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- PDB-5jzs: HsaD bound to 3,5-dichloro-4-hydroxybenzoic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jzs
タイトルHsaD bound to 3,5-dichloro-4-hydroxybenzoic acid
要素2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase BphD
キーワードHYDROLASE / HsaD / inhibitor / M. tuberculosis / cholesterol / infection
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / chlorophyllase activity / 4,5-9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / chlorophyll metabolic process / biological process involved in interaction with host / steroid biosynthetic process / : ...: / 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / chlorophyllase activity / 4,5-9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / chlorophyll metabolic process / biological process involved in interaction with host / steroid biosynthetic process / : / lipid catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5-dichloro-4-hydroxybenzoic acid / 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase BphD / 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Ryan, A. / Polycarpou, E. / Lack, N. / Evangelopoulos, D. / Sieg, C. / Halman, A. / Bhakta, S. / Sinclair, A. / Eleftheriadou, O. / McHugh, T.D. ...Ryan, A. / Polycarpou, E. / Lack, N. / Evangelopoulos, D. / Sieg, C. / Halman, A. / Bhakta, S. / Sinclair, A. / Eleftheriadou, O. / McHugh, T.D. / Keany, S. / Lowe, E.D. / Ballet, R. / Abuhammad, A. / Ciulli, A. / Sim, E.
引用ジャーナル: Br. J. Pharmacol. / 年: 2017
タイトル: Investigation of the mycobacterial enzyme HsaD as a potential novel target for anti-tubercular agents using a fragment-based drug design approach.
著者: Ryan, A. / Polycarpou, E. / Lack, N.A. / Evangelopoulos, D. / Sieg, C. / Halman, A. / Bhakta, S. / Eleftheriadou, O. / McHugh, T.D. / Keany, S. / Lowe, E.D. / Ballet, R. / Abuhammad, A. / ...著者: Ryan, A. / Polycarpou, E. / Lack, N.A. / Evangelopoulos, D. / Sieg, C. / Halman, A. / Bhakta, S. / Eleftheriadou, O. / McHugh, T.D. / Keany, S. / Lowe, E.D. / Ballet, R. / Abuhammad, A. / Jacobs, W.R. / Ciulli, A. / Sim, E.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02024年1月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase BphD
B: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase BphD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3983
ポリマ－62,1912
非ポリマー2071
水2,342130
1
A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase BphD
B: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase BphD
ヘテロ分子

A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase BphD
B: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase BphD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,7966
ポリマ－124,3824
非ポリマー4142
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545-x,-y-1/2,z1
Buried area8140 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area39770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.920, 82.270, 195.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-355-

HOH

21A-372-

HOH

31A-376-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain B and segidB0

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要素

#1: タンパク質 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase BphD / HsaD


分子量: 31095.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: bphD, AFL40_3716, BN1213_03918, BN1303_03049, ERS007661_00365, ERS007663_01172, ERS007665_00879, ERS007670_01859, ERS007679_00575, ERS007722_01141, ERS007741_03068, ERS013471_01596, ...遺伝子: bphD, AFL40_3716, BN1213_03918, BN1303_03049, ERS007661_00365, ERS007663_01172, ERS007665_00879, ERS007670_01859, ERS007679_00575, ERS007722_01141, ERS007741_03068, ERS013471_01596, ERS024213_01658, ERS027646_02381, ERS027654_01339, ERS027656_01041, ERS027661_00436, ERS124361_01169
プラスミド: PVLT31 / 発現宿主: Pseudomonas putida (バクテリア) / 株 (発現宿主): KT2442
参照: UniProt: A0A045KDP6, UniProt: P9WNH5*PLUS, 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-FGZ / 3,5-dichloro-4-hydroxybenzoic acid / 3,5-ジクロロ-4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 207.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4Cl2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 26% (w/v) PEG-3000, 0.1M CHES pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→97.57 Å / Num. obs: 30015 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 146190 / Scaling rejects: 31
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.27-2.333.10.726190.9
10.15-97.575.40.068199.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VF2

2vf2


解像度: 2.27→97.565 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 30.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 1484 5.08 %
Rwork0.2041 --
obs0.2025 29210 94.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.84 Å2 / Biso mean: 41.28 Å2 / Biso min: 17.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→97.565 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4329 0 12 132 4473
Biso mean--56.6 39.83 -
残基数----568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094515
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2216118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4551633
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2623X-RAY DIFFRACTION7.452TORSIONAL
12B2623X-RAY DIFFRACTION7.452TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2701-2.34340.42611190.39822186230584
2.3434-2.42710.37751220.33952352247488
2.4271-2.52430.3981250.31562430255592
2.5243-2.63920.39551330.29932460259393
2.6392-2.77840.32171390.27122456259594
2.7784-2.95250.26921240.24112567269196
2.9525-3.18040.26781360.21562577271398
3.1804-3.50050.2381270.2062610273798
3.5005-4.00710.20761420.16542613275598
4.0071-5.04850.18031610.1412669283099
5.0485-97.65520.1831560.16982806296299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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