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万見
- PDB-5g5m: Structure of the Pyrococcus Furiosus Esterase Pf2001 with space g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g5m
タイトルStructure of the Pyrococcus Furiosus Esterase Pf2001 with space group P21
要素ESTERASE
キーワードHYDROLASE / ESTERASE / THEMOPHILIC
機能・相同性Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold / S-methyl hexanethioate / Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Varejao, N. / Reverter, D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structural Mechanism for the Temperature-Dependent Activation of the Hyperthermophilic Pf2001 Esterase.
著者: Varejao, N. / De-Andrade, R.A. / Almeida, R.V. / Anobom, C.D. / Foguel, D. / Reverter, D.
履歴
登録2016年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTERASE
B: ESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6733
ポリマ－63,5272
非ポリマー1461
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-21.6 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.859, 77.442, 70.878
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ESTERASE


分子量: 31763.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8TZJ1
#2: 化合物 ChemComp-QRL / S-methyl hexanethioate / ヘキサンチオ酸S-メチル


分子量: 146.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細DELETION OF THE 20 FIRST RESIDUES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 10% PEG 8000, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9794
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→70.82 Å / Num. obs: 32672 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.07→2.08 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5G59

5g59


解像度: 2.07→70.827 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 1603 4.9 %
Rwork0.1861 --
obs0.1886 32511 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→70.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4154 0 9 88 4251
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.13680.29431700.25062765X-RAY DIFFRACTION99
2.1368-2.21320.33261370.23222840X-RAY DIFFRACTION99
2.2132-2.30180.26311360.22472814X-RAY DIFFRACTION99
2.3018-2.40660.27071170.22492816X-RAY DIFFRACTION99
2.4066-2.53350.28421270.21412814X-RAY DIFFRACTION99
2.5335-2.69220.29181440.22142809X-RAY DIFFRACTION99
2.6922-2.90010.28581660.21962793X-RAY DIFFRACTION99
2.9001-3.19190.27071530.21842807X-RAY DIFFRACTION99
3.1919-3.65380.24471420.1912807X-RAY DIFFRACTION99
3.6538-4.60330.20061430.14972831X-RAY DIFFRACTION98
4.6033-70.8690.17191680.13972812X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.1632 Å / Origin y: -8.9199 Å / Origin z: 170.2836 Å
111213212223313233
T0.2404 Å2-0.0126 Å2-0.073 Å2-0.2016 Å20.0097 Å2--0.2272 Å2
L1.3728 °2-0.3069 °2-1.6159 °2-0.7353 °20.2632 °2--2.3852 °2
S-0.1353 Å °-0.0924 Å °-0.0615 Å °0.155 Å °0.0555 Å °0.022 Å °0.183 Å °0.1717 Å °0.0673 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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