-AMP / Anthraniloyl-CoA / Pseudomonas Quinolone Signal / Pseudomonas aeruginosa / Quorum Sensing / Aryl-CoA ligase / ANL superfamily / Fluor / 6FABA / 6-fluoroanthranilate / 6-fluoroanthraniloyl-AMP / 6FABA-AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate-CoA ligase / anthranilate-CoA ligase activity / acid-thiol ligase activity / secondary metabolite biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-fluoroanthraniloyl-AMP / TRIETHYLENE GLYCOL / Anthranilate--CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Witzgall, F. / Ewert, W. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Structures of the N-Terminal Domain of PqsA in Complex with Anthraniloyl- and 6-Fluoroanthraniloyl-AMP: Substrate Activation in Pseudomonas Quinolone Signal (PQS) Biosynthesis.
著者: Witzgall, F. / Ewert, W. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2017年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthranilate--CoA ligase
B: Anthranilate--CoA ligase
C: Anthranilate--CoA ligase
D: Anthranilate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,6689
ポリマ－177,5814
非ポリマー2,0885
水26,0141444
1
A: Anthranilate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8802
ポリマ－44,3951
非ポリマー4841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Anthranilate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8802
ポリマ－44,3951
非ポリマー4841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Anthranilate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0303
ポリマ－44,3951
非ポリマー6352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Anthranilate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8802
ポリマ－44,3951
非ポリマー4841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.558, 84.130, 138.212
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...
21(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...
31(chain C and (resid 3 through 12 or (resid 13...
41(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRPHEPHE(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA3 - 123 - 12
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA1313
13THRTHRASPASP(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA3 - 3993 - 399
14THRTHRASPASP(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA3 - 3993 - 399
15THRTHRASPASP(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA3 - 3993 - 399
16THRTHRASPASP(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA3 - 3993 - 399
17THRTHRASPASP(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA3 - 3993 - 399
18THRTHRASPASP(chain A and (resid 3 through 12 or (resid 13...AA3 - 3993 - 399
21THRTHRPHEPHE(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB3 - 123 - 12
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB1313
23SERSER9SN9SN(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB - F2 - 9002
24SERSER9SN9SN(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB - F2 - 9002
25SERSER9SN9SN(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB - F2 - 9002
26SERSER9SN9SN(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB - F2 - 9002
27SERSER9SN9SN(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB - F2 - 9002
28SERSER9SN9SN(chain B and (resid 3 through 12 or (resid 13...BB - F2 - 9002
31THRTHRPHEPHE(chain C and (resid 3 through 12 or (resid 13...CC3 - 123 - 12
32ARGARGARGARG(chain C and (resid 3 through 12 or (resid 13...CC1313
33SERSERPGEPGE(chain C and (resid 3 through 12 or (resid 13...CC - H2 - 9012
34SERSERPGEPGE(chain C and (resid 3 through 12 or (resid 13...CC - H2 - 9012
35SERSERPGEPGE(chain C and (resid 3 through 12 or (resid 13...CC - H2 - 9012
36SERSERPGEPGE(chain C and (resid 3 through 12 or (resid 13...CC - H2 - 9012
37SERSERPGEPGE(chain C and (resid 3 through 12 or (resid 13...CC - H2 - 9012
38SERSERPGEPGE(chain C and (resid 3 through 12 or (resid 13...CC - H2 - 9012
41THRTHRPROPRO(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD3 - 183 - 18
42THRTHRLEULEU(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD20 - 3020 - 30
43ARGARGCYSCYS(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD32 - 3532 - 35
44THRTHRARGARG(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD37 - 5537 - 55
45VALVALALAALA(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD57 - 6757 - 67
46LEULEUSERSER(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD69 - 8769 - 87
47ARGARGARGARG(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD8888
48THRTHR9SN9SN(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD - I3 - 9003
49THRTHR9SN9SN(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD - I3 - 9003
410THRTHR9SN9SN(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD - I3 - 9003
411THRTHR9SN9SN(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD - I3 - 9003
412THRTHR9SN9SN(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD - I3 - 9003
413THRTHR9SN9SN(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD - I3 - 9003
414THRTHR9SN9SN(chain D and (resid 3 through 18 or resid 20...DD - I3 - 9003

-
要素

#1: タンパク質
Anthranilate--CoA ligase


分子量: 44395.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: pqsA, PA0996 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4X3, anthranilate-CoA ligase
#2: 化合物
ChemComp-9SN / 6-fluoroanthraniloyl-AMP


分子量: 484.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18FN6O8P
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 100 tri-sodium citrate, 250 mM ammonium acetate, 27.9% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→46.023 Å / Num. obs: 188926 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 9.61 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.67-1.750.8790.6340.4270.98198.9
9.15-46.025.40.060.9970.0280.06698

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
PHENIX1.12rc2_2821精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Coot0.8.8モデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.67→46.023 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 33.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3132 9229 4.89 %
Rwork0.2695 --
obs0.2716 188879 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.68 Å2 / Biso mean: 22.2109 Å2 / Biso min: 0.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.67→46.023 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12019 0 228 1444 13691
Biso mean--15.67 22.2 -
残基数----1570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77317201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2117568
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8551X-RAY DIFFRACTION8.683TORSIONAL
12B8551X-RAY DIFFRACTION8.683TORSIONAL
13C8551X-RAY DIFFRACTION8.683TORSIONAL
14D8551X-RAY DIFFRACTION8.683TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.67-1.6890.35992840.31435913619799
1.689-1.70880.36053110.31745935624699
1.7088-1.72970.34233310.31055836616799
1.7297-1.75160.37462950.30786001629699
1.7516-1.77460.38572880.3075902619099
1.7746-1.79890.35453300.30195951628199
1.7989-1.82460.35582940.29815896619099
1.8246-1.85190.34822930.29325901619499
1.8519-1.88080.33252780.28556032631099
1.8808-1.91170.31223380.283659556293100
1.9117-1.94460.34543180.290459826300100
1.9446-1.980.36023150.286359656280100
1.98-2.01810.34343290.283159636292100
2.0181-2.05930.31452890.271360196308100
2.0593-2.1040.30923180.265360196337100
2.104-2.1530.30253190.262159746293100
2.153-2.20680.31432910.261560026293100
2.2068-2.26650.28952910.266360166307100
2.2665-2.33320.31583100.261559856295100
2.3332-2.40850.30373000.257960106310100
2.4085-2.49460.30073180.251559946312100
2.4946-2.59440.28243010.255460116312100
2.5944-2.71250.31043050.257560546359100
2.7125-2.85550.30723380.250859576295100
2.8555-3.03440.30142820.257560466328100
3.0344-3.26860.30022920.269260596351100
3.2686-3.59740.32243300.265560196349100
3.5974-4.11770.27253050.255760216326100
4.1177-5.18670.27782900.235461026392100
5.1867-46.0410.30133460.28536130647699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84720.2983-0.26321.3871-0.11330.57320.01640.00450.03520.0726-0.02160.0975-0.0739-0.0901-0.00670.30230.0193-0.02110.2579-0.04450.116713.95285.71917.542
20.158-0.01820.03620.45960.04410.19070.01480.02740.0757-0.09290.0770.0344-0.139-0.1083-0.07390.41660.01750.01910.27050.01780.176416.4153-4.41535.7868
30.5013-0.2579-0.20430.94110.67450.60230.01110.0261-0.0029-0.0446-0.0193-0.06260.00040.04330.01640.4433-0.0544-0.01480.29430.03640.190116.5224-4.2616-4.5765
40.4329-0.03470.31360.5086-0.2362.313-0.04020.02090.0687-0.00160.02220.0594-0.1027-0.13110.01960.2312-0.0138-0.03170.20380.01290.16734.7833-5.100310.9303
50.13120.14670.35141.31530.52820.98710.072-0.028-0.001-0.0010.003-0.03850.01060.0695-0.05280.27680.0211-0.01490.195-0.00380.095125.7363-8.331217.3305
60.3304-0.0485-0.07410.24710.11370.1411-0.0045-0.00530.01940.0580.0057-0.0095-0.0646-0.0083-0.01750.3891-0.0062-0.03160.2194-0.01980.159426.71635.970316.2639
71.14670.4432-0.54320.3848-0.27020.27680.03250.1007-0.0008-0.20340.0008-0.11050.01120.0354-0.0240.36540.02180.04950.32430.06650.165229.55913.11634.5282
80.3461-0.22240.03170.4024-0.18260.33530.00330.06760.07060.086-0.0786-0.0341-0.16460.02310.02550.45510.00810.03170.20220.02330.123740.942913.373814.8752
91.10720.87590.2771.55250.32740.4292-0.0146-0.03380.07640.0801-0.0502-0.0297-0.04440.01130.04020.3805-0.0091-0.04440.1380.01870.130738.98541.898723.6443
100.0634-0.1542-0.09150.64690.26840.5323-0.00680.0328-0.00040.1482-0.0279-0.05560.06720.02730.01980.3451-0.01610.02350.1799-0.05980.134540.1391-11.79225.9359
111.09320.5217-0.04371.20940.60490.71560.04050.1064-0.0989-0.0274-0.0142-0.0816-0.02580.04450.02710.41510.0073-0.04970.2228-0.00210.122742.8596-11.504822.4402
120.2893-0.0407-0.07580.06310.04580.1072-0.0081-0.03050.069-0.02150.1166-0.0809-0.040.13050.0686-0.0649-0.01140.04740.0706-0.02950.121952.58511.533260.1937
130.33210.007-0.10670.17920.01680.2370.0778-0.06310.08840.05340.0717-0.0756-0.07310.13730.03940.0298-0.02110.03990.093-0.02420.106247.00424.116859.0031
140.28290.0025-0.16610.13070.00870.29410.1240.07930.15330.00720.01920.0401-0.1798-0.06290.13980.07010.00490.09360.05990.04650.009727.957811.295549.8431
150.65170.0060.11230.2359-0.00370.4033-0.02140.076-0.06-0.05180.03420.07690.0674-0.1583-0.00010.0839-0.03410.00520.1039-0.02980.070526.5142-9.651545.8126
160.81040.1371-0.11041.2096-0.23640.52360.0138-0.0014-0.17230.0051-0.004-0.08780.01240.0904-0.01910.38410.0501-0.02340.26080.00620.200122.976139.16912.4335
170.23590.1234-0.1210.69180.11650.2938-0.03730.11050.0378-0.07750.08820.0460.0395-0.0658-0.04880.3649-0.02820.00150.26890.05390.176814.806949.5593.6063
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200.88890.18630.30750.43730.39950.66170.10570.0843-0.2545-0.0757-0.06050.02080.14160.0034-0.02290.4752-0.0394-0.07840.23070.01620.21127.227231.31810.6253
210.65630.38590.19880.51580.04160.50270.1345-0.0398-0.1670.0302-0.0668-0.01250.2367-0.0577-0.02260.5085-0.0294-0.09920.2396-0.01950.1937-6.164131.402617.7834
220.77130.1085-0.08390.6891-0.17060.5879-0.0470.02640.0024-0.0364-0.13060.12110.1154-0.18610.13280.2941-0.04820.02620.2234-0.04870.157-5.817453.022924.2388
230.10540.00410.0466-0.00120.00260.03230.01660.0359-0.1526-0.01550.01750.0750.0666-0.0559-0.0191-0.0577-0.0517-0.07680.07510.03070.131845.445942.882657.0611
240.1229-0.0615-0.01940.27180.00080.0937-0.0431-0.0909-0.00360.08190.0743-0.05610.013-0.0203-0.0325-0.02020.0632-0.04220.02960.00290.061253.652653.128765.6479
250.1188-0.08830.06591.12730.27350.46920.0282-0.0797-0.06630.16370.0339-0.08550.0735-0.0308-0.07860.13170.04860.00170.1370.06670.161249.24647.655974.4856
260.2411-0.02110.020.1414-0.02460.24960.04740.1096-0.0398-0.00940.04260.09410.0612-0.0870.0564-0.0337-0.01-0.03380.05940.01610.09353.427546.370753.1179
270.270.0350.13590.1165-0.03070.08850.0514-0.0349-0.10280.0381-0.0228-0.01740.03990.01-0.04490.1134-0.0644-0.09670.05380.04490.203762.519631.68364.0153
280.1011-0.08540.01060.2426-0.10680.10060.10280.0103-0.1613-0.0165-0.03080.03460.1185-0.0145-0.0930.1332-0.0036-0.14370.0578-0.05560.144171.626331.358355.1923
290.3843-0.26850.00780.24350.07370.21920.10110.104-0.0857-0.00810.0158-0.05980.13190.16420.09130.09120.0781-0.02650.1351-0.07020.067675.132338.456747.7173
300.62410.2899-0.03661.01460.07460.3893-0.03540.20220.0459-0.09820.065-0.0626-0.0940.1626-0.04160.0838-0.01320.00380.21560.01940.063278.132856.233740.0258
310.6529-0.1675-0.33980.04540.1110.34980.00610.03210.1549-0.0153-0.0201-0.0259-0.08040.0932-0.06560.053-0.0161-0.00490.11010.07080.143865.287362.438550.003
321.4716-0.16590.17071.24810.05251.27720.04560.1174-0.0544-0.03580.021-0.1261-0.00750.2481-0.02240.0654-0.0160.01830.16170.03360.100478.918453.320945.3496
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 27 )A3 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 106 )A28 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 107 through 135 )A107 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 136 through 155 )A136 - 155
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 156 through 189 )A156 - 189
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 190 through 223 )A190 - 223
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 224 through 246 )A224 - 246
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 247 through 302 )A247 - 302
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 303 through 322 )A303 - 322
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 323 through 366 )A323 - 366
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 367 through 399 )A367 - 399
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 2 through 106 )B2 - 106
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 107 through 246 )B107 - 246
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 247 through 335 )B247 - 335
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 336 through 398 )B336 - 398
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 2 through 63 )C2 - 63
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 64 through 106 )C64 - 106
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 107 through 155 )C107 - 155
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 156 through 209 )C156 - 209
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 210 through 254 )C210 - 254
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 255 through 322 )C255 - 322
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 323 through 398 )C323 - 398
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 3 through 63 )D3 - 63
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 64 through 106 )D64 - 106
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 107 through 135 )D107 - 135
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 136 through 223 )D136 - 223
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 224 through 246 )D224 - 246
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 247 through 283 )D247 - 283
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 284 through 322 )D284 - 322
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 323 through 349 )D323 - 349
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 350 through 376 )D350 - 376
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 377 through 399 )D377 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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