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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mm1 | ||||||||||||
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タイトル | Dolichyl phosphate mannose synthase in complex with GDP and dolichyl phosphate mannose | ||||||||||||
![]() | Dolichol monophosphate mannose synthase | ||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Dolichol phosphate mannose synthase / enzyme / integral membrane protein / protein glycosylation / product complex / GDP / dolichyl phosphate mannose | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() dolichyl-phosphate beta-D-mannosyltransferase / dolichyl-phosphate beta-D-mannosyltransferase activity / dolichol metabolic process / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / GPI anchor biosynthetic process / protein O-linked mannosylation / polysaccharide biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Gandini, R. / Reichenbach, T. / Tan, T.C. / Divne, C. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for dolichylphosphate mannose biosynthesis. 著者: Gandini, R. / Reichenbach, T. / Tan, T.C. / Divne, C. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 989.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1004 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42684.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal hexa-histdine tag and TEV protease cleavage site precedes the protein sequences 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PF0058 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MJC / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.68 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M potassium chloride, 0.1 M trisodium citrate (pH 5.5), 37% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 50 mM Hepes (pH 7.5), 150 mM NaCl, 10% (v/v) glycerol, 0.05% LDAO, 5 mM GDP- ...詳細: 0.2 M potassium chloride, 0.1 M trisodium citrate (pH 5.5), 37% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 50 mM Hepes (pH 7.5), 150 mM NaCl, 10% (v/v) glycerol, 0.05% LDAO, 5 mM GDP-mannose, 5 mM MgCl2, 0.25 mM C55 dolichyl phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→48.385 Å / Num. obs: 19735 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.8 % / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 3.535 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5MLZ 解像度: 2.6→48.39 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 42.41
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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