[日本語] English
万見
- PDB-5mex: Sulphotransferase-18 from Arabidopsis thaliana in complex with 3'... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mex
タイトルSulphotransferase-18 from Arabidopsis thaliana in complex with 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate (PAP)and sinigrin
要素Cytosolic sulfotransferase 18
キーワードTRANSFERASE / Sulphotransferases / glucosinolate-biosynthesis / catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


aliphatic desulfoglucosinolate sulfotransferase / aliphatic desulfoglucosinolate sulfotransferase activity / glucosinolate biosynthetic process / aromatic desulfoglucosinolate sulfotransferase activity / sulfation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-BUTANEDIOL / 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Sinigrin / Cytosolic sulfotransferase 18
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Hirschmann, F. / Krause, F. / Baruch, P. / Chizhov, I. / Mueller, J.W. / Manstein, D.J. / Papenbrock, J. / Fedorov, R.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationPA 764/10-1 ドイツ
German Research FoundationFE 1510/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural and biochemical studies of sulphotransferase 18 from Arabidopsis thaliana explain its substrate specificity and reaction mechanism.
著者: Hirschmann, F. / Krause, F. / Baruch, P. / Chizhov, I. / Mueller, J.W. / Manstein, D.J. / Papenbrock, J. / Fedorov, R.
履歴
登録2016年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model / Author supporting evidence
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytosolic sulfotransferase 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,07714
ポリマ－37,5001
非ポリマー1,57713
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint34 kcal/mol
Surface area14080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.820, 63.820, 209.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Cytosolic sulfotransferase 18 / AtSOT18 / Desulfo-glucosinolate sulfotransferase B / Sulfotransferase 5B / AtST5b


分子量: 37499.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SOT18, ST5B, At1g74090, F2P9.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9C9C9, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類
#3: 糖 ChemComp-SZZ / Sinigrin / 2-プロペニルグルコシノラ-ト


タイプ: D-saccharide / 分子量: 359.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17NO9S2

-
非ポリマー , 4種, 298分子

#2: 化合物 ChemComp-PAP / 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′-りん酸5′-二りん酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-BU2 / 1,3-BUTANEDIOL / (S)-1,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.9
詳細: 0.1 M 2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid (MES) pH 5.9, 16% PEG4000, 160 mM NaCl, and 4% 1,3-butanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月12日 / 詳細: Pt coated mirrors in a Kirkpatrick-Baez geometry
放射モノクロメーター: horizontally diffracting Si (111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→47.16 Å / Num. obs: 34239 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.55 % / Biso Wilson estimate: 37.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0647 / Rsym value: 0.027 / Net I/σ(I): 22.68
反射 シェル解像度: 1.92→2.02 Å / 冗長度: 9.15 % / Rmerge(I) obs: 0.5435 / Mean I/σ(I) obs: 3.21 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q44

1q44


解像度: 1.92→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.105 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21701 1726 5.1 %RANDOM
Rwork0.16816 ---
obs0.17061 32384 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.92→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2647 0 95 286 3028
拘束条件タイプ: r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.969 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 101 -
Rwork0.27 2278 -
obs--97.22 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る