PDB-5k4j: Crystal Structure of CDK2 in complex with compound 22

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k4j

タイトル

Crystal Structure of CDK2 in complex with compound 22

要素

Cyclin-dependent kinase 2

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein Kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / 2-Layer Sandwich ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Yin, J. / Wang, W.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of (S)-1-(1-(4-Chloro-3-fluorophenyl)-2-hydroxyethyl)-4-(2-((1-methyl-1H-pyrazol-5-yl)amino)pyrimidin-4-yl)pyridin-2(1H)-one (GDC-0994), an Extracellular Signal-Regulated ...
著者: Blake, J.F. / Burkard, M. / Chan, J. / Chen, H. / Chou, K.J. / Diaz, D. / Dudley, D.A. / Gaudino, J.J. / Gould, S.E. / Grina, J. / Hunsaker, T. / Liu, L. / Martinson, M. / Moreno, D. / ...

履歴

登録	2016年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k4j.cif.gz	133.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k4j.ent.gz	103.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/5k4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/5k4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k4iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2uzn-d 2bhh-d 2r3q-d 6inl-d 5kmk-d 2btr-d 3uli-d 2r64-d 3rak-d 3wbl-d 4fkj-d 1h00-d 2vta-d 7ako-1 1b39-d 1ckp-d 2vtp-d 3qx4-d 5ano-d 4a4v-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclin-dependent kinase 2

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.646, 71.681, 72.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cyclin-dependent kinase 2 / Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase 分子量: 34047.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物	ChemComp-6QB / 1-[(1~{S})-1-(4-chloranyl-3-fluoranyl-phenyl)-2-oxidanyl-ethyl]-4-[2-[(2-methylpyrazol-3-yl)amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-one / GDC-0994 分子量: 440.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₈ClFN₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.66 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 4K, 50 mM Hepes pH7.5, 50 mM Ammonia Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 37421 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 12.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→36.912 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2231	3669	10.14 %
R_work	0.1751	-	-
obs	0.18	36166	50.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.912 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2268	0	31	237	2536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.022	2384
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.889	3237
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.083	886
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	360
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	412

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5999-1.6209	0.2649	96	0.2053	887	X-RAY DIFFRACTION	36
1.6209-1.6431	0.2782	105	0.1975	1091	X-RAY DIFFRACTION	43
1.6431-1.6666	0.2025	128	0.1964	1140	X-RAY DIFFRACTION	46
1.6666-1.6915	0.2677	145	0.1979	1174	X-RAY DIFFRACTION	49
1.6915-1.7179	0.2414	160	0.1956	1226	X-RAY DIFFRACTION	50
1.7179-1.7461	0.228	134	0.1971	1258	X-RAY DIFFRACTION	51
1.7461-1.7762	0.2409	153	0.1884	1239	X-RAY DIFFRACTION	51
1.7762-1.8085	0.2237	144	0.1871	1260	X-RAY DIFFRACTION	52
1.8085-1.8433	0.2591	173	0.1903	1264	X-RAY DIFFRACTION	52
1.8433-1.8809	0.228	157	0.1774	1255	X-RAY DIFFRACTION	52
1.8809-1.9218	0.2357	155	0.1763	1263	X-RAY DIFFRACTION	52
1.9218-1.9665	0.255	147	0.1784	1245	X-RAY DIFFRACTION	51
1.9665-2.0157	0.1962	120	0.1705	1297	X-RAY DIFFRACTION	52
2.0157-2.0702	0.221	151	0.1685	1263	X-RAY DIFFRACTION	52
2.0702-2.1311	0.2172	164	0.1716	1265	X-RAY DIFFRACTION	52
2.1311-2.1999	0.2001	128	0.1626	1278	X-RAY DIFFRACTION	52
2.1999-2.2785	0.2136	119	0.1735	1291	X-RAY DIFFRACTION	52
2.2785-2.3697	0.1943	134	0.1641	1291	X-RAY DIFFRACTION	52
2.3697-2.4775	0.2007	135	0.1644	1297	X-RAY DIFFRACTION	52
2.4775-2.6081	0.1841	131	0.1674	1277	X-RAY DIFFRACTION	52
2.6081-2.7715	0.2499	144	0.176	1291	X-RAY DIFFRACTION	53
2.7715-2.9854	0.2577	151	0.1846	1322	X-RAY DIFFRACTION	53
2.9854-3.2856	0.2609	128	0.1801	1333	X-RAY DIFFRACTION	54
3.2856-3.7606	0.2071	147	0.1684	1313	X-RAY DIFFRACTION	54
3.7606-4.7364	0.1856	175	0.1495	1277	X-RAY DIFFRACTION	53
4.7364-36.9218	0.2515	145	0.1917	1400	X-RAY DIFFRACTION	57

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -1.9553 Å / Origin y: -30.5706 Å / Origin z: 57.9652 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0273 Å²	0.0087 Å²	0.0019 Å²	-	0.0115 Å²	-0.0147 Å²	-	-	0.0472 Å²
L	0.7869 °²	0.355 °²	-0.0178 °²	-	0.2315 °²	-0.0672 °²	-	-	1.1023 °²
S	0.0164 Å °	0.0494 Å °	-0.0342 Å °	0.0127 Å °	-0.016 Å °	-0.0707 Å °	-0.0189 Å °	0.0027 Å °	0.0005 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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