PDB-5n32: cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n32

タイトル

cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 4-chlorobenzyl carbamimidothioate

要素

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein

キーワード

TRANSFERASE / fragment / complex / serine threonine kinase / cAMP / kinase / PKA

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity ...regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A regulatory subunit binding / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / axoneme / mesoderm formation / sperm flagellum / negative regulation of smoothened signaling pathway / regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of TORC1 signaling / protein kinase A signaling / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / acrosomal vesicle / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / neuromuscular junction / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / mRNA processing / cellular response to heat / manganese ion binding / dendritic spine / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.833 Å

データ登録者

Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A crystallographic fragment study with cAMP-dependent protein kinase A
著者: Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n32.cif.gz	225.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n32.ent.gz	184.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n32.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n32_validation.pdf.gz	476.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n32_full_validation.pdf.gz	478.4 KB	表示
XML形式データ	5n32_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	5n32_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/5n32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/5n32	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mhiC 5n1dC 5n1eC 5n1fC 5n1gC 5n1hC 5n1kC 5n1lC 5n1mC 5n1nC 5n1oC 5n36C 5n37C 5n39C 5n3aC 5n3bC 5n3fC 5n3gC 5n3iC 5n3kC 5n3lC 5n3mC 5n3nC 5n3oC 5n3pC 5n3rC 5n3tC 5n7pC 4wihS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qam-d 5n3a-d 1egn-d 5mcl-1 1xha-d 3l9m-2 1ydt-d 3ama-d 4cel-1 6yqj-d 3l9m-1 3x2u-d 2cel-1 6esa-d 7cel-d 4d5i-d 3e8e-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein

ヘテロ分子

43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.635, 72.327, 108.531
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phosphorylation of S11, T198 and S339 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / プラスミド: pET-16bTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein 分子量: 1993.318 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 12-30 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: cAMP dependent protein kinase inhibitor peptide 由来: (合成) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: A0A061IH64, UniProt: G3HK48*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-8K5 / [azanyl-[(4-chlorophenyl)methylsulfanyl]methylidene]azanium / ジアミノ[(4-クロロフェニルメチル)チオ]メチリウム分子量: 201.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀ClN₂S
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: MES-BIS-TRIS Mega8-Solution DTT EDTA LiCl Methanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月13日 / 詳細: Silicon, active surface
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 41140 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.54 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 27.26
反射シェル	解像度: 1.83→1.94 Å / 冗長度: 6.31 % / Mean I/σ(I) obs: 3.74 / Num. unique obs: 6515 / CC_1/2: 0.9 / R_rim(I) all: 0.526 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WIH

4wih

解像度: 1.833→45.548 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2138	2057	5 %
R_work	0.1876	-	-
obs	0.1889	41138	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.833→45.548 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2853	0	32	157	3042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3056
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.687	4162
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.023	1814
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	449
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	551

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8335-1.8761	0.2876	132	0.2446	2507	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8761-1.923	0.2487	135	0.2267	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.923-1.975	0.2723	136	0.2177	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
1.975-2.0331	0.2479	135	0.212	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0331-2.0988	0.2518	136	0.2073	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0988-2.1738	0.2389	136	0.1947	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1738-2.2608	0.2138	136	0.1853	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2608-2.3637	0.2222	136	0.1847	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3637-2.4883	0.1893	136	0.1801	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4883-2.6442	0.19	138	0.1866	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6442-2.8483	0.2128	137	0.1946	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8483-3.1349	0.2322	138	0.1985	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1349-3.5884	0.2028	139	0.1863	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5884-4.5203	0.2116	140	0.1623	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5203-45.5617	0.1922	147	0.185	2775	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2722	-0.3781	-0.0106	0.7435	-0.2279	0.1746	-0.1133	-0.0728	-0.1875	0.0726	0.1853	0.0839	0.0726	0.5598	0.063	0.3277	-0.099	0.1025	0.4394	-0.0252	0.281	-9.3176	7.9861	-1.8796
2	0.2138	-0.123	0.1852	1.3752	-0.4285	0.1966	0.332	0.6084	-0.1644	-0.6038	-0.2653	0.725	0.2351	0.043	0.0276	0.2918	0.0223	-0.1147	0.4288	-0.0335	0.4034	-19.8182	18.7319	-31.0737
3	0.6239	-0.6467	-0.1657	0.9597	-0.064	0.2689	0.0699	0.0406	0.0801	0.0167	-0.0807	0.2991	-0.0075	-0.2089	0.0045	0.2031	-0.0386	-0.0129	0.2366	0.0006	0.2231	-10.8693	22.0302	-18.3754
4	0.7723	0.1651	0.4176	1.2351	0.1572	0.6621	0.0133	0.0463	-0.0062	-0.0144	-0.025	-0.1223	0.0304	0.0207	-0	0.1873	-0.0237	-0.0116	0.1567	0.0077	0.1723	3.2006	18.3426	-20.4907
5	0.4239	0.4923	0.3721	0.7402	0.265	0.4783	0.1228	-0.2617	0.0205	0.2246	-0.0768	-0.1211	0.0851	0.0381	-0.0031	0.2823	-0.0372	-0.0054	0.2459	0.0171	0.1738	0.6666	17.798	-6.5153
6	0.828	-0.1418	-0.6379	0.5169	-0.047	1.3251	0.4445	0.6526	0.0182	-0.5745	-0.0275	0.2585	-0.2791	0.2085	1.7055	0.2158	0.0973	-0.3195	0.4311	-0.056	0.3695	-18.9076	23.4322	-34.3926
7	0.0194	-0.0256	0.0157	0.0362	-0.0308	0.0265	0.1488	0.2249	0.365	-0.1905	-0.0626	-0.1831	0.01	-0.0229	-0.0001	0.2503	-0.0075	-0.0174	0.1955	0.0441	0.2916	2.9929	28.1708	-29.6034
8	0.0859	0.0196	0.0073	0.1627	0.1061	0.0692	0.0428	0.1483	0.153	-0.2451	-0.0683	-0.0203	-0.0033	0.2266	-0.0087	0.5879	-0.0506	-0.0214	0.4553	-0.0536	0.3444	1.6489	13.3174	-35.3351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 95 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 160 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 161 through 272 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 273 through 316 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 317 through 350 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 12 through 21 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 22 through 27 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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