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- PDB-5mog: Oryza sativa phytoene desaturase inhibited by norflurazon -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mog
タイトルOryza sativa phytoene desaturase inhibited by norflurazon
要素Phytoene dehydrogenase, chloroplastic/chromoplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitor / Isomerase / Carotenoid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


15-cis-phytoene desaturase / phytoene dehydrogenase activity / plastid membrane / carotene biosynthetic process / chromoplast / carotenoid biosynthetic process / FAD binding / chloroplast / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能
Phytoene desaturase / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IMIDAZOLE / Norflurazon / 15-cis-phytoene desaturase, chloroplastic/chromoplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. indica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Brausemann, A. / Gemmecker, S. / Koschmieder, J. / Beyer, P. / Einsle, O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structure of Phytoene Desaturase Provides Insights into Herbicide Binding and Reaction Mechanisms Involved in Carotene Desaturation.
著者: Brausemann, A. / Gemmecker, S. / Koschmieder, J. / Ghisla, S. / Beyer, P. / Einsle, O.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phytoene dehydrogenase, chloroplastic/chromoplastic
B: Phytoene dehydrogenase, chloroplastic/chromoplastic
C: Phytoene dehydrogenase, chloroplastic/chromoplastic
D: Phytoene dehydrogenase, chloroplastic/chromoplastic
E: Phytoene dehydrogenase, chloroplastic/chromoplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,56828
ポリマ－280,2715
非ポリマー7,29623
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)230.210, 230.210, 179.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Phytoene dehydrogenase, chloroplastic/chromoplastic / Phytoene desaturase


分子量: 56054.254 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. indica (イネ) / 遺伝子: PDS1, PDS, OsI_010044 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner (DE3)
参照: UniProt: A2XDA1, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる

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非ポリマー , 6種, 441分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NRF / Norflurazon / ノルフルラゾン


分子量: 303.668 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9ClF3N3O
#4: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / イミダゾリウム


分子量: 69.085 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.42 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 24 % (w/v) PEG5000 MME, 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.0, 2 % (v/v) Tacsimate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→60.25 Å / Num. obs: 118342 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 87.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.77→2.82 Å / 冗長度: 14.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.533 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.77→60.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9358 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9254 / SU R Cruickshank DPI: 0.401 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.376 / SU Rfree Blow DPI: 0.243 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.252
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2244 5852 4.95 %RANDOM
Rwork0.2087 ---
obs0.2095 118340 99.97 %-
原子変位パラメータBiso max: 238.04 Å2 / Biso mean: 79.54 Å2 / Biso min: 30.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.636 Å20 Å20 Å2
2---3.636 Å20 Å2
3---7.2721 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.423 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.77→60.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18600 0 486 418 19504
Biso mean--76.36 59.5 -
残基数----2345
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8997SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes465HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3053HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19585HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2451SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact22000SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d19585HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg26589HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.22
LS精密化 シェル解像度: 2.77→2.84 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3066 460 5.26 %
Rwork0.2701 8286 -
all0.272 8746 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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