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- PDB-5n0g: Crystal Structure of CobH T85A (precorrin-8x methyl mutase) compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n0g
タイトルCrystal Structure of CobH T85A (precorrin-8x methyl mutase) complexed with C5 allyl-HBA
要素Precorrin-8X methylmutase
キーワードISOMERASE / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


precorrin-8X methylmutase / precorrin-8X methylmutase activity / cobalamin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Cobalamin biosynthesis CobH/CbiC, precorrin-8X methylmutase / Cobalamin biosynthesis precorrin-8X methylmutase CobH/CbiC / Precorrin-8X methylmutase CobH/CbiC superfamily / Precorrin-8X methylmutase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8F5 / Precorrin-8X methylmutase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Nemoto-Smith, E.H. / Lawrence, A.D. / Brown, D.G. / Warren, M.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K009249/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Novel cobalamin analogues and their application in the trafficking of cobalamin in bacteria, worms and plants
著者: Lawrence, A.D. / Nemoto-Smith, E.H. / Deery, E.C. / Brown, D.G. / Tullet, J. / Brown, I.R. / Howard, M. / Boshoff, H.I. / Barry III, C.E. / Warren, M.J.
履歴
登録2017年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Precorrin-8X methylmutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8553
ポリマ－21,8551
非ポリマー9992
水3,315184
1
A: Precorrin-8X methylmutase
ヘテロ分子

A: Precorrin-8X methylmutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7096
ポリマ－43,7112
非ポリマー1,9984
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5400 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.230, 66.630, 48.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Precorrin-8X methylmutase


分子量: 21855.420 Da / 分子数: 1 / 変異: T85A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)
遺伝子: cobH, RCAP_rcc02046 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D5AV08, precorrin-8X methylmutase
#2: 化合物 ChemComp-8F5 / 3-[(1~{R},2~{S},3~{S},4~{Z},7~{S},8~{S},9~{Z},15~{R},17~{R},18~{R},19~{R})-2,7,18-tris(2-hydroxy-2-oxoethyl)-3,13,17-tris(3-hydroxy-3-oxopropyl)-1,2,7,12,12,15,17-heptamethyl-5-prop-2-enyl-3,8,15,18,19,21-hexahydrocorrin-8-yl]propanoic acid


分子量: 907.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H62N4O14
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 8000, 0.2M Calcium acetate hydrate, 0.1M Sodium cacodylate pH6.5, 20% methanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→48.38 Å / Num. obs: 57377 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.815 % / Biso Wilson estimate: 24.882 Å2 / CC1/2: 0.84 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rrim(I) all: 0.279 / Χ2: 0.694 / Net I/σ(I): 2.67
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.57-1.611.7930.7470.9941860.3781.02290.9
1.61-1.651.8030.611.1940760.4570.83490.1
1.65-1.71.8180.5061.3839010.5510.69290
1.7-1.761.8390.441.6438440.5840.60390.6
1.76-1.811.8650.362.0437880.6170.49791.9
1.81-1.881.8570.3322.1736480.6470.45991.9
1.88-1.951.8270.272.5534980.680.37493
1.95-2.031.7580.2432.7134560.7440.33892.9
2.03-2.121.8160.1963.0132720.8030.27292.7
2.12-2.221.7910.1783.2431470.8080.24892.3
2.22-2.341.8680.1663.4729980.8260.23194.8
2.34-2.481.8570.1633.6228680.8250.22793.9
2.48-2.651.8150.1673.6626680.7870.23394.3
2.65-2.871.720.1673.7124870.7680.23293
2.87-3.141.80.1723.922490.7710.24193.6
3.14-3.511.7890.1853.9820890.7820.25993.5
3.51-4.051.8530.1874.1418530.7340.26294.6
4.05-4.961.7760.1874.1115230.7480.26293
4.96-7.021.7280.2064.0112000.7730.28895
7.02-48.381.9010.2054.276260.8010.28989.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia20.3.8.0データ削減
REFMAC位相決定
精密化解像度: 1.57→48.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 5.053 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.094
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 1461 4.7 %RANDOM
Rwork0.1723 ---
obs0.1753 29762 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.85 Å2 / Biso mean: 23.096 Å2 / Biso min: 10.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å2-0 Å20.67 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→48.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1530 0 71 184 1785
Biso mean--20.35 31.78 -
残基数----208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0191670
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7312.0212292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27833780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6675215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.2322.95161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.58415251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7211515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0211908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02351
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.64733317
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.5445132
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.22653337
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.611 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 111 -
Rwork0.277 2209 -
all-2320 -
obs--99.74 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.85 Å / Origin y: 33.609 Å / Origin z: 20.827 Å
111213212223313233
T0.0129 Å20.0008 Å2-0.0005 Å2-0.018 Å20.0078 Å2--0.0188 Å2
L0.676 °2-0.1219 °2-0.2352 °2-0.6277 °20.1675 °2--0.7918 °2
S-0.0234 Å °0.0381 Å °0.0362 Å °-0.0559 Å °0.0371 Å °0.0192 Å °-0.0602 Å °-0.0356 Å °-0.0137 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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