[日本語] English
万見
- PDB-5hwl: Human glutathione s-transferase Mu2 complexed with BDEA, monoclin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hwl
タイトルHuman glutathione s-transferase Mu2 complexed with BDEA, monoclinic crystal form
要素Glutathione S-transferase Mu 2
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Target
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / hepoxilin biosynthetic process / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / glutathione binding / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / relaxation of cardiac muscle / intercellular bridge ...nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / hepoxilin biosynthetic process / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / glutathione binding / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / relaxation of cardiac muscle / intercellular bridge / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / cellular response to caffeine / glutathione transferase / glutathione transferase activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / xenobiotic catabolic process / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / glutathione metabolic process / sarcoplasmic reticulum / fatty acid binding / signaling receptor binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Mu class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Mu class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Chem-NNE / Glutathione S-transferase Mu 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, X. / Wei, J. / Wu, S. / Zhang, H.P. / Luo, M. / Yang, X.L. / Liao, F. / Wang, D.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81301395 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human glutathione s-transferase Mu2 complexed with BDEA, monoclinic crystal form
著者: Zhang, X. / Wei, J. / Wu, S. / Zhang, H.P. / Luo, M. / Yang, X.L. / Liao, F. / Wang, D.Q.
履歴
登録2016年1月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase Mu 2
B: Glutathione S-transferase Mu 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5645
ポリマ－51,2912
非ポリマー1,2733
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.970, 48.890, 90.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase Mu 2 / GST class-mu 2 / GSTM2-2


分子量: 25645.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTM2, GST4 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28161, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-NNE / N,N'-(butane-1,4-diyl)bis{2-[2,3-dichloro-4-(2-methylidenebutanoyl)phenoxy]acetamide}


分子量: 658.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H32Cl4N2O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / Density meas: 4 Mg/m3 / 溶媒含有率: 44.26 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS. Columnar crystal, 0.1mm X 0.1 mm X 0.5 mm
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.02 M Magnesium Chloride, 0.1M HEPES,pH 6.8, polyacrylic acid sodium salt 5100
PH範囲: 6.0-7.2 / Temp details: 20

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.89 Å / Num. obs: 414184 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XW5

1xw5


解像度: 1.6→45.551 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2055 1943 3.39 %Random
Rwork0.1782 55327 --
obs0.1792 57270 96.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 53.49 Å2 / Biso mean: 20.4766 Å2 / Biso min: 7.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→45.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3493 0 82 223 3798
Biso mean--20 25.22 -
残基数----433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0645050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057520
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.4561423
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.640.28411290.2263758388792
1.64-1.68440.21751390.20663770390993
1.6844-1.73390.24951300.19713798392895
1.7339-1.78990.24171240.2063881400595
1.7899-1.85390.21641440.19773921406596
1.8539-1.92810.21911220.19443945406797
1.9281-2.01590.22151450.19063986413197
2.0159-2.12210.22221460.17864003414998
2.1221-2.25510.21141480.17493966411498
2.2551-2.42920.18691420.17924014415698
2.4292-2.67360.19711340.17964021415598
2.6736-3.06050.21631350.18563983411897
3.0605-3.85550.20371460.163941024248100
3.8555-45.56930.18131590.1624179433899

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る