+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iwc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mycobacterium tuberculosis CysM in complex with the Urea-scaffold inhibitor 3 [4-(3-([1,1'-Biphenyl]-3-yl)ureido)-2-hydroxybenzoic acid] | ||||||
要素 | O-phosphoserine sulfhydrylase | ||||||
キーワード | LYASE / Mycobacterium tuberculosis / Cysteine biosynthesis / sulphur metabolism / inhibitor / transferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [CysO sulfur-carrier protein]-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase / Cysteine synthesis from O-phosphoserine / O-phosphoserine sulfhydrylase activity / cysteine biosynthetic process / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Schnell, R. / Maric, S. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016 タイトル: Inhibitors of the Cysteine Synthase CysM with Antibacterial Potency against Dormant Mycobacterium tuberculosis. 著者: Brunner, K. / Maric, S. / Reshma, R.S. / Almqvist, H. / Seashore-Ludlow, B. / Gustavsson, A.L. / Poyraz, O. / Yogeeswari, P. / Lundback, T. / Vallin, M. / Sriram, D. / Schnell, R. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5iwc.cif.gz | 127.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5iwc.ent.gz | 98 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5iwc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5iwc_validation.pdf.gz | 905.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5iwc_full_validation.pdf.gz | 913.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5iwc_validation.xml.gz | 23.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5iwc_validation.cif.gz | 31.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/5iwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/5iwc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 317 / Label seq-ID: 5 - 320
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34724.117 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mutation: T2A, Lys51 covalent modification with PLP 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 遺伝子: cysM, Rv1336, MTCY130.21 / プラスミド: pET28a 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tah, Thrombin site for tag-removal 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WP53, [CysO sulfur-carrier protein]-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.15 % / 解説: rod / needle |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M NH4-acetate, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月18日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97242 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→66.04 Å / Num. obs: 15620 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3dki 解像度: 2.7→65.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 15.982 / SU ML: 0.327 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.412 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.24 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.7→65.43 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|