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- PDB-5jf7: Crystal structure of type 2 PDF from Streptococcus agalactiae in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jf7
タイトルCrystal structure of type 2 PDF from Streptococcus agalactiae in complex with inhibitor SMP289
要素Peptide deformylase
キーワードHYDROLASE / PDF / type 2 / NME / N-terminal methionine excision / Streptococcus agalactiae / inhibitor / SMP289
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptide Deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase superfamily / Polypeptide deformylase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6JU / ACETATE ION / IMIDAZOLE / Peptide deformylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fieulaine, S. / Giglione, C. / Meinnel, T. / Hamiche, K.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-MIME 2006 フランス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: A unique peptide deformylase platform to rationally design and challenge novel active compounds.
著者: Fieulaine, S. / Alves de Sousa, R. / Maigre, L. / Hamiche, K. / Alimi, M. / Bolla, J.M. / Taleb, A. / Denis, A. / Pages, J.M. / Artaud, I. / Meinnel, T. / Giglione, C.
履歴
登録2016年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,97013
ポリマ－22,8941
非ポリマー1,07612
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area10750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.470, 65.970, 89.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Peptide deformylase / PDF / Polypeptide deformylase


分子量: 22894.297 Da / 分子数: 1 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: def, gbs1883 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2,pLysS / 参照: UniProt: Q8E378, peptide deformylase

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非ポリマー , 5種, 245分子

#2: 化合物 ChemComp-6JU / 2-(3-benzyl-5-bromo-1H-indol-1-yl)-N-hydroxyacetamide


分子量: 359.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15BrN2O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 13% PEG-8000, 100mM Imidazole pH6.5, 400mM Zn acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 26386 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 12.04
反射 シェル解像度: 2.09→2.22 Å / 冗長度: 3.16 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3.99 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 86.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
FRODOモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AIE

2aie


解像度: 2.1→44.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 7.174 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2112 744 5 %RANDOM
Rwork0.1539 ---
obs0.1568 14121 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20 Å20 Å2
2--0.68 Å2-0 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1575 0 33 233 1841
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0191625
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3111.9932197
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1913.0023645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7085202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.2825.27872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.37315286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.749158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3290.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.451.794812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4111.789810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2312.6761012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.232.6811013
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6042.149813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6032.15814
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0833.1071186
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.98716.8581936
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.5415.9741830
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 53 -
Rwork0.198 1002 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.5539 Å / Origin y: -7.0364 Å / Origin z: 9.4705 Å
111213212223313233
T0.0152 Å20.0023 Å2-0.0046 Å2-0.0049 Å2-0.0013 Å2--0.0205 Å2
L0.4494 °2-0.0094 °2-0.0214 °2-0.2274 °20.0564 °2--0.1381 °2
S-0.0285 Å °-0 Å °0.0359 Å °0.0395 Å °-0.0132 Å °0.0172 Å °0.0104 Å °0.0074 Å °0.0417 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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