PDB-5maa: PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 3-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5maa

タイトル

PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 3-bromophenol

要素

Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / organohalide respiration anaerobic crystallisation cobalamin

機能・相同性

機能・相同性情報

4 iron, 4 sulfur cluster binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurospirillum multivorans DSM 12446 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.686 Å

データ登録者

Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Cobamide-mediated enzymatic reductive dehalogenation via long-range electron transfer.
著者: Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

履歴

登録	2016年11月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5maa.cif.gz	377.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5maa.ent.gz	305.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5maa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5maa_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5maa_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5maa_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	5maa_validation.cif.gz	61.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/5maa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/5maa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m2gC 5m8uC 5m8wC 5m8xC 5m8yC 5m8zC 5m90C 5m91C 5m92C 5ma0C 5ma1C 5ma2C 4uquS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ur2-d 5m8y-d 5m92-d 5m8x-d 5m2g-d 5m8z-d 2bpo-2 4ur3-2 4ur1-d 5m8w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (11) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (6) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (4) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (4) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (11)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (6)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

B: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.835, 73.835, 185.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA 分子量: 52164.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Sulfurospirillum multivorans DSM 12446 (バクテリア) Plasmid details: DSM-12446 / 参照: UniProt: W6EQP0

-
非ポリマー , 6種, 774分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-OBL / 5-Methoxybenzimidazolyl-norcobamide 分子量: 1318.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₀H₈₅CoN₁₃O₁₅P
#4: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-B3R / 3-bromophenol / 3-ブロモフェノ-ル分子量: 173.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅BrO
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15 percent PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 2 percent benzamidineHCl, and 50 mM TrisHCl, pH 7.5 under an atmosphere of 95 percent N2, 5 percent H2 and less than 10 ppm oxygen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月12日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.686→47.4 Å / Num. obs: 110984 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.29 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 21.59
反射シェル	解像度: 1.686→1.746 Å / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 1.218 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / CC_1/2: 0.727 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS	May 1, 2016 BUILT=20160627	データ削減
XDS	May 1, 2016 BUILT=20160627	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UQU

4uqu

解像度: 1.686→47.384 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 18.27

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1672	1165	1.05 %	Random selection
R_work	0.1475	-	-	-
obs	0.1477	110982	99.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.686→47.384 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6809	0	277	759	7845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7356
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.936	10023
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.91	4395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1041
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1363

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6859-1.7225	0.3282	140	0.2842	13253	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7225-1.7626	0.2695	145	0.2527	13685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7626-1.8067	0.2841	144	0.2337	13622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8067-1.8555	0.23	145	0.2146	13675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8555-1.9101	0.2124	143	0.1961	13612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9101-1.9718	0.2088	143	0.1734	13662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9718-2.0422	0.2052	145	0.1683	13665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0422-2.124	0.1687	146	0.1535	13643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.124-2.2207	0.1944	146	0.1464	13680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2207-2.3378	0.136	145	0.1402	13596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3378-2.4842	0.1548	146	0.1432	13697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4842-2.676	0.1533	143	0.1372	13583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.676-2.9453	0.1307	145	0.1392	13733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9453-3.3714	0.1818	145	0.1374	13657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3714-4.2471	0.1401	144	0.1181	13604	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2471-47.4032	0.1433	141	0.1295	13649	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7512	0.2627	0.4586	1.2027	0.0383	2.9217	0.0835	-0.1833	0.0051	0.1086	-0.014	0.1234	-0.0613	-0.2486	-0.0775	0.1626	-0.0055	0.0072	0.21	-0.0581	0.2062	-13.7518	-18.501	5.5006
2	0.3808	-0.0042	0.149	0.8282	0.3803	0.9478	-0.0057	0.0412	0.0374	-0.1757	-0.0093	0.0379	-0.1283	-0.0858	0.0054	0.214	0.0057	-0.0372	0.1542	-0.0133	0.1729	-7.841	-23.7219	-16.0716
3	1.8878	0.2398	-0.0646	1.0196	0.0164	1.1646	0.0218	0.1382	-0.0575	-0.1899	-0.038	0.1845	-0.0915	-0.2689	0.0199	0.2023	0.0361	-0.062	0.1564	-0.0506	0.1867	-16.3279	-23.0514	-16.0543
4	0.507	0.119	-0.0043	0.85	0.0854	0.9862	0.0283	-0.0716	0.0385	0.0149	-0.051	0.0627	-0.0839	-0.1325	0.0257	0.1738	0.01	-0.0299	0.1697	-0.0251	0.1662	-9.8671	-22.8988	-3.6234
5	1.4315	0.0699	-1.0058	0.769	0.4249	2.545	0.0281	-0.0423	0.2042	-0.1137	-0.0133	0.114	-0.4802	-0.1345	-0.0467	0.3456	0.0543	-0.0447	0.1366	-0.0246	0.2182	-9.5318	-3.9492	-7.0807
6	0.5551	0.4246	-1.2346	1.1779	-3.1124	9.3545	-0.0017	-0.1879	0.069	0.0087	-0.1184	-0.0275	-0.1204	0.5652	0.1534	0.2211	-0.0118	-0.0291	0.1817	-0.0241	0.1786	2.2285	-16.2575	5.2429
7	0.3477	0.2191	-0.1105	0.5463	0.3061	0.8691	0.1773	-0.2993	0.0724	0.2154	-0.0504	-0.1131	-0.1514	0.2717	-0.1244	0.2401	-0.0596	-0.0309	0.2183	-0.0487	0.2268	4.1167	-26.7927	3.0719
8	1.786	0.3223	-0.1308	1.2134	0.2444	1.6325	-0.0045	0.0278	-0.1371	0.011	0.1296	-0.3503	0.4095	0.226	-0.0991	0.358	0.0917	-0.0518	0.1549	-0.0479	0.3021	8.6936	-56.7755	-19.8265
9	0.8184	0.0704	-0.0547	1.126	0.7943	0.564	0.032	-0.1033	-0.1143	0.1398	-0.0584	0.1657	0.4329	-0.1938	0.032	0.3584	-0.1016	-0.0562	0.1867	0.0158	0.2215	-14.9639	-54.7404	-8.9485
10	0.3571	0.1048	0.1267	0.9737	0.5694	1.2249	0.0128	0.0808	-0.0248	-0.1944	0.105	-0.1837	-0.0322	0.128	-0.1132	0.2362	-0.0078	0.009	0.1915	-0.0409	0.2265	7.5471	-35.8057	-25.0187
11	1.3206	0.6609	-0.5104	1.2818	0.2321	2.228	-0.0242	0.1571	-0.0605	-0.202	0.1492	-0.1381	0.1556	0.0475	-0.1199	0.251	0.021	-0.0236	0.1029	-0.0348	0.2101	2.7933	-45.8184	-27.28
12	0.5907	0.3046	0.1805	1.0699	0.3571	1.0674	0.0896	-0.0088	-0.2263	0.1079	0.0777	-0.295	0.4136	0.1915	-0.0786	0.3006	0.0716	-0.0906	0.1339	-0.0474	0.2813	8.9919	-51.752	-15.2988
13	0.2941	0.0094	0.2126	0.9409	0.295	1.1238	0.1061	-0.0863	-0.1172	0.2187	0.0201	-0.1588	0.3005	0.1173	-0.1092	0.267	0.0005	-0.0883	0.1603	-0.0007	0.1993	4.7141	-43.9202	-1.5336

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 176 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 177 through 235 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 236 through 338 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 339 through 379 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 380 through 404 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 405 through 462 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 7 through 52 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 98 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 99 through 176 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 177 through 235 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 236 through 379 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 380 through 461 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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