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- PDB-5myg: Crystal structure of the bromodomain of human BRPF1 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5myg
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human BRPF1 in complex with NI-57 chemical probe
要素Peregrin
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyltransferase activator activity / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / HATs acetylate histones / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription ...acetyltransferase activator activity / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / HATs acetylate histones / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
BRPF1, PHD domain / Peregrin, ePHD domain / : / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. ...BRPF1, PHD domain / Peregrin, ePHD domain / : / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Bromodomain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LS8 / Peregrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tallant, C. / Igoe, N. / Bayle, E.D. / Krojer, T. / Nunez-Alonso, G. / Kopec, J. / Fitzpatrick, F. / Savitsky, P. / Fedorov, O. / Brennan, P.E. ...Tallant, C. / Igoe, N. / Bayle, E.D. / Krojer, T. / Nunez-Alonso, G. / Kopec, J. / Fitzpatrick, F. / Savitsky, P. / Fedorov, O. / Brennan, P.E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Muller, S. / Fish, P. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Design of a Chemical Probe for the Bromodomain and Plant Homeodomain Finger-Containing (BRPF) Family of Proteins.
著者: Igoe, N. / Bayle, E.D. / Tallant, C. / Fedorov, O. / Meier, J.C. / Savitsky, P. / Rogers, C. / Morias, Y. / Scholze, S. / Boyd, H. / Cunoosamy, D. / Andrews, D.M. / Cheasty, A. / Brennan, P.E. ...著者: Igoe, N. / Bayle, E.D. / Tallant, C. / Fedorov, O. / Meier, J.C. / Savitsky, P. / Rogers, C. / Morias, Y. / Scholze, S. / Boyd, H. / Cunoosamy, D. / Andrews, D.M. / Cheasty, A. / Brennan, P.E. / Muller, S. / Knapp, S. / Fish, P.V.
履歴
登録2017年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peregrin
B: Peregrin
C: Peregrin
D: Peregrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3488
ポリマ－54,8154
非ポリマー1,5344
水1,36976
1
A: Peregrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0872
ポリマ－13,7041
非ポリマー3831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peregrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0872
ポリマ－13,7041
非ポリマー3831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Peregrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0872
ポリマ－13,7041
非ポリマー3831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Peregrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0872
ポリマ－13,7041
非ポリマー3831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.140, 123.716, 137.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
Peregrin / Bromodomain and PHD finger-containing protein 1 / Protein Br140


分子量: 13703.698 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRPF1, BR140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55201
#2: 化合物
ChemComp-LS8 / 4-cyano-~{N}-(1,3-dimethyl-2-oxidanylidene-quinolin-6-yl)-2-methoxy-benzenesulfonamide


分子量: 383.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17N3O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 17% PEG 10K, 0.1 M bis-tris pH 5.5
PH範囲: 5.5 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28.88 Å / Num. obs: 28990 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 31.549 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 4116 / Rpim(I) all: 0.292 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1682精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LC2

4lc2


解像度: 2.3→28.877 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3071 1445 5.04 %
Rwork0.2469 --
obs0.2498 28659 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.877 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3745 0 108 76 3929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3445322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2771572
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007798
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.299-2.38110.34211510.30092640X-RAY DIFFRACTION99
2.3811-2.47640.3641440.27862755X-RAY DIFFRACTION100
2.4764-2.58910.32691520.26452652X-RAY DIFFRACTION100
2.5891-2.72550.33941570.26722711X-RAY DIFFRACTION100
2.7255-2.89610.33231380.26772749X-RAY DIFFRACTION100
2.8961-3.11940.31641430.27532739X-RAY DIFFRACTION100
3.1194-3.43290.3211490.25962747X-RAY DIFFRACTION100
3.4329-3.92860.40211290.30492490X-RAY DIFFRACTION90
3.9286-4.94560.25431370.1962765X-RAY DIFFRACTION98
4.9456-28.87950.19971450.17432966X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.96731.3596-0.64662.058-1.39742.2420.1365-0.1829-0.1153-0.0244-0.30220.0911-0.15250.29420.14710.2990.0766-0.06570.2045-0.05880.2778-1.823212.782-22.4843
22.25440.69180.38250.92540.41523.80160.03110.27880.2491-0.1766-0.08210.1934-0.09840.00430.02140.31880.1010.0290.2565-0.08770.2916-16.3159-13.2409-41.4512
32.18621.3142-1.10452.2357-1.08743.57350.0965-0.10940.10480.0174-0.15220.1232-0.09750.12260.05830.2761-0.05270.02130.4049-0.00880.26116.229624.6558-3.4146
42.31671.53440.92212.2813-0.05932.36910.1434-0.21020.13390.0416-0.01090.08070.29260.0715-0.09730.27720.0178-0.01980.3138-0.12080.259612.6211-24.6615-22.445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 626:740)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 626:740)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 629:740)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 630:740)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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