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- PDB-5lr6: Crystal Structure of COMT in complex with [3-(2,4-dimethyl-1,3-th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lr6
タイトルCrystal Structure of COMT in complex with [3-(2,4-dimethyl-1,3-thiazol-5-yl)-1H-pyrazol-5-yl]-(4-phenylpiperazin-1-yl)methanone
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to olanzapine / response to risperidone / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process ...: / response to olanzapine / response to risperidone / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase activity / catechol O-methyltransferase / renal sodium excretion / developmental process / renal filtration / S-adenosylmethionine metabolic process / renin secretion into blood stream / catecholamine metabolic process / dopamine secretion / renal albumin absorption / artery development / habituation / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / response to salt / glomerulus development / norepinephrine metabolic process / response to angiotensin / fear response / synaptic transmission, dopaminergic / short-term memory / cellular response to phosphate starvation / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / cholesterol efflux / prostaglandin metabolic process / response to food / response to corticosterone / response to temperature stimulus / response to pain / glycogen metabolic process / negative regulation of dopamine metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / dopamine metabolic process / exploration behavior / response to stress / multicellular organismal response to stress / behavioral fear response / response to cytokine / response to amphetamine / learning / kidney development / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / female pregnancy / visual learning / response to wounding / response to estrogen / response to toxic substance / regulation of blood pressure / multicellular organism growth / cognition / memory / gene expression / cell body / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / methylation / vesicle / dendritic spine / postsynaptic membrane / response to hypoxia / learning or memory / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / dendrite / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-731 / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ehler, A. / Lerner, C. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of COMT in complex with [3-(2,4-dimethyl-1,3-thiazol-5-yl)-1H-pyrazol-5-yl]-(4-phenylpiperazin-1-yl)methanone
著者: Lerner, C. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2016年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
B: Catechol O-methyltransferase
C: Catechol O-methyltransferase
D: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,21816
ポリマ－98,7774
非ポリマー2,44112
水4,378243
1
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3054
ポリマ－24,6941
非ポリマー6103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3054
ポリマ－24,6941
非ポリマー6103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3054
ポリマ－24,6941
非ポリマー6103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3054
ポリマ－24,6941
非ポリマー6103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.983, 103.621, 78.409
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Catechol O-methyltransferase


分子量: 24694.332 Da / 分子数: 4 / 断片: SOLUBLE FORM, RESIDUES 44-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-731 / [5-(2,4-dimethyl-1,3-thiazol-5-yl)-1~{H}-pyrazol-3-yl]-(4-phenylpiperazin-1-yl)methanone


分子量: 367.468 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N5OS
#3: 化合物
ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, CHES, PH 9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.48
反射解像度: 2.3→46.94 Å / Num. obs: 50076 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.36 % / Biso Wilson estimate: 45.59 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 7.51
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.361.0181.330.742199.6
2.36-2.420.6881.840.789199.8
2.42-2.490.6032.10.834199.7
2.49-2.570.4572.570.876199.2
2.57-2.660.4042.910.909199.7
2.66-2.750.3353.680.941199.5
2.75-2.850.2734.610.956199.5
2.85-2.970.2055.580.979199.4
2.97-3.10.1527.220.985199.5
3.1-3.250.138.380.984199.2
3.25-3.430.09610.220.991199
3.43-3.640.08611.390.994199.2
3.64-3.890.07913.360.992199.2
3.89-4.20.06414.970.995198.7
4.2-4.60.0616.030.994198.6
4.6-5.140.05615.570.995198.5
5.14-5.940.0615.160.996199.4
5.94-7.270.05415.970.996199.6
7.27-10.290.04718.260.996197.9
10.29-46.940.04620.860.997198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHENIX精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.3→46.938 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.31
詳細: twinned p21 with beta=90. P222 pseudo-symmetry, but structure will not refine in any orthorhombic setting, although the data reduce nicely in P222. Best higher metric symmetry space group ...詳細: twinned p21 with beta=90. P222 pseudo-symmetry, but structure will not refine in any orthorhombic setting, although the data reduce nicely in P222. Best higher metric symmetry space group based on MR LLG. Pseudotranslation in P21 is at 0.038 0.500 0.548. Ligand can be placed with confidence.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2227 2571 5.15 %random
Rwork0.1957 ---
obs0.2035 49921 98.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 159.65 Å2 / Biso mean: 39.0013 Å2 / Biso min: 4.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→46.938 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6659 0 160 243 7062
Biso mean--32.31 29.7 -
残基数----852
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93850.5322-0.65741.4095-0.48751.060.0133-0.49730.24930.33020.1822-0.2662-0.14410.28590.05770.2156-0.0355-0.08390.69960.02080.256126.35147.246234.8922
22.41760.641-1.30262.1583-0.222.53660.0316-0.21340.5730.0225-0.0891-0.0205-0.30020.0726-0.1610.12350.0402-0.03670.702-0.05320.30317.92414.375732.5998
32.22340.07620.35252.00980.3494.18740.1723-0.14730.1134-0.0497-0.2567-0.2674-0.4278-0.1727-0.09480.22530.014-0.05080.5519-0.00530.437917.356517.042620.2504
41.17750.3143-0.36920.65150.43272.0476-0.0985-0.1223-0.0529-0.0789-0.03540.01570.1695-0.27750.02830.09620.0042-0.04590.53020.00460.215817.21094.115714.2024
50.91360.54560.56044.17131.97814.91150.13170.01130.084-0.730.14950.2589-0.2787-0.28060.01860.24340.0387-0.01390.49650.06970.252220.27518.48293.5098
62.87251.55620.19733.90732.06863.87410.1875-0.1115-0.0311-0.18220.3807-0.141-0.2552-0.0398-0.07270.17660.0388-0.09850.4455-0.01290.290819.166417.52876.8071
71.89830.0191-0.23452.3730.47593.04150.1944-0.6148-0.21290.11070.17970.40720.2531-0.68570.06830.2049-0.0496-0.01580.6151-0.0080.25796.2476-7.475774.0329
83.54550.2521.0043.0771.18554.19380.1966-0.3931-0.58560.4273-0.2077-0.14961.0858-0.1095-0.09930.3278-0.0349-0.02480.56930.01870.213514.7819-14.651771.7441
90.9522-0.59480.15272.97030.68894.96510.0261-0.56-0.46160.5321-0.21010.06440.4476-0.2952-0.07650.3692-0.00720.02190.61690.03010.310516.684-17.973359.189
101.4242-0.0559-0.15191.1860.25842.49830.1045-0.0451-0.01130.0073-0.0484-0.1497-0.1490.15750.00120.1189-0.0042-0.01440.5467-0.0150.193515.4566-4.418653.393
111.37360.32760.37163.9317-1.6934.11720.13910.099-0.3997-0.48830.0649-0.21810.35670.052-0.04330.21110.0328-0.03550.625-0.07210.226112.4947-18.892342.8572
123.16640.8955-0.34754.0039-1.3685.6350.2355-0.12060.12960.07720.15550.14380.5587-0.1934-0.14630.2110.0228-0.06240.538-0.0150.206412.1376-19.047548.724
132.6138-0.03950.47042.20640.35424.46870.1990.38980.5833-0.129-0.1050.0904-0.65930.01550.15160.22260.0394-0.00570.6320.01920.264746.31911.83241.8483
140.71240.0454-1.31813.1937-0.02254.09750.10420.4520.3369-0.0194-0.1539-0.2595-0.87290.16220.09840.2682-0.04660.05620.60620.06180.293350.906917.959615.3685
151.1183-0.17760.07250.9433-0.21773.272-0.02280.1348-0.04650.0694-0.0443-0.03620.06870.23240.07370.1213-0.0045-0.01740.49670.01020.216950.90834.757421.258
162.1496-0.46380.50493.621-2.0646.8644-0.3386-0.19770.10810.77640.1236-0.0951-0.64-0.02360.14140.3356-0.0479-0.04990.5105-0.11110.259447.721119.147531.8848
173.3287-0.48710.06054.2383-1.14415.6057-0.10780.46630.1118-0.0496-0.12070.5552-0.6116-0.31010.04830.2606-0.1137-0.14420.4183-0.00510.39147.772318.936126.9778
181.58690.3766-0.13852.17960.12874.59040.09020.3575-0.0649-0.05620.1418-0.06350.15150.53920.04630.22590.0481-0.03170.4398-0.06620.233261.8827-6.894639.8263
193.54050.36451.03862.9555-1.26954.53890.1140.0301-0.5569-0.6197-0.05250.19540.6347-0.2792-0.13210.2857-0.0539-0.04160.5135-0.01920.192253.4878-14.031342.0966
203.78780.0734-1.82691.86320.3435.83830.0365-0.0617-0.08650.2628-0.2828-0.11770.6901-0.0822-0.13080.3413-0.0143-0.07490.43270.07710.343153.3084-16.497554.511
211.12980.2987-0.31420.88730.14533.2810.0369-0.09590.0159-0.05410.00530.1169-0.1507-0.22090.00750.1220.0089-0.04150.49590.00870.212252.7178-3.755860.5133
222.3933-2.4559-1.95924.11731.46637.95530.2686-0.52830.06850.48140.1294-0.08990.35480.44730.00810.3109-0.0541-0.09690.58720.02620.287657.437-14.833876.185
231.06420.2974-1.27524.0802-0.50254.748-0.08490.6225-0.2854-0.46720.21-0.41460.95680.3290.33160.27390.00880.10610.8685-0.03370.317957.2356-22.054163.04
241.09490.48750.332.05340.1094.7084-0.0101-0.29370.08760.357-0.09070.03160.3088-0.23220.04440.2453-0.1021-0.02710.43170.08920.194352.8419-16.242369.5636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 16 )A2 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 35 )A17 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 36 through 57 )A36 - 57
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 58 through 176 )A58 - 176
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 177 through 198 )A177 - 198
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 201 through 216 )A201 - 216
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 16 )B2 - 16
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 17 through 35 )B17 - 35
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 36 through 57 )B36 - 57
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 58 through 176 )B58 - 176
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 177 through 198 )B177 - 198
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 199 through 216 )B199 - 216
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 3 through 35 )C3 - 35
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 36 through 57 )C36 - 57
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 58 through 176 )C58 - 176
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 177 through 198 )C177 - 198
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 199 through 217 )C199 - 217
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 2 through 16 )D2 - 16
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 17 through 35 )D17 - 35
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 36 through 57 )D36 - 57
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 58 through 176 )D58 - 176
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 177 through 188 )D177 - 188
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 189 through 202 )D189 - 202
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 203 through 215 )D203 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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