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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5it7 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with the cricket paralysis virus IRES and eEF2 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / translocation / IRES / eEF2 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / protein-RNA complex assembly ...response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Cricket paralysis virus (ウイルス) Saccharomyces cerevisiae P283 (パン酵母) Kluyveromyces lactis (酵母) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Murray, J. / Savva, C.G. / Shin, B.S. / Dever, T.E. / Ramakrishnan, V. / Fernandez, I.S. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Structural characterization of ribosome recruitment and translocation by type IV IRES. 著者: Jason Murray / Christos G Savva / Byung-Sik Shin / Thomas E Dever / V Ramakrishnan / Israel S Fernández / 要旨: Viral mRNA sequences with a type IV IRES are able to initiate translation without any host initiation factors. Initial recruitment of the small ribosomal subunit as well as two translocation steps ...Viral mRNA sequences with a type IV IRES are able to initiate translation without any host initiation factors. Initial recruitment of the small ribosomal subunit as well as two translocation steps before the first peptidyl transfer are essential for the initiation of translation by these mRNAs. Using electron cryomicroscopy (cryo-EM) we have structurally characterized at high resolution how the Cricket Paralysis Virus Internal Ribosomal Entry Site (CrPV-IRES) binds the small ribosomal subunit (40S) and the translocation intermediate stabilized by elongation factor 2 (eEF2). The CrPV-IRES restricts tvhe otherwise flexible 40S head to a conformation compatible with binding the large ribosomal subunit (60S). Once the 60S is recruited, the binary CrPV-IRES/80S complex oscillates between canonical and rotated states (Fernández et al., 2014; Koh et al., 2014), as seen for pre-translocation complexes with tRNAs. Elongation factor eEF2 with a GTP analog stabilizes the ribosome-IRES complex in a rotated state with an extra ~3 degrees of rotation. Key residues in domain IV of eEF2 interact with pseudoknot I (PKI) of the CrPV-IRES stabilizing it in a conformation reminiscent of a hybrid tRNA state. The structure explains how diphthamide, a eukaryotic and archaeal specific post-translational modification of a histidine residue of eEF2, is involved in translocation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDB形式 | pdb5it7.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5it7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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-検証レポート
文書・要旨 | 5it7_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5it7_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5it7_validation.xml.gz | 366.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5it7_validation.cif.gz | 630.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5it7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5it7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA/RNAハイブリッド , 2種, 2分子 54
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 1056706.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) |
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#82: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 60732.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cricket paralysis virus (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-RNA鎖 , 3種, 3分子 782
#2: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: GenBank: 768843563 |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 50293.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: GenBank: 820806853 |
#81: RNA鎖 | 分子量: 579239.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: GenBank: 49642208 |
+タンパク質 , 52種, 52分子 AACCDDEEFFGGHHIIJJMMOOPPQQRRTTUUVVYYZZaabbddeeffgghhkkmmppqq...
-60S ribosomal protein ... , 10種, 10分子 BBLLSSWWXXcciillnnoo
#5: タンパク質 | 分子量: 43422.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CJR7 |
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#14: タンパク質 | 分子量: 22441.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q875M0 |
#21: タンパク質 | 分子量: 20046.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) |
#25: タンパク質 | 分子量: 7279.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P38665 |
#26: タンパク質 | 分子量: 13700.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P48045 |
#31: タンパク質 | 分子量: 10511.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P38664 |
#37: タンパク質 | 分子量: 10925.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CR18 |
#40: タンパク質・ペプチド | 分子量: 6114.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P04650 |
#42: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P0CX86 |
#43: タンパク質 | 分子量: 11676.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P31027 |
-Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 NNjj
#16: タンパク質 | 分子量: 24193.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CJL7 |
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#38: タンパク質 | 分子量: 9679.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CUW0 |
-40S ribosomal protein ... , 14種, 14分子 ABEGIMOQVWYbcd
#48: タンパク質 | 分子量: 22882.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CN12 |
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#49: タンパク質 | 分子量: 24488.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWD0 |
#52: タンパク質 | 分子量: 29486.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWJ2 |
#54: タンパク質 | 分子量: 25810.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CM04 |
#56: タンパク質 | 分子量: 22511.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CMG3 |
#60: タンパク質 | 分子量: 13124.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CLU4 |
#62: タンパク質 | 分子量: 13458.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P27069 |
#64: タンパク質 | 分子量: 15656.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q875N2 |
#69: タンパク質 | 分子量: 9797.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXT6 |
#70: タンパク質 | 分子量: 14513.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW21 |
#72: タンパク質 | 分子量: 15063.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CU44 |
#75: タンパク質 | 分子量: 8884.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CNL2 |
#76: タンパク質 | 分子量: 7073.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P33285 |
#77: タンパク質 | 分子量: 6322.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CPG3 |
-非ポリマー , 4種, 88分子
#84: 化合物 | ChemComp-MG / #85: 化合物 | ChemComp-ZN / #86: 化合物 | ChemComp-GCP / | #87: 化合物 | ChemComp-6EM / ( | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 4 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM / 名称: MES-KOH | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37844 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL |