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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m7v | ||||||
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タイトル | Translation initiation factor 4E in complex with (RP)-m2(7,2'O)GppSpG mRNA 5' cap analog (beta-S-ARCA D1) | ||||||
![]() | Eukaryotic translation initiation factor 4E | ||||||
![]() | TRANSLATION / Protein-ligand complex / translation initiation factor / eIF4E / m2(7 / 2'O)GppSpG / beta-S-ARCA / phosphorothioate / mRNA 5' cap analog | ||||||
機能・相同性 | ![]() Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / mRNA cap binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / RISC complex / nuclear export / stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / behavioral fear response / mRNA export from nucleus / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to dexamethasone stimulus / translational initiation / P-body / G1/S transition of mitotic cell cycle / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / negative regulation of translation / nuclear speck / nuclear body / translation / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Warminski, M. / Nowak, E. / Kowalska, J. / Jemielity, J. / Nowotny, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Translation initiation factor 4E in complex with (RP)-m2(7,2'O)GppSpG mRNA 5' cap analog (beta-S-ARCA D1) 著者: Warminski, M. / Nowak, E. / Kubacka, D. / Kowalska, J. / Nowotny, M. / Jemielity, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 294.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 239 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1l8bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22145.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 % / 解説: Thin plates |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 18% Jeffamine, 0.1M HEPES pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 77683 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 1.776 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 9.68 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.84 Å / 冗長度: 1.724 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.716 / % possible all: 93.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1L8B 解像度: 1.74→36.988 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 29.85
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→36.988 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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