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- PDB-5i9n: Crystal structure of B. pseudomallei FabI in complex with NAD and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i9n
タイトルCrystal structure of B. pseudomallei FabI in complex with NAD and PT412
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / enoyl-ACP reductase / Burkholderia pseudomallei / diphenyl ethers / slow-binding inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ethyl-4-fluoro-2-(2-nitrophenoxy)phenol / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.512 Å
データ登録者Hirschbeck, M.W. / Eltschkner, S. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 630 ドイツ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Rationalizing the Binding Kinetics for the Inhibition of the Burkholderia pseudomallei FabI1 Enoyl-ACP Reductase.
著者: Neckles, C. / Eltschkner, S. / Cummings, J.E. / Hirschbeck, M. / Daryaee, F. / Bommineni, G.R. / Zhang, Z. / Spagnuolo, L. / Yu, W. / Davoodi, S. / Slayden, R.A. / Kisker, C. / Tonge, P.J.
履歴
登録2016年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2663
ポリマ－29,3251
非ポリマー9412
水2,018112
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,06412
ポリマ－117,3024
非ポリマー3,7638
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area19140 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area32150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.630, 74.670, 96.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-438-

HOH

21A-479-

HOH

31A-495-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量: 29325.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: fabI, fabI_2, ACT79_25590, AM256_11615, AM257_11635, AMS56_08605, DP46_2957, DP49_6839, ERS012314_03793, ERS012372_03823, SY87_14645, TR70_1075, VU09_13745
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A069B9A4, UniProt: A0A0H3HP34*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-69J / 5-ethyl-4-fluoro-2-(2-nitrophenoxy)phenol


分子量: 277.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12FNO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bistris, pH 6.5, 30 % PEG 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→59.11 Å / Num. obs: 8929 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.51→2.65 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EK2

3ek2


解像度: 2.512→29.607 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2152 457 5.13 %
Rwork0.1561 --
obs0.1591 8906 95.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.512→29.607 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1938 0 64 112 2114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.092768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.632721
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004352
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.512-2.87530.24721400.1692731X-RAY DIFFRACTION94
2.8753-3.62150.21871490.15852789X-RAY DIFFRACTION96
3.6215-29.60860.20091680.14912929X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80580.40350.57822.0715-0.8252.63120.09860.06130.00550.09890.01670.1587-0.69910.3327-0.13320.6038-0.09640.14140.1748-0.07730.27843.0256-10.957614.6233
20.7902-0.0383-0.28771.8259-1.16141.82870.2594-0.08340.2330.16390.1802-0.2892-0.66290.12540.16550.715-0.17840.13570.2704-0.04510.26044.5596-9.894515.3277
31.39840.64060.62834.43471.36250.95780.0809-0.3668-0.25950.5791-0.0201-0.3444-0.15110.0903-0.07231.2249-0.5835-0.12530.4683-0.21590.440610.7901-9.338626.9313
40.7178-0.3277-0.4972.72920.7291.43050.014-0.17830.08640.65410.1185-0.0116-0.55240.2519-0.16730.5341-0.01720.07690.2446-0.00650.20921.7681-21.360924.1447
51.1944-0.0943-0.09621.91240.02591.91490.19160.04180.00080.255-0.0261-0.0114-0.2378-0.0521-0.19480.1939-0.01090.03560.1807-0.00290.1901-0.3998-29.35216.434
62.76470.81320.12371.6675-0.20472.29550.0549-0.124-0.01460.34130.1614-0.0844-0.48250.4771-0.1510.2126-0.0660.0510.242-0.05750.21236.3257-23.748112.0718
70.88460.1257-0.1741.4411-0.47411.6770.1259-0.11820.09370.11790.0708-0.2062-0.4420.4149-0.15780.227-0.08080.02370.3069-0.05520.23219.4649-23.19262.5233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 41 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 55 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 56 through 109 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 110 through 178 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 179 through 202 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 203 through 258 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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