[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5v0u: Crystal structure of polymerase acid protein (PA) from Influenza ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v0u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of polymerase acid protein (PA) from Influenza A virus, WILSON-SMITH/1933 (H1N1) bound to follow on fragment EBSI-4723 4-(5-chlorothiophen-2-yl)-1H-pyrazole | ||||||
Components | Polymerase acidic protein | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / fragment screening / flu / PPI / protein-protein interface / FBLD / fragment-based ligand discovery / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information RNA polymerase activity / negative regulation of viral transcription / negative stranded viral RNA replication / negative regulation of viral genome replication / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / protein import into nucleus / endonuclease activity / host cell cytoplasm / Hydrolases; Acting on ester bonds ...RNA polymerase activity / negative regulation of viral transcription / negative stranded viral RNA replication / negative regulation of viral genome replication / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / protein import into nucleus / endonuclease activity / host cell cytoplasm / Hydrolases; Acting on ester bonds / viral translational frameshifting / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Influenza A virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Fragment screening by STD NMR identifies novel site binders against influenza A virus polymerase Authors: Pierce, P.G. / Muruthii, M.M. / Moen, S.O. / Abendroth, J. / Davies, D.R. / Labaied, M. / Marathias, V.M. / Begley, D.W. / Hokanson, D. / Suto, R.K. / Hubbard, B.K. / Myler, P.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5v0u.cif.gz | 181.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5v0u.ent.gz | 141.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5v0u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5v0u_validation.pdf.gz | 440.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5v0u_full_validation.pdf.gz | 442.6 KB | Display | |
Data in XML | 5v0u_validation.xml.gz | 17.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5v0u_validation.cif.gz | 24.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0u | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4iujS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 53096.723 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (strain A/Wilson-Smith/1933 H1N1) Strain: A/Wilson-Smith/1933 H1N1 / Gene: PA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P15659 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-8QG / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.83 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 20 mg/mL protein against Morpheus screen condition H6 10% PEG 8000, 20% EG, 0.02 M each amino acid, 0.1 M MOPS/Hepes pH 7.5 soaked with BSI4723 for 6 days at 25 mM from a 250 mM stock solution in DMSO-d6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 24, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→41.057 Å / Num. obs: 22964 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 14.438 % / Biso Wilson estimate: 45.92 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 20.66 / Num. measured all: 314150 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
---|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4IUJ Resolution: 2.45→41.057 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 125.45 Å2 / Biso mean: 53.3271 Å2 / Biso min: 24.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.45→41.057 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|