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- PDB-5m6u: HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH LASW1579 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m6u
タイトルHUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH LASW1579
要素
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
キーワードTRANSFERASE / PI3KDELTA KINASE / PROTEROS BIOSTRUCTURES GMBH
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell chemotaxis / mast cell chemotaxis / mast cell differentiation / positive regulation of neutrophil apoptotic process / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / natural killer cell differentiation / positive regulation of epithelial tube formation / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation ...B cell chemotaxis / mast cell chemotaxis / mast cell differentiation / positive regulation of neutrophil apoptotic process / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / natural killer cell differentiation / positive regulation of epithelial tube formation / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol kinase activity / positive regulation of focal adhesion disassembly / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / IRS-mediated signalling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / interleukin-18-mediated signaling pathway / T follicular helper cell differentiation / respiratory burst involved in defense response / phosphatidylinositol 3-kinase complex / PI3K events in ERBB4 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / myeloid leukocyte migration / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / cis-Golgi network / T cell chemotaxis / Activated NTRK3 signals through PI3K / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / ErbB-3 class receptor binding / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Co-stimulation by ICOS / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / kinase activator activity / Nephrin family interactions / natural killer cell activation / Signaling by LTK in cancer / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / positive regulation of leukocyte migration / Signaling by LTK / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / negative regulation of stress fiber assembly / RND1 GTPase cycle / positive regulation of filopodium assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / RND2 GTPase cycle / vascular endothelial growth factor signaling pathway / RND3 GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase / insulin binding / growth hormone receptor signaling pathway / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Signaling by ALK / mast cell degranulation / RHOB GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / GP1b-IX-V activation signalling / natural killer cell mediated cytotoxicity / PI-3K cascade:FGFR2 / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / intracellular glucose homeostasis / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of osteoclast differentiation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / B cell activation / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RET signaling / PI3K events in ERBB2 signaling / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / T cell differentiation / RHOG GTPase cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of cell-matrix adhesion / RHOA GTPase cycle / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Interleukin receptor SHC signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / GAB1 signalosome / enzyme-substrate adaptor activity / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Signaling by FGFR4 in disease
類似検索 - 分子機能
PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) ...PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Rho GTPase activation protein / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2 domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7KA / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Segarra, V. / Hernandez, B. / Lozoya, E. / Blaesse, M. / Hoeppner, S. / Jestel, A.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Discovery of a Potent, Selective, and Orally Available PI3K delta Inhibitor for the Treatment of Inflammatory Diseases.
著者: Erra, M. / Taltavull, J. / Greco, A. / Bernal, F.J. / Caturla, J.F. / Gracia, J. / Dominguez, M. / Sabate, M. / Paris, S. / Soria, S. / Hernandez, B. / Armengol, C. / Cabedo, J. / Bravo, M. / ...著者: Erra, M. / Taltavull, J. / Greco, A. / Bernal, F.J. / Caturla, J.F. / Gracia, J. / Dominguez, M. / Sabate, M. / Paris, S. / Soria, S. / Hernandez, B. / Armengol, C. / Cabedo, J. / Bravo, M. / Calama, E. / Miralpeix, M. / Lehner, M.D.
履歴
登録2016年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,7693
ポリマ－199,3972
非ポリマー3721
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area50870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.493, 113.212, 144.321
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit delta / p110delta


分子量: 115728.586 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal truncated / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CD
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00329, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-alpha


分子量: 83668.180 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 431-599 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R1, GRB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P27986
#3: 化合物 ChemComp-7KA / 4-azanyl-6-[[(1~{S})-1-(4-oxidanylidene-3-phenyl-pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-2-yl)ethyl]amino]pyrimidine-5-carbonitrile


分子量: 372.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16N8O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→89.08 Å / Num. obs: 36112 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WXR

2wxr


解像度: 2.85→89.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 37.838 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.984 / ESU R Free: 0.416
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3089 997 2.8 %RANDOM
Rwork0.2555 ---
obs0.2569 35097 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 236.36 Å2 / Biso mean: 110.982 Å2 / Biso min: 52.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→89.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8811 0 28 0 8839
Biso mean--95.56 --
残基数----1080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0217909
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0551.94810716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.968312932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.38651071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.20523.603297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.109151038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1071539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.23425418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.22322166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.15638401
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.51342491
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.44662315
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 73 -
Rwork0.277 2560 -
all-2633 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.21011.7614-2.03915.4921-2.30976.5114-0.1816-0.14310.29790.40360.1658-0.1693-0.1226-0.02310.01590.5002-0.0915-0.01130.4736-0.00670.2108000
22.94940.4985-0.95823.94190.54096.82140.40270.08731.07090.27840.0324-0.0824-1.91520.2227-0.4351.08480.04160.2220.63810.13840.7635000
33.36380.4816-0.71564.9815-0.37233.12470.03630.3676-0.711-0.4828-0.18950.65520.6054-0.3930.15330.8809-0.0639-0.04290.831-0.20210.5451000
44.9105-0.7973-1.33471.83320.13632.3894-0.07050.4688-0.5895-0.0140.00340.70250.1292-0.76390.06710.55120.04870.0080.66890.02320.4893000
54.29470.4267-2.53513.9584-0.71085.80740.0544-0.42440.17850.2248-0.0474-1.087-0.31691.1477-0.0070.5753-0.0289-0.05730.65040.04560.5773000
66.1061.06740.23953.0201-0.36357.0840.229-1.071200.9329-0.0826-0.289-0.37170.729-0.14640.9004-0.01-0.03290.67240.02950.3552000
71.71371.8299-3.24581.9577-3.79628.2679-0.1665-0.1644-0.2319-0.2456-0.1826-0.26910.21630.2810.34910.89-0.06340.15750.5638-0.03710.3688000
83.21011.7614-2.03915.4921-2.30976.5114-0.1816-0.14310.29790.40360.1658-0.1693-0.1226-0.02310.01590.5002-0.0915-0.01130.4736-0.00670.210842.81418.786-11.327
92.94940.4985-0.95823.94190.54096.82140.40270.08731.07090.27840.0324-0.0824-1.91520.2227-0.4351.08480.04160.2220.63810.13840.763520.77633.01516.098
103.36380.4816-0.71564.9815-0.37233.12470.03630.3676-0.711-0.4828-0.18950.65520.6054-0.3930.15330.8809-0.0639-0.04290.831-0.20210.54515.431-8.0658.184
114.9105-0.7973-1.33471.83320.13632.3894-0.07050.4688-0.5895-0.0140.00340.70250.1292-0.76390.06710.55120.04870.0080.66890.02320.4893-0.83211.87517.901
124.29470.4267-2.53513.9584-0.71085.80740.0544-0.42440.17850.2248-0.0474-1.087-0.31691.1477-0.0070.5753-0.0289-0.05730.65040.04560.577334.18318.524.258
136.1061.06740.23953.0201-0.36357.0840.229-1.071200.9329-0.0826-0.289-0.37170.729-0.14640.9004-0.01-0.03290.67240.02950.355220.43314.06345.301
141.72521.8129-3.24891.9827-3.79168.2687-0.168-0.1652-0.2334-0.2434-0.1815-0.26690.21670.28120.34950.8902-0.06330.15770.5639-0.0370.36930.29-7.8937.765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A109 - 278
3X-RAY DIFFRACTION3A279 - 474
4X-RAY DIFFRACTION4A475 - 675
5X-RAY DIFFRACTION5A676 - 830
6X-RAY DIFFRACTION6A831 - 1050
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 1000
8X-RAY DIFFRACTION1A1 - 108
9X-RAY DIFFRACTION2A109 - 278
10X-RAY DIFFRACTION3A279 - 474
11X-RAY DIFFRACTION4A475 - 675
12X-RAY DIFFRACTION5A676 - 830
13X-RAY DIFFRACTION6A831 - 1050
14X-RAY DIFFRACTION7B1 - 1000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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