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万見
- PDB-5jib: Crystal structure of the Thermotoga maritima acetyl esterase (TM0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jib
タイトルCrystal structure of the Thermotoga maritima acetyl esterase (TM0077) complex with a substrate analog
要素Cephalosporin-C deacetylase
キーワードHYDROLASE / CARBOHYDRATE METABOLISM / CEPHALOSPORIN DEACETYLASE / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan metabolic process / cephalosporin C metabolic process / cephalosporin-C deacetylase / cephalosporin-C deacetylase activity / polysaccharide metabolic process / acetylxylan esterase / acetylxylan esterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / cellulose catabolic process / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyl xylan esterase / Carbohydrate esterase 7 family / Acetyl xylan esterase (AXE1) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
[(3S)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-3-yl]acetic acid / Cephalosporin-C deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Manoj, N.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology, Govt. of IndiaBT/PR13805/PID/06/550/2010 インド
引用
ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of Thermotoga maritima acetyl esterase complex with a substrate analog: Insights into the distinctive substrate specificity in the CE7 carbohydrate esterase family
著者: Singh, M.K. / Manoj, N.
#1: ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2016
タイトル: An extended loop in CE7 carbohydrate esterase family is dispensable for oligomerization but required for activity and thermostability.
著者: Singh, M.K. / Manoj, N.
履歴
登録2016年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cephalosporin-C deacetylase
B: Cephalosporin-C deacetylase
C: Cephalosporin-C deacetylase
D: Cephalosporin-C deacetylase
E: Cephalosporin-C deacetylase
F: Cephalosporin-C deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,12512
ポリマ－231,9786
非ポリマー1,1476
水18,7181039
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17740 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area60300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.810, 115.780, 103.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Cephalosporin-C deacetylase / Acetylxylan esterase


分子量: 38662.922 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: axeA, TM_0077 / プラスミド: PMH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL
参照: UniProt: Q9WXT2, cephalosporin-C deacetylase, acetylxylan esterase
#2: 化合物
ChemComp-OIA / [(3S)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-3-yl]acetic acid


分子量: 191.183 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1039 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 and 30% (V/V) pentaerythritolethoxylate (15/4 EO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→45.97 Å / Num. obs: 156655 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 1178812 / Scaling rejects: 323
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 70.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.30データスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FDF

5fdf


解像度: 1.86→45.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.508 / SU ML: 0.076 / SU R Cruickshank DPI: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.122
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1918 7863 5 %RANDOM
Rwork0.1548 ---
obs0.1566 148760 94.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 64.16 Å2 / Biso mean: 19.604 Å2 / Biso min: 8.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å2-0 Å20.23 Å2
2--0.3 Å2-0 Å2
3----0.54 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.175 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→45.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15120 0 84 1039 16243
Biso mean--32.14 26.6 -
残基数----1916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01915686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8451.95521339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.113.00133108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.52551908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.65422.846738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.899152291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.85115105
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.22208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02117939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7871.7717656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7841.777655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5572.6439553
LS精密化 シェル解像度: 1.863→1.912 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 516 -
Rwork0.184 10040 -
all-10556 -
obs--86.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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