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- PDB-5ls8: Light-activated ruthenium complex bound to a DNA quadruplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ls8
タイトルLight-activated ruthenium complex bound to a DNA quadruplex
要素DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*A)-3')
キーワードDNA / quadruplex / chiral recognition / ruthenium
機能・相同性: / lambda-[Ru(tap2-dppz-CN)]2+ / delta-[Ru(tap2-dppz-CN)]2+ / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者McQuaid, K.T. / Abell, H. / Hall, J.P. / Cardin, C.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K019279/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilMM/M004635/1 英国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2019
タイトル: Structural Studies Reveal Enantiospecific Recognition of a DNA G-Quadruplex by a Ruthenium Polypyridyl Complex.
著者: McQuaid, K. / Abell, H. / Gurung, S.P. / Allan, D.R. / Winter, G. / Sorensen, T. / Cardin, D.J. / Brazier, J.A. / Cardin, C.J. / Hall, J.P.
履歴
登録2016年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年10月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 3.02023年12月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 3.12024年1月10日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,64112
ポリマ－9,9274
非ポリマー4,7158
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area5720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.625, 36.625, 136.104
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*A)-3')


分子量: 2481.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-KSB / lambda-[Ru(tap2-dppz-CN)]2+ / Cyano-derivative of Ruthenium-dipyridophenazine


タイプ: D-beta-peptide, C-gamma linking / 分子量: 772.741 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H21N13Ru
#3: 化合物 ChemComp-QHL / delta-[Ru(tap2-dppz-CN)]2+ / Cyano-derivative of Ruthenium-dipyridophenazine


分子量: 772.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H21N13Ru
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 125uM ss DNA, 10mM KCl, 250uM rac-Ru(TAP)2(dppz-11-CN).Cl2, 0.1 M KCl + 0.0125 M MgSO4.6H2O + 0.025 M TRIS hydrochloride pH 7.5, 5% v/v peg monomethyl ether 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.65324 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.65324 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→68.05 Å / Num. obs: 9958 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 37.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 26 % / Rmerge(I) obs: 1.211 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / CC1/2: 0.916 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2450: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.78→31.719 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 485 4.92 %
Rwork0.214 --
obs0.215 9857 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→31.719 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 611 320 24 955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.4191892
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d34.157367
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045131
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7801-2.03760.37441460.33773157X-RAY DIFFRACTION100
2.0376-2.5670.26681620.29463094X-RAY DIFFRACTION100
2.567-31.72350.20911770.1783121X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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