PDB-5lgp: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand P1C3s

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lgp

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand P1C3s

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1
Polyadenylate-binding protein 1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / mCRD-mediated mRNA stability complex / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / translation activator activity / endochondral bone morphogenesis / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / histone H3R2 methyltransferase activity ...histone H3R26 methyltransferase activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / mCRD-mediated mRNA stability complex / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / translation activator activity / endochondral bone morphogenesis / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / protein methyltransferase activity / Estrogen-dependent gene expression / Deadenylation of mRNA / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein-arginine N-methyltransferase activity / replication fork reversal / positive regulation of cytoplasmic translation / poly(A) binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / mRNA stabilization / poly(U) RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Translation initiation complex formation / : / histone methyltransferase activity / cell leading edge / nuclear replication fork / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of fat cell differentiation / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of viral genome replication / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / protein localization to chromatin / response to cAMP / catalytic step 2 spliceosome / nuclear receptor coactivator activity / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / mRNA 3'-UTR binding / lysine-acetylated histone binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / RNA polymerase II transcription regulator complex / lamellipodium / methylation / cell population proliferation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / mRNA binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Marechal, N. / Troffer-Charlier, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Transition state mimics are valuable mechanistic probes for structural studies with the arginine methyltransferase CARM1.
著者: van Haren, M.J. / Marechal, N. / Troffer-Charlier, N. / Cianciulli, A. / Sbardella, G. / Cavarelli, J. / Martin, N.I.

履歴

登録	2016年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月5日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2017年4月12日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lgp.cif.gz	801.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lgp.ent.gz	686 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lgp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5lgp_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lgp_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5lgp_validation.xml.gz	57.5 KB	表示
CIF形式データ	5lgp_validation.cif.gz	82.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/5lgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/5lgp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lgqC 5lgrC 5lgsC 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lgs-d 5lgr-d 2y1x-d 5dwq-d 5dx8-d 5lv2-2 6s77-d 5dx0-d 6arj-d 5is6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (14) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (3)

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「今月の分子」の関連する項目

#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (14)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
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ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (3)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

E: Polyadenylate-binding protein 1

F: Polyadenylate-binding protein 1

G: Polyadenylate-binding protein 1

H: Polyadenylate-binding protein 1

ヘテロ分子

170 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.794, 98.714, 207.253
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-728- HOH

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	Polyadenylate-binding protein 1 / Poly(A)-binding protein 1 分子量: 1299.521 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成詳細: URG is a modified ARG residue ARP is an acetylated PRO residue 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11940

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#2: タンパク質・ペプチド

Polyadenylate-binding protein 1 / Poly(A)-binding protein 1

分子量: 1299.521 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: URG is a modified ARG residue ARP is an acetylated PRO residue
由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11940

-
非ポリマー , 4種, 768分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-8ZB / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-propyl-oxolane-3,4-diol 分子量: 279.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇N₅O₃ 詳細: URG is a modified ARG residue ARP is an acetylated PRO residue
#5: 化合物	ChemComp-LPD / L-PROLINAMIDE / L-プロリンアミドタイプ: L-peptide linking / 分子量: 114.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀N₂O 詳細: URG is a modified ARG residue ARP is an acetylated PRO residue
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5 16% PEG 3350 200 mM A.S.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→48 Å / Num. obs: 98498 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 31.63 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.04→2.07 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 2.331 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / CC_1/2: 0.313 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2386: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.04→48 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.65

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2193	4879	4.96 %	Random selection
R_work	0.1873	-	-	-
obs	0.1889	98404	99.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11449	0	20	755	12224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	11766
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.691	15944
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.897	6959
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1739
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2094

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.04-2.0632	0.3382	185	0.3318	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0632-2.0875	0.3165	137	0.3129	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0875-2.1129	0.3156	150	0.2928	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1129-2.1397	0.3338	152	0.2869	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1397-2.1678	0.3172	169	0.285	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1678-2.1975	0.2945	167	0.2834	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1975-2.2289	0.317	183	0.2709	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2289-2.2622	0.2998	158	0.2585	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2622-2.2975	0.2665	165	0.2508	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2975-2.3352	0.263	154	0.2361	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3352-2.3755	0.2765	141	0.2379	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3755-2.4186	0.2848	169	0.2247	3104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4186-2.4652	0.2094	164	0.2151	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4652-2.5155	0.2566	148	0.2157	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5155-2.5702	0.2388	164	0.2014	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5702-2.63	0.2391	158	0.2019	3102	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.6957	0.256	172	0.2006	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6957-2.7686	0.2444	140	0.1991	3126	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7686-2.8501	0.2209	167	0.1981	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8501-2.942	0.2303	150	0.1893	3145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.942-3.0472	0.2195	165	0.1864	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0472-3.1692	0.2265	174	0.1938	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1692-3.3134	0.2155	161	0.1802	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3134-3.488	0.1968	144	0.1707	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
3.488-3.7065	0.2085	168	0.1524	3158	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7065-3.9925	0.1621	178	0.1446	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9925-4.394	0.1573	175	0.1301	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
4.394-5.0293	0.1539	148	0.1267	3195	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0293-6.3341	0.2172	177	0.1587	3207	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3341-48.0275	0.1954	196	0.1825	3343	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6096	-0.3224	0.0421	1.2366	0.0597	1.7988	-0.0091	-0.1868	0.2629	0.1108	-0.0552	0.0461	-0.2866	0.0372	0.0587	0.3051	-0.0343	0.0325	0.22	-0.0626	0.3173	54.9713	40.0985	133.7905
2	1.7597	0.6432	0.6917	0.1283	0.2229	0.5948	0.0841	-0.0696	-0.0987	0.059	-0.0359	0.0655	0.0072	0.0207	-0.0436	0.2311	0.0015	0.0115	0.1488	-0.018	0.3214	47.8615	11.9278	119.2948
3	0.4197	-0.0414	0.014	1.8125	-0.0244	1.5196	-0.0148	-0.0191	-0.0522	-0.2005	0.0113	-0.0941	0.0586	0.1355	0.0002	0.2182	-0.0351	0.0516	0.2273	-0.0106	0.3209	60.3059	19.4203	119.3978
4	1.142	0.0024	-0.254	1.0854	0.5889	1.8146	0.085	0.0401	0.0539	-0.0936	-0.025	0.0377	-0.2069	-0.1463	-0.0708	0.24	0.0608	0.0143	0.1729	0.0365	0.2914	18.9717	19.7937	114.9256
5	3.0752	1.4777	-0.5593	0.6968	-0.3793	0.2552	0.295	-0.4155	0.0899	0.2723	-0.1411	0.053	-0.0794	0.0775	-0.1331	0.379	-0.0141	0.0353	0.3824	-0.0152	0.2892	38.0981	28.8555	148.4087
6	2.4892	0.3675	0.5149	0.7618	0.5186	1.8286	0.0655	-0.2529	0.0333	0.0734	-0.099	0.1385	0.0741	-0.2233	0.0239	0.2861	0.0016	0.0503	0.2909	0.0033	0.3231	17.021	21.7172	137.5239
7	1.0594	0.1025	-0.2931	0.8529	-0.5679	2.5775	0.1222	-0.1757	0.1111	-0.0172	0.0168	-0.1605	-0.1778	0.1422	-0.1526	0.2991	-0.0269	0.0319	0.2432	-0.0186	0.3239	24.4728	30.1291	141.5206
8	1.9195	0.0478	-0.0167	1.427	-0.3647	1.521	-0.0585	0.0225	0.2068	-0.0376	0.048	0.0132	-0.2527	-0.1672	0.0073	0.4289	0.0471	0.0294	0.4346	-0.0007	0.3157	23.2052	41.8111	175.2808
9	0.4788	0.0763	0.2537	0.0985	0.0595	0.5747	0.1134	-0.0679	-0.0478	-0.0793	-0.0532	0.1061	-0.0799	-0.15	-0.073	0.2992	0.0122	0.0327	0.4196	-0.0126	0.2833	26.0629	21.0705	191.0909
10	0.8012	-0.0647	-0.0718	1.63	-0.6086	0.926	-0.042	0.0228	-0.0892	0.1281	0.0511	0.1636	-0.0093	-0.1951	-0.0132	0.2987	0.0414	0.0666	0.4816	-0.0325	0.2887	16.2152	20.161	191.065
11	1.1025	0.1069	-0.6408	1.533	-0.3588	1.4314	0.0865	-0.1636	-0.0124	0.1016	-0.0864	-0.1933	-0.1316	0.1925	-0.008	0.2917	-0.0789	-0.0058	0.4444	-0.0425	0.2933	57.272	18.0544	196.2038
12	2.0039	-1.3556	-0.1459	0.9251	0.2047	0.1861	0.1858	0.3853	0.0485	-0.2237	-0.1466	-0.0746	0.0391	-0.0056	-0.0535	0.419	-0.0205	0.0547	0.5037	-0.0263	0.2952	39.9722	27.7197	164.1251
13	1.5501	-0.1777	0.2073	1.2488	0.3414	2.4987	-0.0644	0.1877	-0.1235	-0.0669	0.0859	-0.1754	0.0586	0.709	-0.0383	0.3589	0.0038	0.0427	0.5742	-0.0106	0.345	63.7796	23.1656	175.9871
14	0.283	0.2166	0.061	0.7584	-0.4784	1.7554	0.0301	0.1154	-0.0621	-0.1539	-0.0478	-0.1459	-0.0051	0.2735	0.047	0.344	-0.0021	0.047	0.4819	-0.047	0.3321	58.5493	17.412	170.6024
15	1.4377	0.4482	-1.2629	0.9231	-0.8466	2.3481	0.3956	-0.2806	0.0517	0.16	-0.1426	0.1726	-0.3957	0.3346	-0.2608	0.4363	0.0052	0.0272	0.5903	0.0205	0.3555	50.6259	27.308	167.7259
16	0.166	0.0011	-0.3952	0.9785	-0.4132	1.1842	0.0921	-0.0666	-0.0091	0.4531	0.1484	0.0521	-0.4115	0.5545	-0.1328	0.3948	0.0187	-0.0261	0.3101	-0.032	0.3659	32.9108	21.3887	128.2453
17	0.8364	-0.3385	0.135	0.4916	-0.4225	2.6152	-0.0123	0.0955	-0.4256	-0.1941	-0.0996	1.1365	0.4519	-0.5229	0.1604	0.3251	-0.0491	0.0038	0.3045	-0.0812	0.5541	45.966	25.3481	129.7123
18	0.4449	0.5568	0.1832	1.5077	0.3826	0.1217	-0.0547	0.1144	-0.2182	0.6304	-0.0745	-1.1375	0.6392	0.5174	0.076	0.6902	0.1299	0.0132	0.4771	0.0324	0.6077	30.97	26.1395	182.3173
19	0.2327	0.2114	0.1226	0.6979	0.5046	1.4207	-0.0776	0.1314	0.1129	-0.402	-0.0892	0.2064	-0.5225	-1.3109	0.2079	0.5442	0.0153	0.0021	0.7709	-0.0579	0.455	43.337	20.9162	182.986

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 136 through 282 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 283 through 349 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 350 through 478 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 135 through 293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 294 through 336 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 337 through 365 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 446 through 477 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 136 through 257)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 258 through 336 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 337 through 478 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 136 through 293)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 294 through 344 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 345 through 372 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 373 through 430 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 458 through 477 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid -8 through 4 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid -6 through 4)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'G' and (resid -6 through 4 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'H' and (resid -8 through 4 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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