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- PDB-5odq: Heterodisulfide reductase / [NiFe]-hydrogenase complex from Metha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5odq
タイトルHeterodisulfide reductase / [NiFe]-hydrogenase complex from Methanothermococcus thermolithotrophicus soaked with bromoethanesulfonate.
要素
  • (Heterodisulfide reductase, subunit ...) x 3
  • (Methyl-viologen reducing hydrogenase, subunit ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Heterodisulfide reductase / [NiFe]-hydrogenase / FeS cluster / ferredoxin / CCG motif / methanogenesis / flavoprotein / flavin-based electron bifurcation / [2Fe-2S] cluster / macromolecular complex / anaerobic / thioredoxin / bromoethanesulfonate / metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydromethanophenazine:CoB-CoM heterodisulfide reductase / hydrogen dehydrogenase / hydrogen dehydrogenase activity / CoB--CoM heterodisulfide reductase activity / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / hydrogenase (acceptor) / methanogenesis / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding ...dihydromethanophenazine:CoB-CoM heterodisulfide reductase / hydrogen dehydrogenase / hydrogen dehydrogenase activity / CoB--CoM heterodisulfide reductase activity / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / hydrogenase (acceptor) / methanogenesis / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
F420-non-reducing hydrogenase iron-sulfur subunit D / Cysteine-rich domain / CoB--CoM heterodisulphide reductase, subunit B / CoB--CoM heterodisulphide reductase, subunit C / H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A-like / Methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit / Cysteine-rich domain / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S dicluster domain / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. ...F420-non-reducing hydrogenase iron-sulfur subunit D / Cysteine-rich domain / CoB--CoM heterodisulphide reductase, subunit B / CoB--CoM heterodisulphide reductase, subunit C / H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A-like / Methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit / Cysteine-rich domain / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S dicluster domain / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Alpha-helical ferredoxin / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / FAD binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-cubane [4Fe-4S]-cluster / 2-bromanylethanesulfonic acid / ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-NFU / Chem-PE3 / IRON/SULFUR CLUSTER / Heterodisulfide reductase, subunit C ...Non-cubane [4Fe-4S]-cluster / 2-bromanylethanesulfonic acid / ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-NFU / Chem-PE3 / IRON/SULFUR CLUSTER / Heterodisulfide reductase, subunit C / Methyl-viologen reducing hydrogenase subunit D / Methyl-viologen reducing hydrogenase subunit G / Methyl-viologen reducing hydrogenase subunit A / Heterodisulfide reductase, subunit B / CoB--CoM heterodisulfide reductase iron-sulfur subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Wagner, T. / Koch, J. / Ermler, U. / Shima, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Methanogenic heterodisulfide reductase (HdrABC-MvhAGD) uses two noncubane [4Fe-4S] clusters for reduction.
著者: Wagner, T. / Koch, J. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2017年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterodisulfide reductase, subunit A
B: Heterodisulfide reductase, subunit B
C: Heterodisulfide reductase, subunit C
D: Methyl-viologen reducing hydrogenase, subunit D
E: Methyl-viologen reducing hydrogenase, subunit G
F: Methyl-viologen reducing hydrogenase, subunit A
G: Heterodisulfide reductase, subunit A
H: Heterodisulfide reductase, subunit B
I: Heterodisulfide reductase, subunit C
J: Methyl-viologen reducing hydrogenase, subunit D
K: Methyl-viologen reducing hydrogenase, subunit G
L: Methyl-viologen reducing hydrogenase, subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)466,86165
ポリマ－451,69812
非ポリマー15,16253
水16,520917
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area76800 Å2
ΔGint-854 kcal/mol
Surface area125040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)366.325, 97.352, 133.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Heterodisulfide reductase, subunit ... , 3種, 6分子 AGBHCI

#1: タンパク質 Heterodisulfide reductase, subunit A


分子量: 71591.672 Da / 分子数: 2 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 組織: /
参照: UniProt: A0A2D0TCB9*PLUS, dihydromethanophenazine:CoB-CoM heterodisulfide reductase
#2: タンパク質 Heterodisulfide reductase, subunit B


分子量: 32075.318 Da / 分子数: 2 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 天然
詳細: This subunit contains two pentacoordinated non cubane [4Fe-4S] cluster
由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 組織: /
参照: UniProt: A0A2D0TCB4*PLUS, dihydromethanophenazine:CoB-CoM heterodisulfide reductase
#3: タンパク質 Heterodisulfide reductase, subunit C


分子量: 20483.650 Da / 分子数: 2 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 組織: /
参照: UniProt: A0A2D0TC97*PLUS, dihydromethanophenazine:CoB-CoM heterodisulfide reductase

-
Methyl-viologen reducing hydrogenase, subunit ... , 3種, 6分子 DJEKFL

#4: タンパク質 Methyl-viologen reducing hydrogenase, subunit D


分子量: 16057.495 Da / 分子数: 2 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 組織: /
参照: UniProt: A0A2D0TC98*PLUS, dihydromethanophenazine:CoB-CoM heterodisulfide reductase
#5: タンパク質 Methyl-viologen reducing hydrogenase, subunit G


分子量: 32511.432 Da / 分子数: 2 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 組織: / / 参照: UniProt: A0A2D0TC99*PLUS, hydrogenase (acceptor)
#6: タンパク質 Methyl-viologen reducing hydrogenase, subunit A


分子量: 53129.602 Da / 分子数: 2 / 変異: Wild-type / 由来タイプ: 天然
詳細: The C-terminus has been post-translationally cleaved
由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Variant: / / 組織: / / 参照: UniProt: A0A2D0TCA6*PLUS, hydrogenase (acceptor)

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非ポリマー , 12種, 970分子

#7: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#8: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 化合物...
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#10: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物
ChemComp-9S8 / Non-cubane [4Fe-4S]-cluster


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#12: 化合物
ChemComp-9SB / 2-bromanylethanesulfonic acid / 2-ブロモエタンスルホン酸


分子量: 189.028 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5BrO3S
#13: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#14: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#15: 化合物 ChemComp-NFU / formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) / NI-FE REDUCED ACTIVE CENTER


分子量: 195.591 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3HFeN2NiO
#16: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#17: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 917 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.36 %
解説: Black thick plate square shape of about 0.2-0.4 mm length.
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: All crystallization was performed in an anaerobic chamber (95% N2/5% H2) with anoxic solution using the sitting drop method (96-well 2-drop MRC Crystallization Plates in polystyrene, ...詳細: All crystallization was performed in an anaerobic chamber (95% N2/5% H2) with anoxic solution using the sitting drop method (96-well 2-drop MRC Crystallization Plates in polystyrene, Molecular Dimensions, Suffolk, UK). The crystallization reservoir contained 100 mM Tris/HCl, pH 8.5, 30% (w/v) polyethylene glycol 4000, and 200 mM Na acetate trihydrate. Crystallization drop contained 1 ul HdrABC-MvhAGD at 25 mg/ml premixed with 2 mM FAD and 1 ul of precipitant. The soaking experiment with the bromoethanesulfonate was done by soaking the crystals in the same crystallization solution supplemented with 66 mM of bromoethanesulfonate for 7 min. The crystal has been cryo-protected using the the mother liquor solution supplemented with 30% glycerol and 10 mM bromoethanesulfonate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.91941 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.85 Å / Num. obs: 241487 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 17.13 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 35106 / CC1/2: 0.327 / Rpim(I) all: 0.249 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ODC

5odc


解像度: 2.15→48.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9051 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8848 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.217 / SU Rfree Blow DPI: 0.167
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2186 12098 5.01 %RANDOM
Rwork0.1962 ---
obs0.1973 241485 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4394 Å20 Å2-0.7639 Å2
2--0.5899 Å20 Å2
3----1.0293 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.291 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→48.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数62041 0 1541 917 64499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00663314HARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.94115087HARMONIC6
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d14287SINUSOIDAL5
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes821HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes9032HARMONIC35
X-RAY DIFFRACTIONt_it63314HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd29SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.74
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4133SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact71798SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2859 894 5.04 %
Rwork0.2614 16855 -
all0.2626 17749 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5744-0.26410.062400.0060.3912-0.08650.0060.29090.03290.0447-0.18790.086-0.10370.04170.01360.0324-0.1443-0.09660.00390.089433.44388.200465.9582
20.73650.33910.49611.10740.13530.3266-0.01160.046-0.03170.0058-0.00330.05730.0261-0.01630.01490.01690.031-0.11180.0128-0.0389-0.006220.3213-38.366817.569
30.41990.02460.1590.53240.62311.08290.00090.00810.00610.00030.0070.004-0.0093-0.004-0.00790.0680.0281-0.05390.0663-0.0043-0.109333.5329-23.547814.6432
40.8393-0.06971.38411.68530.36041.0224-0.0272-0.01430.02570.0010.0129-0.00830.04470.02790.01420.01370.0556-0.160.0016-0.06740.001849.6928-2.329287.0629
50.16040.23570.78590.10470.31611.0689-0.0312-0.04950.0539-0.0078-0.02920.10380.04550.00970.0604-0.04090.0834-0.2225-0.022-0.13140.055555.62657.9541116.616
60.17960.26490.14690.63320.37430.4384-0.0734-0.0680.10380.0139-0.07360.06630.10150.08540.147-0.08240.048-0.20360.0907-0.1437-0.018774.270814.0504132.4564
70.2693-0.02130.12580.0042-0.04210.2126-0.0447-0.0581-0.0001-0.02310.011-0.0140.0899-0.14680.03370.086-0.0061-0.09520.0389-0.01-0.055211.4565-2.688852.0702
81.3150.26070.63980.15570.03950.48140.0002-0.01330.0715-0.0150.019-0.0739-0.01540.0348-0.0192-0.04550.1154-0.13740.03550.01710.033578.7801-4.401950.6248
91.0755-0.46450.2640.2957-0.01950.1603-0.0020.0064-0.0080.00280.0006-0.01430.020.03490.00130.04710.1479-0.13320.01140.0088-0.018668.45-21.62651.9756
100.7788-0.04620.24080.7092-0.20650.7212-0.00560.0139-0.00510.02190.003-0.01260.0119-0.00440.00270.06380.0509-0.13440.01970.0036-0.05022.09525.145524.1645
110.64050.01830.50860.1646-0.03180.7905-0.0255-0.02350.05880.0645-0.00330.04350.05540.02560.02870.0641-0.0092-0.1242-0.01030.0306-0.0401-26.961914.238116.9297
120.4978-0.16360.12530.16990.05230.6867-0.02570.06310.01560.0082-0.08970.04930.1075-0.12490.11540.0467-0.0679-0.08190.0432-0.0211-0.0523-46.84649.53572.1282
130.37540.02940.16980.3009-0.01660.0833-0.09080.03740.2090.01090.0035-0.12280.03070.00530.0873-0.0210.06040.02850.0287-0.0506-0.100722.01443.671459.8476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }
13X-RAY DIFFRACTION13{ W|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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