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- PDB-5hz5: FABP5 in complex with 6-Chloro-4-phenyl-2-piperidin-1-yl-3-(1H-te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hz5
タイトルFABP5 in complex with 6-Chloro-4-phenyl-2-piperidin-1-yl-3-(1H-tetrazol-5-yl)-quinoline
要素Fatty acid-binding protein, epidermal
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / CYTOPLASM / LIPID-BINDING / TRANSPORT / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / Signaling by Retinoic Acid ...regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / Signaling by Retinoic Acid / Triglyceride catabolism / epidermis development / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / secretory granule membrane / fatty acid binding / lipid metabolic process / glucose metabolic process / azurophil granule lumen / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic density / lipid binding / synapse / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-65X / Fatty acid-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Ehler, A. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2016
タイトル: Design and synthesis of selective, dual fatty acid binding protein 4 and 5 inhibitors.
著者: Kuhne, H. / Obst-Sander, U. / Kuhn, B. / Conte, A. / Ceccarelli, S.M. / Neidhart, W. / Rudolph, M.G. / Ottaviani, G. / Gasser, R. / So, S.S. / Li, S. / Zhang, X. / Gao, L. / Myers, M.
履歴
登録2016年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6194
ポリマ－15,0541
非ポリマー5653
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area400 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.790, 62.790, 75.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, epidermal / Epidermal-type fatty acid-binding protein / E-FABP / Fatty acid-binding protein 5 / Psoriasis- ...Epidermal-type fatty acid-binding protein / E-FABP / Fatty acid-binding protein 5 / Psoriasis-associated fatty acid-binding protein homolog / PA-FABP


分子量: 15054.262 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE FORM, RESIDUES 2-135 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01469
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-65X / 6-chloro-4-phenyl-2-(piperidin-1-yl)-3-(1H-tetrazol-5-yl)quinoline


分子量: 390.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19ClN6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→48.24 Å / Num. obs: 29968 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 22.359 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 15.12
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.4-1.4413.82.2140.84197.4
1.44-1.481.3641.58197.7
1.48-1.521.8631.35198.3
1.52-1.571.0672.43198.2
1.57-1.620.7973.08198.8
1.62-1.670.6124.55198.5
1.67-1.740.456.71199.2
1.74-1.810.3379.14199
1.81-1.890.25811.98199.1
1.89-1.980.20714.91197.6
1.98-2.090.14418.84199.6
2.09-2.210.10923.35199.6
2.21-2.370.10525.65198.7
2.37-2.560.0830.241100
2.56-2.80.06833.08199.8
2.8-3.130.05737.321100
3.13-3.620.05243.981100
3.62-4.430.0545.92199.8
4.43-6.260.04845.98199.7
6.260.04747.591100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHENIX1.10_2155精密化
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化解像度: 1.4→44.399 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 1508 5.04 %
Rwork0.2079 --
obs0.2089 29905 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 63.93 Å2 / Biso mean: 21.0931 Å2 / Biso min: 8.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→44.399 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1047 0 65 104 1216
Biso mean--23.91 28.12 -
残基数----134
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0494-0.06660.01930.25670.04270.1182-0.0336-0.18880.2920.35680.0392-0.4922-0.1492-0.09390.00590.17660.0103-0.00620.1522-0.01360.2025-14.621916.93320.5589
20.0882-0.1261-0.11540.13010.09430.069-0.02320.13380.226-0.21880.0896-0.32730.0073-0.17490.00880.1779-0.02170.06360.14380.0240.1816-9.7433-0.1831-10.8713
30.08460.04650.07220.2271-0.08420.1448-0.00390.24810.1328-0.07-0.0392-0.0621-0.0021-0.0344-0.00160.104-0.00230.02820.1430.00290.1569-18.731116.8016-8.8834
40.14330.03470.02410.1059-0.05250.0419-0.095-0.15860.00480.05970.04630.0060.1097-0.0013-0.00740.1210.0056-0.00050.14750.01010.094-27.47417.8627-8.955
50.3775-0.38390.15510.2998-0.15360.1323-0.0464-0.1570.03350.07390.0045-0.0931-0.0253-0.074-0.0020.11380-0.01010.1073-0.00780.0956-17.84897.8022-0.2973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 17 )A2 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 38 )A18 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 68 )A39 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 69 through 90 )A69 - 90
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 91 through 135 )A91 - 135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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