PDB-5n1d: cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n1d

タイトル

cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule N-methyl-1-(5-pyridin-3-yloxyfuran-2-yl)methanamine

要素

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein

キーワード

TRANSFERASE / fragment / complex / serine threonine kinase / cAMP / kinase / PKA

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity ...regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A regulatory subunit binding / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / axoneme / mesoderm formation / sperm flagellum / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein kinase A signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / manganese ion binding / cellular response to heat / dendritic spine / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.609 Å

データ登録者

Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A crystallographic fragment study with cAMP-dependent protein kinase A
著者: Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年2月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n1d.cif.gz	244 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n1d.ent.gz	199.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n1d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/5n1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/5n1d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mhiC 5n1eC 5n1fC 5n1gC 5n1hC 5n1kC 5n1lC 5n1mC 5n1nC 5n1oC 5n32C 5n36C 5n37C 5n39C 5n3aC 5n3bC 5n3fC 5n3gC 5n3iC 5n3kC 5n3lC 5n3mC 5n3nC 5n3oC 5n3pC 5n3rC 5n3tC 5n7pC 4wihS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oua-d 5lcr-d 5m6v-d 5m6y-d 4wih-d 6erw-d 6y2u-d 3e8c-2 5n36-d 1e2s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein

ヘテロ分子

43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.612, 73.456, 108.703
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phosphorylation of S11, T198 and S339 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / プラスミド: pET-16bTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein 分子量: 2111.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: cAMP dependent protein kinase inhibitor peptide 由来: (合成) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: A0A061IH64, UniProt: G3HK48*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-8FZ / (5-pyridin-3-yloxyfuran-2-yl)methanamine 分子量: 190.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀N₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: MES-BIS-TRIS Mega8-Solution DTT EDTA LiCl Methanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月18日 / 詳細: Silicon, active surface
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 61272 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.79 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 17.23
反射シェル	解像度: 1.61→1.71 Å / 冗長度: 4.61 % / Num. unique obs: 9718 / CC_1/2: 0.82 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WIH

4wih

解像度: 1.609→45.815 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1857	3064	5 %
R_work	0.1554	-	-
obs	0.1569	61267	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.609→45.815 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2958	0	30	392	3380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	3226
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.475	4393
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.687	1947
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	462
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	583

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6093-1.6345	0.2453	134	0.2293	2551	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6345-1.6613	0.2371	137	0.2114	2602	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6613-1.6899	0.281	137	0.2029	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6899-1.7207	0.2134	137	0.185	2584	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7207-1.7538	0.201	138	0.1783	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7538-1.7896	0.1907	137	0.1692	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7896-1.8285	0.1882	137	0.166	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8285-1.871	0.2112	138	0.1625	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.871-1.9178	0.1924	138	0.1627	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9178-1.9697	0.2142	138	0.1681	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9697-2.0276	0.1757	139	0.1569	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0276-2.0931	0.2146	139	0.1571	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0931-2.1679	0.1786	138	0.1477	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1679-2.2547	0.178	139	0.1415	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2547-2.3573	0.1498	140	0.1376	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3573-2.4815	0.1559	139	0.14	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4815-2.637	0.1834	140	0.1418	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.637-2.8406	0.1896	140	0.1523	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8406-3.1264	0.1946	143	0.153	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1264-3.5786	0.1682	141	0.1537	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5786-4.5081	0.1633	145	0.1385	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5081-45.8333	0.1966	150	0.1656	2846	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5297	0.254	-0.2292	0.6261	0.0873	0.171	0.0818	0.2757	-0.2315	-0.0759	-0.0044	0.071	0.2564	-0.0608	-0.0129	0.166	0.0429	0.0159	0.2194	0.0073	0.1805	9.6578	82.0052	1.5695
2	0.1339	0.3082	-0.0007	1.3549	-0.563	0.4324	0.2448	-0.4217	-0.0482	0.6304	-0.1138	-0.4801	-0.0529	0.1308	0.0756	0.2096	0.0102	-0.0374	0.2846	-0.0629	0.3605	25.8387	97.652	30.13
3	0.2815	-0.1069	0.0651	0.4768	-0.0705	0.0158	0.1827	-0.2835	-0.0526	0.5133	-0.0979	-0.0851	0.0285	0.0841	0.0103	0.2718	-0.052	-0.0255	0.2754	0.0085	0.158	16.9232	86.8343	31.6516
4	0.7142	-0.124	-0.0891	0.6592	0.0816	0.1573	0.0336	-0.0639	0.1063	0.0657	-0.0294	-0.1147	-0.0157	0.0854	-0.0003	0.1183	-0.0082	-0.0095	0.1169	-0.008	0.1229	10.8108	96.0271	18.8842
5	0.2791	-0.015	-0.3056	0.1044	-0.0797	0.3492	0.0655	-0.143	-0.0423	0.1213	-0.049	-0.0904	0.0521	0.2233	0.0645	0.187	0.0112	0.0077	0.1566	0.0327	0.1375	6.0118	82.065	22.9166
6	1.0564	-0.1284	-0.0968	1.0381	0.0439	0.878	-0.003	0.0459	-0.0506	0.0174	-0.0353	0.0793	0.0595	-0.1064	-0.1087	0.1003	-0.0087	-0.0055	0.0884	-0.0018	0.106	-5.1463	92.2911	14.8132
7	0.7447	0.4288	0.3524	0.9825	0.023	0.143	0.0678	-0.3745	0.0921	0.8309	-0.0621	-0.1469	-0.1993	-0.1458	0.0202	0.3143	-0.0111	-0.0267	0.3431	-0.0182	0.2727	20.4124	95.4878	34.2347
8	0.0094	-0.003	0.013	0.0166	0.0037	0.0254	0.1192	-0.1273	0.066	0.1343	0.0423	0.1235	-0.1782	-0.1158	-0	0.1928	0.025	-0.0029	0.1899	-0.0424	0.185	-11.9526	107.644	26.4047
9	0.707	-0.1259	-0.173	0.1507	0.0116	0.0509	0.2577	-0.2293	0.1108	0.2634	-0.1322	-0.1387	0.0869	0.0835	0.0628	0.2576	-0.0158	-0.0057	0.1645	-0.0367	0.1247	-1.5632	99.0596	31.3126

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 179 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 180 through 198 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 199 through 316 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 317 through 350 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 12 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 13 through 22 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)