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万見
- PDB-5lud: Structure of Cyclophilin A in complex with 2,3-Diaminopyridine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lud
タイトルStructure of Cyclophilin A in complex with 2,3-Diaminopyridine
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / LIGAND COMPLEX / BETA BARREL / PROLYL CIS/TRANS ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / negative regulation of viral life cycle / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / negative regulation of viral life cycle / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / viral release from host cell / protein peptidyl-prolyl isomerization / Calcineurin activates NFAT / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / : / neutrophil chemotaxis / activation of protein kinase B activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / positive regulation of protein secretion / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / negative regulation of protein kinase activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / protein folding / Platelet degranulation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / Neutrophil degranulation / apoptotic process / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
pyridine-2,3-diamine / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者McNae, I.W. / Nowicki, M.W. / Blackburn, E.A. / Wear, M.A. / Walkinshaw, M.D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust081287/Z/06/Z 英国
Wellcome Trust101527/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2017
タイトル: Thermo-kinetic analysis space expansion for cyclophilin-ligand interactions - identification of a new nonpeptide inhibitor using BiacoreTM T200.
著者: Wear, M.A. / Nowicki, M.W. / Blackburn, E.A. / McNae, I.W. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2016年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1462
ポリマ－18,0371
非ポリマー1091
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.535, 54.477, 86.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 18036.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HEL-S-69p / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: V9HWF5, UniProt: P62937*PLUS, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-76X / pyridine-2,3-diamine / 2,3-ジアミノピリジン


分子量: 109.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris, PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→46.15 Å / Num. obs: 55267 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.443 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4n1m

4n1m


解像度: 1.25→46.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 0.994 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21955 2745 5 %RANDOM
Rwork0.19342 ---
obs0.1947 52465 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.751 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å2-0 Å20 Å2
2--0.8 Å2-0 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1266 0 8 237 1511
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0191345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2941.9511808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.17932953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5425174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1872460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.81615238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.522157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6531.465678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5741.459677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.432.191852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4392.196853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6241.745667
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6241.744667
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8382.502955
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.33714.051720
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.1212.8311585
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 156 -
Rwork0.314 3497 -
obs--88.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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