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万見
- PDB-5l2n: Structure of ALDH1A1 in complex with BUC25 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l2n
タイトルStructure of ALDH1A1 in complex with BUC25
要素Retinal dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / ALDH1A1 Inhibitor / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / acetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency ...fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / acetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / Fructose catabolism / aldehyde metabolic process / Ethanol oxidation / RA biosynthesis pathway / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / androgen binding / cellular detoxification of aldehyde / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / retinol metabolic process / negative regulation of cold-induced thermogenesis / retinoid metabolic process / GTPase activator activity / NAD binding / axon / synapse / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6ZU / YTTERBIUM (III) ION / Aldehyde dehydrogenase 1A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Buchman, C.D. / Hurley, T.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R21 CA198409 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Inhibition of the Aldehyde Dehydrogenase 1/2 Family by Psoralen and Coumarin Derivatives.
著者: Buchman, C.D. / Hurley, T.D.
履歴
登録2016年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4934
ポリマ－54,9411
非ポリマー5533
水5,098283
1
A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,97416
ポリマ－219,7624
非ポリマー2,21212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
Buried area21300 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area59130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.940, 108.940, 83.189
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number89
Space group name H-MP422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-944-

HOH

21A-973-

HOH

31A-974-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Retinal dehydrogenase 1 / RalDH1 / ALDH-E1 / ALHDII / Aldehyde dehydrogenase family 1 member A1 / Aldehyde dehydrogenase / cytosolic


分子量: 54940.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A1, ALDC, ALDH1, PUMB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00352, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, retinal dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#3: 化合物 ChemComp-6ZU / 3-benzyl-4-methyl-2-oxo-2H-1-benzopyran-7-yl methanesulfonate


分子量: 344.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16O5S
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM BisTris, 200 mM NaCl, 5 mM YbCl3, 9-11% PEG3350
PH範囲: 6.2-6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 54840 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 350040
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.736.10.65427480.6370.2840.7161.025100
1.73-1.765.70.55326970.6930.2490.6091.02499.6
1.76-1.796.10.51827020.7630.2230.5651.02799.9
1.79-1.836.60.45627440.820.1870.4941.04499.8
1.83-1.876.70.39827200.8360.1640.4321.01799.7
1.87-1.916.60.34527200.8920.1430.3751.02699.6
1.91-1.966.50.30927170.9010.1280.3361.02899.6
1.96-2.026.40.27227460.9150.1150.2961.01199.7
2.02-2.076.20.24227300.930.1030.2640.99699.6
2.07-2.145.70.21527390.9320.0960.2361.0398.9
2.14-2.226.70.19727240.9510.080.2140.99899.6
2.22-2.316.60.17727390.9630.0730.1921.02499.4
2.31-2.416.60.16527240.9670.0680.1791.01899.3
2.41-2.546.60.15327610.9720.0630.1661.04198.8
2.54-2.76.10.13527420.9760.0580.1471.04398.9
2.7-2.916.50.11727350.9840.0480.1271.01898.1
2.91-3.26.80.09727560.9890.0390.1051.01498.5
3.2-3.666.60.0827690.9940.0320.0861.03998.2
3.66-4.616.30.06227540.9960.0260.0680.99196.1
4.61-506.30.07128730.9920.0290.0770.99694.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 7.699 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2433 2782 5.1 %RANDOM
Rwork0.2146 ---
obs0.216 52057 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.58 Å2 / Biso mean: 39.749 Å2 / Biso min: 3.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20 Å2-0 Å2
2--1.02 Å2-0 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3776 0 26 283 4085
Biso mean--37.63 35.04 -
残基数----494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193918
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.9685312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78338510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1175499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.58424.788165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.42215640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8461516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02874
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 193 -
Rwork0.354 3821 -
all-4014 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.60291.85747.2491.86881.70335.68520.31260.0201-0.46250.1368-0.1562-0.04090.431-0.1055-0.15640.3553-0.02590.16080.33420.04040.410942.4609-39.705216.974
21.6920.3037-0.31072.2356-0.32490.2702-0.24-0.5392-0.46950.60180.02450.0535-0.04740.07230.21550.2290.11350.09960.17860.1470.244755.9199-19.253619.673
32.47520.636-0.35222.5723-1.15561.6675-0.3291-0.5804-0.19470.49340.10110.6243-0.0363-0.08350.2280.21670.12370.26910.1680.08080.421828.3082-10.356521.1909
41.25691.1519-0.60284.5565-2.03812.8421-0.00370.05490.23910.40650.14780.1053-0.1927-0.144-0.14420.05440.0067-0.03580.01290.03020.135668.82893.52595.1913
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2A20 - 266
3X-RAY DIFFRACTION3A267 - 483
4X-RAY DIFFRACTION4A484 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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