PDB-5ocm: Imine Reductase from Streptosporangium roseum in complex with NAD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ocm

タイトル

Imine Reductase from Streptosporangium roseum in complex with NADP+ and 2,2,2-trifluoroacetophenone hydrate

要素

NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Imine / Amine / NADPH

機能・相同性

機能・相同性情報

NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptosporangium roseum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Sharma, M. / Nestl, B. / Grogan, G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2018
タイトル: New imine-reducing enzymes from beta-hydroxyacid dehydrogenases by single amino acid substitutions.
著者: Lenz, M. / Fademrecht, S. / Sharma, M. / Pleiss, J. / Grogan, G. / Nestl, B.M.

履歴

登録	2017年7月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ocm.cif.gz	350 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ocm.ent.gz	283.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ocm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/5ocm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/5ocm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zhbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5gra-d 4dlp-1 5vid-1 7nc7-d 3sp1-1 5k0s-2 1wcv-1 1owr-1 3u1r-d 3hb2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase

B: NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase

C: NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase

D: NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase

E: NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase

F: NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

186 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase

F: NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase

C: NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase

E: NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.811, 152.434, 251.598
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	PRO	PRO	A	A	2 - 289	2 - 289
2	1	ARG	ARG	PRO	PRO	B	B	2 - 289	2 - 289
1	2	ARG	ARG	SER	SER	A	A	2 - 288	2 - 288
2	2	ARG	ARG	SER	SER	C	C	2 - 288	2 - 288
1	3	ARG	ARG	PRO	PRO	A	A	2 - 289	2 - 289
2	3	ARG	ARG	PRO	PRO	D	D	2 - 289	2 - 289
1	4	ARG	ARG	PHE	PHE	A	A	2 - 286	2 - 286
2	4	ARG	ARG	PHE	PHE	E	E	2 - 286	2 - 286
1	5	ASP	ASP	PRO	PRO	A	A	3 - 289	3 - 289
2	5	ASP	ASP	PRO	PRO	F	F	3 - 289	3 - 289
1	6	ARG	ARG	SER	SER	B	B	2 - 288	2 - 288
2	6	ARG	ARG	SER	SER	C	C	2 - 288	2 - 288
1	7	MET	MET	SER	SER	B	B	1 - 290	1 - 290
2	7	MET	MET	SER	SER	D	D	1 - 290	1 - 290
1	8	ARG	ARG	PHE	PHE	B	B	2 - 286	2 - 286
2	8	ARG	ARG	PHE	PHE	E	E	2 - 286	2 - 286
1	9	ASP	ASP	PRO	PRO	B	B	3 - 289	3 - 289
2	9	ASP	ASP	PRO	PRO	F	F	3 - 289	3 - 289
1	10	ARG	ARG	SER	SER	C	C	2 - 288	2 - 288
2	10	ARG	ARG	SER	SER	D	D	2 - 288	2 - 288
1	11	ARG	ARG	PHE	PHE	C	C	2 - 286	2 - 286
2	11	ARG	ARG	PHE	PHE	E	E	2 - 286	2 - 286
1	12	ASP	ASP	SER	SER	C	C	3 - 288	3 - 288
2	12	ASP	ASP	SER	SER	F	F	3 - 288	3 - 288
1	13	ARG	ARG	PHE	PHE	D	D	2 - 286	2 - 286
2	13	ARG	ARG	PHE	PHE	E	E	2 - 286	2 - 286
1	14	ASP	ASP	PRO	PRO	D	D	3 - 289	3 - 289
2	14	ASP	ASP	PRO	PRO	F	F	3 - 289	3 - 289
1	15	ASP	ASP	PHE	PHE	E	E	3 - 286	3 - 286
2	15	ASP	ASP	PHE	PHE	F	F	3 - 286	3 - 286

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	NAD_Gly3P_dh, NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase / Imine Reductase 分子量: 30040.674 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptosporangium roseum (バクテリア) 遺伝子: Sros_0924 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D2B7Z8
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-9RH / 2,2,2-trifluoromethyl acetophenone hydrate 分子量: 192.135 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇F₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0; 20% PEG 6000; 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→125.8 Å / Num. obs: 161732 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.81→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 7938 / R_pim(I) all: 0.48

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZHB

3zhb

解像度: 1.81→125.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.528 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19573	8058	5 %	RANDOM
R_work	0.16812	-	-	-
obs	0.16947	153606	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.477 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.88 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.81→125.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12443	0	373	1139	13955

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	13074
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.828	1.977	17941
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.08	2.997	27209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.903	5	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.15	23.937	475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.845	15	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.421	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.147	0.2	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	14874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.812	1.823	6926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.811	1.823	6925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.411	2.722	8648
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.411	2.722	8649
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.871	2.089	6148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.871	2.089	6146
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.167	3.021	9289
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.825	22.787	15019
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.825	22.786	15020
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	17008	0.07
1	2	B	17008	0.07
2	1	A	17254	0.06
2	2	C	17254	0.06
3	1	A	17000	0.07
3	2	D	17000	0.07
4	1	A	17044	0.07
4	2	E	17044	0.07
5	1	A	16878	0.07
5	2	F	16878	0.07
6	1	B	16882	0.08
6	2	C	16882	0.08
7	1	B	17044	0.07
7	2	D	17044	0.07
8	1	B	16942	0.07
8	2	E	16942	0.07
9	1	B	16988	0.06
9	2	F	16988	0.06
10	1	C	17000	0.06
10	2	D	17000	0.06
11	1	C	17062	0.06
11	2	E	17062	0.06
12	1	C	16812	0.07
12	2	F	16812	0.07
13	1	D	16920	0.06
13	2	E	16920	0.06
14	1	D	16990	0.06
14	2	F	16990	0.06
15	1	E	16766	0.07
15	2	F	16766	0.07

LS精密化シェル

解像度: 1.81→1.857 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	601	-
R_work	0.254	11308	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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