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- PDB-5lu3: The Structure of Spirochaeta thermophila CBM64 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lu3
タイトルThe Structure of Spirochaeta thermophila CBM64
要素Glycoside hydrolase family 12
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CBM64 Spirochaeta thermophila X-ray / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase activity / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding module 64 / Carbohydrate-binding module 64 / Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15-pentaoxaoctadecan-17-amine / FORMIC ACID / NICKEL (II) ION / 4-oxobutanoic acid / Glycoside hydrolase family 12
類似検索 - 構成要素
生物種Spirochaeta thermophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Correia, M.A.S. / Romao, M.J. / Carvalho, A.L.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Stability and Ligand Promiscuity of Type A Carbohydrate-binding Modules Are Illustrated by the Structure of Spirochaeta thermophila StCBM64C.
著者: Pires, V.M. / Pereira, P.M. / Bras, J.L. / Correia, M. / Cardoso, V. / Bule, P. / Alves, V.D. / Najmudin, S. / Venditto, I. / Ferreira, L.M. / Romao, M.J. / Carvalho, A.L. / Fontes, C.M. / Prazeres, D.M.
履歴
登録2016年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22017年4月5日Group: Database references
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5206
ポリマ－10,9941
非ポリマー5265
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area5490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.703, 56.703, 66.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-104-

NI

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 12


分子量: 10993.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spirochaeta thermophila (strain ATCC 700085 / DSM 6578 / Z-1203) (バクテリア)
遺伝子: Spith_0373 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0GE26

-
非ポリマー , 6種, 92分子

#2: 化合物 ChemComp-2NV / 3,6,9,12,15-pentaoxaoctadecan-17-amine / Jeffamine ED-2001


分子量: 279.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H29NO5
#3: 化合物 ChemComp-SSN / 4-oxobutanoic acid / Succinic semialdehyde / こはく酸セミアルデヒド


分子量: 102.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1% (w/v) Jeffamine ED-2001, 0.1M HEPES pH7.5 and 1M Succinic acid pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→43.21 Å / Num. obs: 18085 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 79.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 16 / Num. unique all: 870

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→43.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.553 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.052 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15107 891 4.9 %RANDOM
Rwork0.12367 ---
obs0.12506 17144 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.265 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→43.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数741 0 31 87 859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.019828
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.9111125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98831649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.622595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95124.1346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.37615118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.76153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02947
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5111.273365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5091.273366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.681.903459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6781.909460
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0531.649462
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0441.655461
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5092.359665
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.54512.613977
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.54712.638978
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.94631540
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.218531
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.7851572
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.152 70 -
Rwork0.073 1246 -
obs--99.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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