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- PDB-5lt6: Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Al... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lt6
タイトルStructure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives
要素Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
キーワードTRANSFERASE / lysine methyltransferase SETD2 SET domain / SETD2#1
機能・相同性
機能・相同性情報


mesoderm morphogenesis / coronary vasculature morphogenesis / morphogenesis of a branching structure / peptidyl-lysine trimethylation / cell migration involved in vasculogenesis / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / embryonic placenta morphogenesis / regulation of mRNA export from nucleus ...mesoderm morphogenesis / coronary vasculature morphogenesis / morphogenesis of a branching structure / peptidyl-lysine trimethylation / cell migration involved in vasculogenesis / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / embryonic placenta morphogenesis / regulation of mRNA export from nucleus / pericardium development / stem cell development / nucleosome organization / histone H3K36 methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / response to type I interferon / positive regulation of ossification / embryonic cranial skeleton morphogenesis / response to alkaloid / regulation of protein localization to chromatin / response to metal ion / histone H3 methyltransferase activity / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / endodermal cell differentiation / alpha-tubulin binding / positive regulation of interferon-alpha production / mismatch repair / positive regulation of autophagy / forebrain development / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / regulation of cytokinesis / neural tube closure / transcription elongation by RNA polymerase II / stem cell differentiation / response to organic cyclic compound / PKMTs methylate histone lysines / chromosome / regulation of gene expression / angiogenesis / defense response to virus / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase SETD2, animal / Set2 Rpb1 interacting domain / Set2 Rpb1 interacting domain superfamily / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / SETD2/Set2, SET domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / TFIIS/LEDGF domain superfamily ...Histone-lysine N-methyltransferase SETD2, animal / Set2 Rpb1 interacting domain / Set2 Rpb1 interacting domain superfamily / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / SETD2/Set2, SET domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / SET domain superfamily / WW domain / SET domain / SET domain profile. / SET domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-76J / THIOCYANATE ION / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Tisi, D. / Pathuri, P. / Heightman, T.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and Inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives.
著者: Tisi, D. / Chiarparin, E. / Tamanini, E. / Pathuri, P. / Coyle, J.E. / Hold, A. / Holding, F.P. / Amin, N. / Martin, A.C. / Rich, S.J. / Berdini, V. / Yon, J. / Acklam, P. / Burke, R. / ...著者: Tisi, D. / Chiarparin, E. / Tamanini, E. / Pathuri, P. / Coyle, J.E. / Hold, A. / Holding, F.P. / Amin, N. / Martin, A.C. / Rich, S.J. / Berdini, V. / Yon, J. / Acklam, P. / Burke, R. / Drouin, L. / Harmer, J.E. / Jeganathan, F. / van Montfort, R.L. / Newbatt, Y. / Tortorici, M. / Westlake, M. / Wood, A. / Hoelder, S. / Heightman, T.D.
履歴
登録2016年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
B: Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,61312
ポリマ－68,1982
非ポリマー1,41610
水4,738263
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8076
ポリマ－34,0991
非ポリマー7085
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8076
ポリマ－34,0991
非ポリマー7085
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.360, 72.700, 61.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase SETD2 / HIF-1 / Huntingtin yeast partner B / Huntingtin-interacting protein 1 / HIP-1 / Huntingtin- ...HIF-1 / Huntingtin yeast partner B / Huntingtin-interacting protein 1 / HIP-1 / Huntingtin-interacting protein B / Lysine N-methyltransferase 3A / SET domain-containing protein 2 / hSET2 / p231HBP


分子量: 34098.812 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1433-1711 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: SETD2, HIF1, HYPB, KIAA1732, KMT3A, SET2, HSPC069
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon Plus RIL / 参照: UniProt: Q9BYW2, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-76J / [(2~{S},5~{S})-1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-5-azaniumyl-6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexan-2-yl]-pentyl-azanium


分子量: 453.536 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H35N7O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1MHepes,pH7.3, 0.1MKSCN, 25-30%MPEG2000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→61.86 Å / Num. obs: 98247 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 46.33 Å2 / Net I/σ(I): 6.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.05→61.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Blow DPI: 0.171 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.17
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1565 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.182 31328 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.623 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.1635 Å20 Å2-4.4348 Å2
2---3.0956 Å20 Å2
3----5.0678 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→61.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3630 0 76 263 3969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0123919HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.175356HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1380SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes109HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes576HARMONIC16
X-RAY DIFFRACTIONt_it3919HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion6.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.77
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion485SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4398SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 140 4.9 %
Rwork0.237 2715 -
all0.239 2855 -
obs--98.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47480.0885-0.1512.16470.50922.0727-0.0320.0039-0.043-0.0140.01820.08320.09640.06540.0138-0.07650.0148-0.029-0.13020.0166-0.116928.025411.964864.7015
22.42970.17550.92571.88250.35113.0448-0.2962-0.0094-0.05440.06870.17290.2104-0.15450.02620.1232-0.16740.04450.0577-0.08610.0827-0.191456.966815.880135.6808
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1446 - A|1690 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1447 - B|1689 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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