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万見
- PDB-5jy3: CRYSTAL STRUCTURE OF LXRbeta (NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1, GROUP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jy3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF LXRbeta (NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1, GROUP H, MEMBER 2) COMPLEXED WITH BMS-852927
要素Oxysterols receptor LXR-beta
キーワードTRANSCRIPTION / NHR / NR1H2 / LXR-B / LXRB / UNR / NER-I / RIP15 / NER
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process ...positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of lipid storage / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of lipid transport / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cholesterol efflux / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear retinoid X receptor binding / hormone-mediated signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of protein metabolic process / VLDLR internalisation and degradation / positive regulation of miRNA transcription / SUMOylation of intracellular receptors / cholesterol homeostasis / mRNA transcription by RNA polymerase II / negative regulation of proteolysis / PPARA activates gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Liver X receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Liver X receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6OX / 1,4-BUTANEDIOL / Oxysterols receptor LXR-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Muckelbauer, J.K.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2016
タイトル: Discovery of Highly Potent Liver X Receptor beta Agonists.
著者: Kick, E.K. / Busch, B.B. / Martin, R. / Stevens, W.C. / Bollu, V. / Xie, Y. / Boren, B.C. / Nyman, M.C. / Nanao, M.H. / Nguyen, L. / Plonowski, A. / Schulman, I.G. / Yan, G. / Zhang, H. / ...著者: Kick, E.K. / Busch, B.B. / Martin, R. / Stevens, W.C. / Bollu, V. / Xie, Y. / Boren, B.C. / Nyman, M.C. / Nanao, M.H. / Nguyen, L. / Plonowski, A. / Schulman, I.G. / Yan, G. / Zhang, H. / Hou, X. / Valente, M.N. / Narayanan, R. / Behnia, K. / Rodrigues, A.D. / Brock, B. / Smalley, J. / Cantor, G.H. / Lupisella, J. / Sleph, P. / Grimm, D. / Ostrowski, J. / Wexler, R.R. / Kirchgessner, T. / Mohan, R.
履歴
登録2016年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxysterols receptor LXR-beta
B: Oxysterols receptor LXR-beta
C: Oxysterols receptor LXR-beta
D: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,79010
ポリマ－122,1714
非ポリマー2,6186
水2,702150
1
A: Oxysterols receptor LXR-beta
B: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3955
ポリマ－61,0862
非ポリマー1,3093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area21810 Å2
手法PISA
2
C: Oxysterols receptor LXR-beta
D: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3955
ポリマ－61,0862
非ポリマー1,3093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area21920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.660, 120.350, 55.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.490, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-607-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Oxysterols receptor LXR-beta / Liver X receptor beta / Nuclear receptor NER / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 2 / ...Liver X receptor beta / Nuclear receptor NER / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 2 / Ubiquitously-expressed nuclear receptor


分子量: 30542.854 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 213-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H2, LXRB, NER, UNR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55055
#2: 化合物
ChemComp-6OX / 2-[2-[2-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]propan-2-yl]-1-[2-fluoranyl-4-[3-fluoranyl-4-(hydroxymethyl)-5-methylsulfonyl-phenyl] phenyl]imidazol-4-yl]propan-2-ol / BMS-852927


分子量: 609.511 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H28Cl2F2N2O4S
#3: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→99.01 Å / Num. obs: 56715 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 56.857 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 2.01 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique all: 12200 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→99.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 8.772 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.499 / ESU R Free: 0.29 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2678 3466 7.8 %RANDOM
Rwork0.2254 ---
obs0.2288 41043 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.46 Å2 / Biso mean: 50.431 Å2 / Biso min: 17.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.92 Å20 Å2-1.07 Å2
2--2.1 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→99.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7462 0 172 150 7784
Biso mean--53.93 46.45 -
残基数----916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0227813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4431.99510590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7615907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.13423.42383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.421151392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6541576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.21178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.23997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.25179
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3740.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3130.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3431.54797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.13227442
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.36333514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1414.53146
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 257 -
Rwork0.295 2993 -
all-3250 -
obs--97.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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