[日本語] English
万見
- PDB-5kya: Brain penetrant liver X receptor (LXR) modulators based on a 2,4,... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kya
タイトルBrain penetrant liver X receptor (LXR) modulators based on a 2,4,5,6-tetrahydropyrrolo[3,4-c]pyrazole core
要素
  • Oxysterols receptor LXR-beta
  • Retinoic acid receptor RXR-beta
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Nuclear receptor / Liver X Receptor / LXRbeta-LBD/RXRbeta-LBD heterodimer / Chemical modulators
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / ventricular cardiac muscle cell differentiation / negative regulation of pinocytosis / maternal placenta development / regulation of lipid storage / positive regulation of triglyceride biosynthetic process ...positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / ventricular cardiac muscle cell differentiation / negative regulation of pinocytosis / maternal placenta development / regulation of lipid storage / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / apolipoprotein A-I receptor binding / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of lipid storage / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / negative regulation of lipid transport / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Signaling by Retinoic Acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cholesterol efflux / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of bone mineralization / nuclear retinoid X receptor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / intracellular receptor signaling pathway / cellular response to retinoic acid / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of proteolysis / VLDLR internalisation and degradation / cholesterol homeostasis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / response to nutrient levels / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / chromatin DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Liver X receptor / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type ...Liver X receptor / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6Y4 / Retinoic acid receptor RXR-beta / Oxysterols receptor LXR-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Chen, G. / McKeever, B.M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Brain penetrant liver X receptor (LXR) modulators based on a 2,4,5,6-tetrahydropyrrolo[3,4-c]pyrazole core.
著者: Tice, C.M. / Noto, P.B. / Fan, K.Y. / Zhao, W. / Lotesta, S.D. / Dong, C. / Marcus, A.P. / Zheng, Y.J. / Chen, G. / Wu, Z. / Van Orden, R. / Zhou, J. / Bukhtiyarov, Y. / Zhao, Y. / Lipinski, ...著者: Tice, C.M. / Noto, P.B. / Fan, K.Y. / Zhao, W. / Lotesta, S.D. / Dong, C. / Marcus, A.P. / Zheng, Y.J. / Chen, G. / Wu, Z. / Van Orden, R. / Zhou, J. / Bukhtiyarov, Y. / Zhao, Y. / Lipinski, K. / Howard, L. / Guo, J. / Kandpal, G. / Meng, S. / Hardy, A. / Krosky, P. / Gregg, R.E. / Leftheris, K. / McKeever, B.M. / Singh, S.B. / Lala, D. / McGeehan, G.M. / Zhuang, L. / Claremon, D.A.
履歴
登録2016年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oxysterols receptor LXR-beta
B: Retinoic acid receptor RXR-beta
E: Oxysterols receptor LXR-beta
F: Retinoic acid receptor RXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,3826
ポリマ－121,4194
非ポリマー9632
水25214
1
A: Oxysterols receptor LXR-beta
B: Retinoic acid receptor RXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1913
ポリマ－60,7092
非ポリマー4811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area21530 Å2
手法PISA
2
E: Oxysterols receptor LXR-beta
F: Retinoic acid receptor RXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1913
ポリマ－60,7092
非ポリマー4811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area21980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.439, 101.089, 143.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12B
22F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALASPASPAA218 - 47725 - 284
21VALVALASPASPEC218 - 47725 - 284
12GLUGLUGLNGLNBB297 - 5436 - 252
22GLUGLUGLNGLNFD297 - 5436 - 252

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細Dimer confirmed by size exclusion chromatography

-
要素

#1: タンパク質 Oxysterols receptor LXR-beta / Liver X receptor beta / Nuclear receptor NER / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 2 / ...Liver X receptor beta / Nuclear receptor NER / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 2 / Ubiquitously-expressed nuclear receptor


分子量: 32457.008 Da / 分子数: 2 / 変異: G213H, E214M, Q259A, R261G, D262S, R264S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H2, LXRB, NER, UNR / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P55055
#2: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-beta / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 2 / Retinoid X receptor beta


分子量: 28252.461 Da / 分子数: 2 / 変異: G293M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRB, NR2B2 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28702
#3: 化合物 ChemComp-6Y4 / [2-[(6~{R})-2-(3-methylsulfonylphenyl)-6-propan-2-yl-4,6-dihydropyrrolo[3,4-c]pyrazol-5-yl]-4-(trifluoromethyl)pyrimidin-5-yl]methanol


分子量: 481.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22F3N5O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.86 % / 解説: rod shaped 50 to 100um
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1uL of scLXRbeta-LBD/scRXRbeta-LBD @ 10 mg protein/ml in 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT containing 1mM ligand and less than 2%(v/v) DMSO was mixed with 1uL of reservoir solution ...詳細: 1uL of scLXRbeta-LBD/scRXRbeta-LBD @ 10 mg protein/ml in 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT containing 1mM ligand and less than 2%(v/v) DMSO was mixed with 1uL of reservoir solution (0.2M LiCl, 16-20%(w/v) PEG3350, 7-10%(v/v) ethylene glycol, 0.01M Strontium chloride) on a circular, silanized glass cover slide and inverted and sealed with silicon grease over a well of 200uL of reservoir solution. Crystallization plates were incubated at 23 deg C for 2-5 days before rods would appear measuring 50 to 100um long.
PH範囲: 7.5 - 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: CryoJet - Nitrogen gas
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→44.48 Å / Num. obs: 29831 / % possible obs: 99.89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 52.376 Å2 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.598→2.67 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.598→44.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 11.824 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.331 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24851 1581 5 %RANDOM
Rwork0.19679 ---
obs0.19942 29831 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.376 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å2-0 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.598→44.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7470 0 66 14 7550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0197676
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6171.98710370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.991317451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1565915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.31823.557357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.635151411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2761566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.664.8893699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6594.8883698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5867.3094601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5867.314602
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7515.4813977
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7515.483978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5947.9935770
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.50938.2638638
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.50938.2648637
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A15359
12E15359
21B13454
22F13454
LS精密化 シェル解像度: 2.598→2.665 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 111 -
Rwork0.26 2147 -
obs--98.95 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る