PDB-5j89: Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j89

タイトル

Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with low molecular mass inhibitor

要素

Programmed cell death 1 ligand 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / PD-L1 / Programmed cell death 1 ligand 1 / cell cycle

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zak, K.M. / Grudnik, P. / Guzik, K. / Zieba, B.J. / Musielak, B. / Doemling, P. / Dubin, G. / Holak, T.A.

資金援助

ポーランド, 5件

組織	認可番号	国
European Commissiona	Marie Curie FP7-Reintegration-Grant	ポーランド
National Science Centre	UMO-2012/06/A/ST5/00224	ポーランド
National Science Centre	UMO-2011/01/D/NZ1/01169	ポーランド
European Union	POIG.02.01.00-12-064/08	ポーランド
European Union	POIG.02.01.00-12-167/08	ポーランド

引用

ジャーナル: Oncotarget / 年: 2016
タイトル: Structural basis for small molecule targeting of the programmed death ligand 1 (PD-L1).
著者: Zak, K.M. / Grudnik, P. / Guzik, K. / Zieba, B.J. / Musielak, B. / Domling, A. / Dubin, G. / Holak, T.A.

履歴

登録	2016年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb5j89.ent.gz	176.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j89.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5j89_validation.pdf.gz	904.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j89_full_validation.pdf.gz	913.2 KB	表示
XML形式データ	5j89_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	5j89_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/5j89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/5j89	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5j8oC 5c3tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6r3k-1 6nm7-d 6nos-d 6noj-d 5niu-2 5j8o-d 5niu-1 5n2f-d 6nm8-d 6r3k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
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終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
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ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (3)
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麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
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類似性 (1)
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組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Programmed cell death 1 ligand 1

A: Programmed cell death 1 ligand 1

D: Programmed cell death 1 ligand 1

B: Programmed cell death 1 ligand 1

ヘテロ分子

67.8 kDa, 4 ポリマー
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1

C: Programmed cell death 1 ligand 1

D: Programmed cell death 1 ligand 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.9 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Programmed cell death 1 ligand 1

B: Programmed cell death 1 ligand 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.834, 85.093, 161.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1 分子量: 16734.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 化合物	ChemComp-6GX / N-{2-[({2-methoxy-6-[(2-methyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy]pyridin-3-yl}methyl)amino]ethyl}acetamide 分子量: 419.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₉N₃O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.01M Tris pH=8.5, 0.3M sodium chloride, 27% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→42.55 Å / Num. obs: 29405 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5C3T

5c3t

解像度: 2.2→42.547 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	1490	5.07 %
R_work	0.2023	-	-
obs	0.2051	29405	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.547 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3827	0	66	208	4101

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.005	5450
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.61	2357
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	694

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2001-2.2711	0.3258	116	0.2623	2500	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2711-2.3522	0.3089	132	0.2456	2481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3522-2.4464	0.3507	121	0.2368	2499	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4464-2.5577	0.3068	139	0.2431	2511	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5577-2.6926	0.3087	136	0.2413	2481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6926-2.8612	0.2903	132	0.2314	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8612-3.0821	0.2655	137	0.2377	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0821-3.3921	0.27	147	0.2222	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3921-3.8827	0.2823	135	0.1965	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8827-4.8907	0.2043	142	0.1518	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8907-42.5544	0.1944	153	0.1722	2715	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7069	-1.4656	0.6416	4.9322	-2.9315	6.0591	-0.2148	-0.5402	0.3451	0.0861	-0.1071	-0.7068	-0.303	0.0792	0.2279	0.1558	-0.0196	-0.0728	0.3528	-0.0848	0.3654	15.7005	29.0107	196.4752
2	1.0846	-0.3756	-0.027	5.4175	-0.5194	1.5779	-0.075	-0.0354	-0.2185	-0.0515	0.1864	1.0075	0.0889	-0.0447	-0.0889	0.1394	0.0478	-0.0199	0.2563	0.0361	0.3819	5.6987	25.6882	195.475
3	1.4281	0.0479	0.5064	0.0598	-0.2269	1.224	0.309	-0.0596	-0.6703	-0.2383	-0.0137	0.3484	0.429	-0.3604	-0.1043	0.3668	-0.0294	-0.3479	0.6122	0.1297	0.6102	0.48	26.6543	186.8634
4	0.8236	0.7574	-0.1441	5.3637	1.6706	3.809	0.4828	-0.2601	-0.0042	-1.0907	0.4453	-0.6486	-0.3723	-0.9873	-0.6538	0.5436	0.0082	-0.1111	0.6378	-0.0031	0.9616	-3.6664	28.4794	185.5154
5	2.563	1.4287	-0.8564	0.892	-0.5499	0.3395	-0.6147	0.807	0.0012	-0.6044	0.5903	0.508	0.0912	-0.2935	0.7365	0.5432	-0.255	-0.1849	0.5787	-0.1238	1.5631	-4.7446	17.1002	190.3477
6	2.5327	1.2886	0.774	1.9505	0.463	0.9172	-0.1002	0.1889	-0.3287	0.5429	-0.2623	1.1162	0.1535	-0.2845	0.2674	0.2314	0.035	0.1076	0.2853	-0.0467	0.622	1.2895	29.7218	198.7586
7	1.3213	1.0262	0.664	4.6178	1.0483	0.3999	0.0144	-0.013	-0.0245	-0.7099	0.1632	1.2193	0.0422	-0.1946	-0.1527	0.1223	-0.0745	-0.0798	0.321	0.0078	0.4291	5.7967	21.754	191.9601
8	2.2754	3.0829	-2.0562	5.8778	-4.6478	4.5448	-0.1821	0.3327	-0.235	-0.3706	0.3515	0.2363	0.1799	0.1781	-0.1033	0.1305	0.0104	-0.0319	0.2243	-0.0548	0.269	11.9562	18.8612	193.9116
9	6.7533	-0.9369	0.4411	5.7261	-2.4903	6.8833	0.3476	0.6562	0.3531	-0.6359	-0.0945	1.7742	0.1582	-0.3472	-0.3228	0.2272	-0.0105	-0.096	0.3402	0.0946	0.6514	-0.4528	-0.772	195.173
10	1.3648	-0.4125	-0.5194	5.8593	1.2061	2.6636	-0.01	0.0834	-0.0999	0.6134	0.0987	0.6984	0.8182	-0.2192	-0.1528	0.2441	-0.0036	-0.0457	0.1905	0.0687	0.3134	8.5561	-10.5499	196.1034
11	2.6376	0.1598	1.2314	3.1356	1.0111	3.0616	-0.086	-0.0875	-0.3503	0.242	-0.0389	0.5651	0.5159	-0.2533	0.097	0.4305	-0.0375	-0.0307	0.2006	0.0371	0.3326	11.9771	-22.5162	194.2805
12	3.8304	-2.4703	-0.3713	6.2111	1.5251	2.5481	0.7471	0.4731	0.3417	-1.2804	-0.5887	-0.2618	-0.5427	0.5364	-0.2988	0.435	-0.0155	0.0751	0.3521	-0.0661	0.1875	19.5833	-15.9985	188.5409
13	4.5429	-3.1028	-1.3238	4.6984	1.2059	1.8061	0.3453	-0.339	0.6072	-0.7593	-0.4197	-1.0668	-0.2013	0.7026	-0.6512	0.1324	0.0427	0.4519	0.5335	-0.1129	0.6362	23.6317	-14.4459	190.5728
14	1.5053	-0.5482	-0.5127	2.1395	-0.785	0.8671	0.1998	-0.348	-0.1096	-1.3407	-0.0486	-1.2254	0.034	0.522	-0.2712	0.6916	-0.0396	-0.1322	0.4624	-0.0434	1.0171	26.7304	-12.3613	194.025
15	1.2604	-0.3094	-1.0459	2.5665	-2.5792	4.096	-0.4019	-0.419	-0.2071	0.8124	0.371	-0.8779	0.4126	0.3858	-0.204	0.3392	0.0851	-0.0917	0.2933	-0.0774	0.3608	18.6114	-19.527	200.624
16	1.481	-1.1084	0.2682	7.5876	-0.0658	1.6347	-0.0712	0.0531	0.0713	-0.3463	0.3212	-0.3526	0.2743	0.1212	-0.2413	0.263	-0.0393	-0.0173	0.2431	-0.0235	0.1827	15.6539	-13.1124	194.3648
17	1.7203	0.0274	-0.2504	6.7053	7.0435	8.4714	-0.1127	0.2778	-0.0745	-0.4848	0.2088	0.4649	0.4888	-0.0627	-0.0913	0.3731	-0.0281	-0.0765	0.2004	0.0213	0.2542	9.8708	-8.5822	190.0209
18	4.5042	1.6866	0.557	4.9116	-0.2004	3.3837	-0.0182	0.0411	-0.2487	0.2142	0.2329	-0.6098	0.1348	0.3777	-0.2293	0.1914	0.0275	-0.0679	0.2366	-0.0475	0.2807	18.9969	10.7024	201.439
19	1.2524	-0.757	0.2459	4.8485	2.05	3.5559	-0.1247	0.1016	0.1336	-0.5057	-0.2502	0.3988	-0.7799	-0.666	0.2328	0.3081	0.1593	-0.1688	0.6891	0.0392	0.1618	6.6507	28.8745	170.7233
20	2.5679	-1.765	-1.17	3.979	1.1666	2.8997	-0.1512	-0.4145	0.2322	-0.5884	0.2539	-0.1832	-0.3984	-0.0063	-0.0204	0.2616	-0.0467	-0.0458	0.3731	-0.0001	0.2079	16.7147	27.8031	167.3275
21	4.2134	0.3076	-0.6981	6.0037	1.46	2.4109	-0.592	-0.7766	0.4797	0.7867	-0.0059	-0.0067	0.3651	0.7661	0.466	0.4642	0.2085	-0.0842	0.5198	-0.1045	0.2838	17.2019	32.4538	178.5944
22	1.4102	-0.5744	-0.0916	2.188	2.8311	3.9864	-0.3454	-0.7898	-0.0818	0.8504	0.8182	-0.1085	1.0825	0.7444	-0.1467	0.4485	0.2423	-0.1274	0.8376	-0.0681	0.2417	21.1072	27.8136	180.6224
23	3.5463	-1.6097	-0.8112	2.0027	-0.6012	0.8911	-0.5891	-0.662	1.2782	1.0065	1.4044	-0.8844	0.1993	1.1764	0.3137	0.4536	0.3819	-0.2395	0.9374	-0.3425	0.8017	27.3722	28.5626	178.8141
24	5.022	-2.3305	0.5786	6.4082	-0.3392	4.5922	-0.3699	-0.2715	1.0162	-0.4633	0.3867	-1.0894	-0.4415	0.3272	0.0611	0.3348	-0.0579	-0.0419	0.4004	-0.0767	0.458	20.6836	36.0874	168.3842
25	2.4499	-0.9441	-0.6125	4.0666	0.4551	3.0535	-0.3988	-0.4385	0.1528	-0.1248	0.3509	-0.2204	0.0306	0.3299	0.0655	0.2211	0.0965	-0.0369	0.4188	-0.0063	0.1799	18.8139	25.2044	173.0851
26	6.0795	-4.5411	-5.3686	3.8725	5.0361	7.4368	-0.4278	-0.433	-0.2311	-0.2392	0.2831	0.2529	0.1215	-0.2229	0.3545	0.2262	0.0463	-0.0016	0.4053	-0.0029	0.2393	12.356	20.6839	173.0672
27	0.9286	2.3051	0.7252	7.0356	1.9946	0.5955	0.3249	-0.5024	-1.2547	-0.1993	0.1239	-1.8774	0.5735	0.2744	-0.0159	0.3299	0.1644	0.0691	0.6474	0.1869	0.6607	29.2157	4.3307	169.78
28	0.4046	0.7618	0.0021	4.8215	-1.2315	0.6196	-0.3415	0.1461	-0.2683	-1.3811	0.1778	-0.8902	0.8198	0.3606	0.0563	0.8048	0.2209	0.2073	0.4365	0.0266	0.4604	23.1977	-7.4957	167.1996
29	1.8887	1.0127	-1.0101	2.65	0.8573	1.8879	-0.3214	-0.1393	0.0751	-0.4887	0.0178	-0.1994	1.1009	0.1687	0.1354	1.2344	0.36	0.3492	0.4098	0.0421	0.6149	25.4186	-24.6228	170.4229
30	3.2757	-1.4381	0.1194	6.7373	0.7703	2.3091	-0.4507	-0.1933	-0.6288	-0.4934	0.6012	0.6937	1.0605	-0.3237	0.0554	1.1131	0.087	0.0932	0.5462	0.0695	0.4027	13.0158	-16.2048	173.4267
31	2.4766	-1.7327	-0.4154	4.9518	0.5456	1.0136	-0.274	0.1215	-0.7815	-1.3712	-0.0335	0.7975	0.5762	0.0978	0.0875	1.1523	0.0449	-0.0804	0.482	0.004	0.4764	11.1679	-16.3994	166.4146
32	0.4082	0.8428	-0.3862	1.8627	-0.408	1.5779	-0.2712	0.5555	-0.1999	-1.0585	-0.1454	-0.0204	1.1409	0.2564	-1.5252	1.4331	0.1261	0.2044	0.508	0.0971	0.2122	16.6613	-10.2669	163.056
33	2.0569	-1.1545	-0.3642	6.3936	-1.8578	1.1127	-0.3346	-0.2686	0.014	-0.5512	0.421	-0.1591	0.8949	-0.3168	-0.2438	0.8548	0.1241	0.1433	0.4337	-0.0107	0.2353	17.4759	-10.9228	173.6626
34	0.7171	-1.2224	0.4007	5.1812	-4.151	4.0598	-0.0695	-0.1029	0.1599	-0.3937	0.0343	-0.6526	0.3809	0.5182	0.1592	0.5692	0.1384	0.1229	0.424	-0.0459	0.3776	21.9439	-6.2742	173.8299
35	2.0623	-0.6419	2.4445	6.2927	0.2626	3.0802	0.1322	-1.2465	-0.0555	0.8651	-0.6267	2.1253	0.4875	-0.6036	0.3898	0.4455	-0.0897	0.2217	0.4686	-0.1493	0.4759	9.1034	11.2742	163.0771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 18 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 27 through 61 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 62 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 69 through 78 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 79 through 84 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 85 through 101 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 102 through 120 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 121 through 131 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 132 through 142 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 18 through 35 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 36 through 49 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 50 through 61 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 62 through 68 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 69 through 84 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 85 through 91 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 92 through 120 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 121 through 131 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 132 through 144 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 18 through 26 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 27 through 49 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 50 through 59 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 60 through 68 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 69 through 84 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 85 through 94 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 95 through 120 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 121 through 131 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 132 through 141 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'B' and (resid 18 through 38 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'B' and (resid 39 through 49 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'B' and (resid 50 through 68 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'B' and (resid 69 through 94 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'B' and (resid 95 through 105 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'B' and (resid 106 through 120 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'B' and (resid 121 through 131 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'B' and (resid 132 through 142 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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