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- PDB-5l79: Crystal structure of MMP12 in complex with RXP470.1 conjugated wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l79
タイトルCrystal structure of MMP12 in complex with RXP470.1 conjugated with fluorophore Cy5,5 in space group P21212.
要素Macrophage metalloelastase
キーワードHYDROLASE / Probes for optical imaging / MMP-12 / metalloprotease / inflammation / aneurysm / fluorophore / Cy5 / 5 / cyanine
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage elastase / negative regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / bronchiole development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / elastin catabolic process / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / lung alveolus development ...macrophage elastase / negative regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / bronchiole development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / elastin catabolic process / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / lung alveolus development / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / positive regulation of interferon-alpha production / extracellular matrix disassembly / core promoter sequence-specific DNA binding / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / cellular response to virus / protein import into nucleus / endopeptidase activity / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain ...Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(2S)-3-[(S)-(4-BROMOPHENYL)(HYDROXY)PHOSPHORYL]-2-{[3-(3'-CHLOROBIPHENYL-4-YL)-1,2-OXAZOL-5-YL]METHYL}PROPANOYL]-L-ALPHA-GLUTAMYL-L-ALPHA-GLUTAMINE / CY5.5-PEG2 / Chem-R47 / Macrophage metalloelastase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Tepshi, L. / Bordenave, T. / Devel, L. / Dive, V. / Stura, E.A.
引用ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2016
タイトル: Synthesis and in Vitro and in Vivo Evaluation of MMP-12 Selective Optical Probes.
著者: Bordenave, T. / Helle, M. / Beau, F. / Georgiadis, D. / Tepshi, L. / Bernes, M. / Ye, Y. / Levenez, L. / Poquet, E. / Nozach, H. / Razavian, M. / Toczek, J. / Stura, E.A. / Dive, V. / Sadeghi, M.M. / Devel, L.
履歴
登録2016年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年10月26日Group: Database references
改定 2.02018年6月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_molecule_features / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage metalloelastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,11713
ポリマ－17,6161
非ポリマー2,50212
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area8760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.900, 62.790, 37.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-473-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Macrophage metalloelastase / MME / Macrophage elastase / hME / Matrix metalloproteinase-12 / MMP-12


分子量: 17615.670 Da / 分子数: 1 / 変異: F171D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP12, HME / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39900, macrophage elastase

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非ポリマー , 7種, 93分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-R47 / N-[(2S)-3-[(S)-(4-bromophenyl)(hydroxy)phosphoryl]-2-{[3-(3'-chlorobiphenyl-4-yl)-1,2-oxazol-5-yl]methyl}propanoyl]-L-alpha-glutamyl-L-alpha-glutamine / RXP470.1


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 818.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H35BrClN4O10P
参照: N-[(2S)-3-[(S)-(4-BROMOPHENYL)(HYDROXY)PHOSPHORYL]-2-{[3-(3'-CHLOROBIPHENYL-4-YL)-1,2-OXAZOL-5-YL]METHYL}PROPANOYL]-L-ALPHA-GLUTAMYL-L-ALPHA-GLUTAMINE
#5: 化合物 ChemComp-6PJ / CY5.5-PEG2


分子量: 1092.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H65N3O16S4
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 % / 解説: flat plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: protein: hMMP12 689 micro-M + 10 milli-M hydroxamic acid in .2 M NaCl, .02 M TRIS pH 7.5, 3 milli-M CaCl2, 0.1 milli-M ZnCl2 + 1 milli-M RXP470.1-PEG-Cy5.5 precipitant: 20% PEG4K, 2% dioxane, ...詳細: protein: hMMP12 689 micro-M + 10 milli-M hydroxamic acid in .2 M NaCl, .02 M TRIS pH 7.5, 3 milli-M CaCl2, 0.1 milli-M ZnCl2 + 1 milli-M RXP470.1-PEG-Cy5.5 precipitant: 20% PEG4K, 2% dioxane, 0.2 milli-M TRIS pH 9.5 cryoprotectant: 40% CM26 (12.5 % diethylene glycol + 12.5 % ethylene glycol + 12.5 % glycerol + 25 % 2,3-butanediol + 12.5 % DMSO), 25% MPEG 6K, 100 milii-M bistrisPhosphate/Na citrate pH 6.8
PH範囲: 6.8-9.5 / Temp details: cooled incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 19792 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.69 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 10.15
反射 シェル解像度: 2.07→2.13 Å / 冗長度: 4.73 % / Rmerge(I) obs: 1.278 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GQL

4gql


解像度: 2.07→47.01 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 986 5 %
Rwork0.206 --
obs0.208 19713 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→47.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1246 0 152 81 1479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2391962
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.061498
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0719-2.18120.36461360.3232667X-RAY DIFFRACTION99
2.1812-2.31780.31551410.30492666X-RAY DIFFRACTION99
2.3178-2.49680.28211400.26362678X-RAY DIFFRACTION99
2.4968-2.7480.2871420.24272676X-RAY DIFFRACTION99
2.748-3.14560.26421430.21782685X-RAY DIFFRACTION100
3.1456-3.96280.18491440.17352660X-RAY DIFFRACTION100
3.9628-47.01830.20511400.15832695X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.8974 Å / Origin y: 15.9605 Å / Origin z: 3.6352 Å
111213212223313233
T0.2445 Å2-0.0011 Å20.0297 Å2-0.2567 Å20.0877 Å2--0.2041 Å2
L5.504 °20.3503 °20.669 °2-2.7748 °20.4578 °2--1.0486 °2
S-0.0377 Å °-0.516 Å °-0.0523 Å °0.2374 Å °0.0171 Å °0.2226 Å °0.0599 Å °-0.1502 Å °-0.0155 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (CHAIN A AND RESSEQ 1:504)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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