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万見
- PDB-5ifd: Crystal structure of polymerase acid protein (PA) from Influenza ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ifd
タイトルCrystal structure of polymerase acid protein (PA) from Influenza A virus, WILSON-SMITH/1933 (H1N1) bound to follow on fragment EBSI-4721 1-(4-fluorophenyl)-1H-imidazole
要素Polymerase acidic protein
キーワードVIRAL PROTEIN / NIAID / structural genomics / flu / fragment screening / STD NMR / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase activity / negative regulation of viral transcription / negative stranded viral RNA replication / negative regulation of viral genome replication / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / protein import into nucleus / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...RNA polymerase activity / negative regulation of viral transcription / negative stranded viral RNA replication / negative regulation of viral genome replication / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / protein import into nucleus / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(4-fluorophenyl)-1H-imidazole / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fragment screening by STD NMR identifies novel site binders against influenza A virus polymerase PA
著者: Pierce, P. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Moen, S.O. / Begley, D.W. / Davies, D.R. / Marathias, V.M. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3373
ポリマ－53,0971
非ポリマー2402
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area19560 Å2
2
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子

A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,6746
ポリマ－106,1932
非ポリマー4814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/61
Buried area3780 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area35890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.030, 69.030, 397.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 53096.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Wilson-Smith/1933 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Wilson-Smith/1933 H1N1 / 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15659
#2: 化合物 ChemComp-6AQ / 1-(4-fluorophenyl)-1H-imidazole / 1-(4-フルオロフェニル)-1H-イミダゾ-ル


分子量: 162.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7FN2
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20 mg/mL protein against Morpheus screen condition E10 with 10% PEG 8000, 20% EG, 0.03 M each ethylene glycol, 0.1 M bicine/Trizma pH 8.5, 5 mM soak over 4 days, unique puck ID lum0-5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.99985 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→47.775 Å / Num. obs: 17423 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 41.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.26
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.65-2.720.5253.31199.8
2.72-2.790.4233.931100
2.79-2.870.3284.94199.9
2.87-2.960.2836.011100
2.96-3.060.2217.191100
3.06-3.170.1748.95199.9
3.17-3.290.15410.18199.9
3.29-3.420.11113.191100
3.42-3.570.0916.39199.5
3.57-3.750.07618.28199.3
3.75-3.950.06621.07199.4
3.95-4.190.05524.13199.9
4.19-4.480.0526.45199.6
4.48-4.840.04727.851100
4.84-5.30.04726.88199.2
5.3-5.930.04924.19199.7
5.93-6.840.04725.28199.3
6.84-8.380.03929.23199.2
8.38-11.850.0334.42198.8
11.85-47.7750.03232.57194.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.65→47.775 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 861 4.94 %
Rwork0.1752 --
obs0.1776 17421 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.4 Å2 / Biso mean: 48.051 Å2 / Biso min: 18.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→47.775 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3170 0 16 106 3292
Biso mean--92.62 41.53 -
残基数----408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8284406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004561
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2741970
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.65-2.8160.30711360.212626432779100
2.816-3.03340.27941360.194426942830100
3.0334-3.33860.24961620.190426842846100
3.3386-3.82150.23171340.15827482882100
3.8215-4.8140.18951500.146927732923100
4.814-47.78310.20671430.18853018316199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45670.49150.80832.3557-0.8893.2276-0.0105-0.03550.1239-0.1481-0.1402-0.18240.0461-0.08690.00440.35180.14940.05930.29740.10150.2808-15.5257-30.756750.1203
21.1618-0.01881.16122.7493-0.18763.1552-0.246-0.2252-0.14450.30740.24850.38050.213-0.5533-0.02110.39930.11060.09360.280.09110.3291-23.9304-41.298764.5866
30.7782-0.22940.1161.6581-0.29042.69410.00010.08780.1727-0.11360.0248-0.0423-0.2702-0.1450.00750.30320.12340.05950.25190.06030.2766-18.6897-25.829452.0489
40.9884-0.54161.12361.8539-2.62413.99470.0840.48920.3597-0.2044-0.2074-0.0129-0.32460.32270.2210.68120.15790.08750.380.12940.3949-16.2111-13.488634.3702
53.34142.6674-3.23623.2166-1.93633.5636-0.2899-0.05610.4857-0.6341-0.2505-0.8466-0.33010.97170.50320.5774-0.07890.04390.57820.25010.68444.4468-17.780239.8581
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 266 through 302 )A266 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 303 through 363 )A303 - 363
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 364 through 602 )A364 - 602
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 603 through 652 )A603 - 652
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 653 through 713 )A653 - 713

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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