PDB-5isa: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0401

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5isa

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0401

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0401
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2018年3月7日	Group: Atomic model / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / entity Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5isa.cif.gz	787.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5isa.ent.gz	674.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5isa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5isa_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5isa_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5isa_validation.xml.gz	52.4 KB	表示
CIF形式データ	5isa_validation.cif.gz	71.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5isa	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ish-d 5tbi-d 5k8x-d 6s71-d 5ntc-d 5lv2-1 6s7a-d 2y1w-d 6s77-d 6s7c-d 5tbj-d 6s79-d 5u4x-d 5dwq-d 5lv3-d 5is7-d 5tbh-d 5isc-d 5is6-d 5isi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.541, 98.409, 205.803
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 CDAB

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 41238.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 41238.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

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非ポリマー , 8種, 349分子

#2: 化合物	ChemComp-6D5 / (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-(3-azidopropyl)amino]-2-azanyl-butanoic acid 分子量: 450.452 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₆N₁₀O₅
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-M2M / 1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / ジグリム分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₃
#7: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.24 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: MIB pH 7.0 100 mM PEG 1500 17.5 % NaCl 100 mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 58268 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.37 Å² / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 28.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	DEV_1980	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.4→29.71 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	2909	5 %	Random selection
R_work	0.161	-	-	-
obs	0.163	58217	97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11004	0	208	330	11542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	11503
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.046	15557
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.691	4150
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1968

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4005-2.4398	0.2393	137	0.1893	2333	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4398-2.4818	0.2211	123	0.1859	2510	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4818-2.5269	0.2461	123	0.1818	2495	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5269-2.5755	0.2496	143	0.1875	2525	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5755-2.6281	0.2361	125	0.1852	2511	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6281-2.6852	0.2369	138	0.1699	2529	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6852-2.7476	0.2265	119	0.1712	2581	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7476-2.8163	0.2222	144	0.1793	2529	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8163-2.8923	0.2297	133	0.1803	2597	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8923-2.9774	0.2308	125	0.19	2624	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9774-3.0734	0.2303	151	0.1856	2632	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0734-3.1831	0.2434	141	0.1833	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1831-3.3104	0.2288	132	0.1755	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3104-3.4608	0.209	128	0.1734	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4608-3.643	0.199	142	0.1604	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.643-3.8708	0.1923	159	0.1511	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8708-4.1689	0.1836	144	0.1353	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1689-4.5871	0.1592	146	0.1208	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5871-5.2477	0.151	134	0.1241	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2477-6.5996	0.1965	152	0.1657	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5996-29.7121	0.1874	170	0.1668	2877	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6763	0.0579	0.009	0.4979	-0.2786	0.5865	0.0036	0.0286	0.083	-0.0704	-0.0501	-0.0276	-0.0464	0.0324	-0.0007	0.1536	0.0302	0.0044	0.1742	0.0431	0.1805	-17.714	-8.7288	73.3388
2	0.3699	-0.0797	0.1603	-0.1239	0.0905	0.1507	0.067	0.0298	0.04	-0.0149	-0.0654	-0.0563	0.043	-0.0479	0.0093	0.0661	0.0162	0.0023	0.1339	0.02	0.1907	-10.6853	-36.9728	86.9356
3	0.3265	-0.182	0.0273	0.9807	0.0333	0.7415	-0.0497	0.0068	-0.0169	0.0827	0.0429	0.0942	0.0735	0.0148	-0.0669	0.0392	0.037	0.0483	0.1237	0.0244	0.1531	-22.8623	-29.8688	87.2723
4	0.6078	0.1552	-0.3276	0.8015	-0.2056	0.9526	0.1408	-0.102	0.0711	-0.0184	0.0252	0.0423	-0.1314	0.0705	0.1681	0.0914	-0.0206	0.0227	0.1245	-0.0214	0.1674	18.4074	-29.3983	91.2041
5	0.215	-0.1237	0.1653	0.0796	0.2823	0.061	0.2899	0.052	-0.1346	-0.2335	-0.1601	-0.0132	0.0294	-0.0489	0	0.2509	0.0877	0.0312	0.3018	0.0305	0.1861	-1.2758	-19.6793	57.8959
6	0.1698	-0.009	0.1248	0.2399	-0.3369	0.3371	0.1931	0.0634	0.1413	-0.0527	-0.1431	-0.0165	0.1742	0.1335	0	0.2043	0.0259	0.0276	0.2428	-0.017	0.2674	20.0467	-27.2281	68.2852
7	0.5552	-0.0552	0.0085	0.0561	-0.421	0.4656	0.1359	0.1234	-0.0322	-0.0472	-0.0183	-0.0029	0.0327	0.0767	0.0007	0.1955	0.051	-0.0027	0.2116	-0.0195	0.1554	20.1915	-26.4694	66.0371
8	0.2729	-0.0628	0.3517	0.255	-0.0652	0.3224	0.2305	0.1559	0.2368	-0.0992	-0.0502	0.3872	0.0424	0.008	-0.0002	0.2643	0.039	0.0476	0.3194	0.0419	0.2937	12.3292	-19.3139	64.7033
9	0.6201	-0.0221	-0.4415	0.3116	0.0837	0.696	0.0344	-0.1025	0.078	-0.0185	0.0128	0.0022	-0.1238	-0.0391	0.0003	0.3322	-0.0429	-0.0077	0.2858	-0.0378	0.2407	14.2003	-6.6114	31.3166
10	0.051	-0.0103	0.035	0.1539	-0.0529	0.0392	0.0187	0.0126	-0.0678	-0.0849	-0.0042	-0.1081	-0.0401	0.0246	0	0.2962	-0.028	0.0184	0.1858	-0.0161	0.2377	11.2028	-27.9528	16.0667
11	0.4824	0.113	-0.208	0.7462	0.2466	0.373	-0.0135	-0.0605	-0.1465	-0.0876	-0.0111	-0.1969	-0.0097	-0.0476	-0.0016	0.2801	-0.0417	0.0631	0.213	0.008	0.2641	21.0641	-28.8659	16.1341
12	0.6158	-0.2833	-0.1728	0.7985	0.2739	0.5052	0.0932	0.0725	-0.0407	0.0146	-0.0747	0.0453	-0.0922	-0.0212	-0	0.291	-0.001	-0.0398	0.2023	-0.0138	0.1948	-19.8967	-31.0603	11.3572
13	0.1124	0.186	0.0354	0.0353	-0.0671	-0.0453	0.0601	-0.1437	-0.0593	0.1791	-0.0519	0.0118	0.0262	0.0202	0	0.3574	-0.0595	0.0272	0.3298	0.0164	0.2284	-2.2318	-20.6872	43.323
14	0.1018	0.0765	0.0791	0.2013	0.2486	0.238	-0.1558	-0.0705	-0.075	0.048	-0.1184	0.0007	-0.0481	-0.2339	-0	0.3738	-0.0178	-0.0181	0.3293	-0.0424	0.2925	-26.2232	-25.8262	31.8644
15	0.1562	-0.0711	0.0929	0.0275	0.1206	0.2095	0.0174	-0.1415	-0.1632	0.0358	-0.0097	0.0435	0.0242	-0.1226	0	0.3564	-0.0696	0.0189	0.291	0.012	0.2349	-20.9578	-31.5635	37.1715
16	0.3796	0.1142	0.3289	0.2114	-0.1093	0.3227	-0.0185	-0.027	-0.0971	-0.0968	-0.1438	-0.0581	-0.0363	0.0046	-0.0019	0.349	-0.1001	0.0546	0.3689	0.011	0.2023	-16.5912	-19.9472	38.1178

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 136:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 446:478)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN C AND RESID 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN D AND RESID 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN D AND RESID 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN D AND RESID 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN D AND RESID 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 431:478)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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