PDB-5j9n: tRNA guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j9n

タイトル

tRNA guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex with 2-(methylamino)-1H-benzo[d]imidazole-5-carbohydrazide

要素

Queuine tRNA-ribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Benzimidazole-derivatives / shigellosis / TRANSFERASE INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Ehrmann, F.R. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Benzimidazole-based Inhibitors as a Novel Scaffold to Inhibit Z.mobilis TGT and Study Protein Flexibility and the Contributions of Active Site Residues to Binding Affinity of lin-Benzopurines.
著者: Ehrmann, F.R. / Hohn, C. / Heine, A. / Diederich, F. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j9n.cif.gz	160.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j9n.ent.gz	124.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j9n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j9n_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j9n_full_validation.pdf.gz	453.7 KB	表示
XML形式データ	5j9n_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	5j9n_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j9n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j9n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j9mC 5j9oC 5jt5C 5jt6C 5jt7C 1p0dS 3s1g 4kwo 4puk 5i07 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fpu-1 5egr-1 4h7z-1 3sm0-1 4dy1-1 3rr4-1 3bld-1 4fps-1 1r5y-1 3bl3-1 5jt5-1 4hqv-1 4hvx-1 6z0d-1 6yry-1 4q4p-1 4q4m-1 5uti-1 6yiq-2 4pul-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.359, 64.547, 71.273
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.85, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-698- HOH

#1: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase 分子量: 42925.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4) (バクテリア) 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-6H9 / 2-(methylamino)-1H-benzimidazole-5-carbohydrazide 分子量: 205.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁N₅O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 13% PEG 8000,100mM MES, 1mM DTT, 10% DMSO,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→45.12 Å / Num. obs: 49307 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3 % / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 9.28
反射シェル	解像度: 1.64→1.74 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1-2155_1492)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1P0D

1p0d

解像度: 1.64→41.681 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2368	2463	5 %
R_work	0.2133	-	-
obs	0.2145	49285	97.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→41.681 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2764	0	34	207	3005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2924
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.83	3945
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.409	1756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	414
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	540

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6364-1.6679	0.3152	121	0.28	2299	X-RAY DIFFRACTION	87
1.6679-1.7019	0.2898	139	0.252	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7019-1.7389	0.2567	140	0.2298	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7389-1.7794	0.2577	139	0.2187	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7794-1.8239	0.2591	138	0.216	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8239-1.8732	0.24	140	0.2184	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8732-1.9283	0.2812	140	0.2264	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9283-1.9906	0.2326	138	0.2154	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9906-2.0617	0.2454	139	0.2135	2627	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0617-2.1442	0.2527	137	0.2133	2600	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1442-2.2418	0.2549	137	0.2276	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2418-2.36	0.2703	137	0.2248	2609	X-RAY DIFFRACTION	98
2.36-2.5079	0.2372	138	0.218	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5079-2.7015	0.2344	136	0.2213	2590	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7015-2.9733	0.2551	133	0.2257	2536	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9733-3.4033	0.2225	137	0.2169	2597	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4033-4.2871	0.2157	136	0.1922	2598	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2871-41.6944	0.2151	138	0.1986	2621	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5897	-0.1418	0.3988	0.138	-0.03	0.3104	-0.0509	-0.2157	0.0657	0.1184	0.0523	-0.0014	0.0773	-0.0863	0.0035	0.1494	0.0138	0.0131	0.1171	-0.0156	0.1079	8.907	4.223	17.99
2	0.3154	0.2074	-0.1034	0.1371	-0.0691	0.0717	-0.2545	-0.0742	0.4033	0.0239	0.0705	0.0895	-0.2591	-0.3748	0.0314	0.4714	0.1241	-0.1181	0.3871	-0.1742	0.4861	6.7577	25.9732	26.8528
3	0.223	-0.0423	0.2202	0.0206	-0.0212	0.2395	-0.1589	-0.3949	0.2345	0.2322	0.1672	-0.1168	-0.0549	-0.1384	0.0279	0.3013	0.0724	0.0097	0.3515	-0.0773	0.1916	7.1047	13.4419	29.5076
4	1.1674	-0.3539	-0.4358	1.1512	0.2536	0.6204	-0.0722	-0.3693	0.3066	0.2185	0.1429	-0.1754	0.0189	0.0873	0.0092	0.2179	0.0159	-0.0576	0.2564	-0.0943	0.2384	21.1862	12.6022	24.9508
5	0.5193	-0.1468	0.5707	0.2586	-0.1212	0.5987	0.0223	0.1998	0.073	-0.1035	-0.0224	-0.1047	0.0428	0.1947	0	0.1361	0.0034	0.0249	0.1841	0.0081	0.1806	17.9147	6.8242	-2.5948

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 11:105)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 106:135)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 136:159)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 160:289)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 290:382)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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