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- PDB-5g5j: Crystal structure of human CYP3A4 bound to metformin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g5j
タイトルCrystal structure of human CYP3A4 bound to metformin
要素CYTOCHROME P450 3A4
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process ...quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / vitamin D metabolic process / Atorvastatin ADME / oxidative demethylation / steroid catabolic process / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / long-chain fatty acid biosynthetic process / retinoic acid metabolic process / estrogen metabolic process / retinol metabolic process / Prednisone ADME / unspecific monooxygenase / aromatase activity / steroid hydroxylase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / androgen metabolic process / xenobiotic catabolic process / steroid binding / xenobiotic metabolic process / cholesterol metabolic process / monooxygenase activity / lipid metabolic process / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...: / Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Metformin / Cytochrome P450 3A4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sevrioukova, I.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2017
タイトル: Heme Binding Biguanides Target Cytochrome P450-Dependent Cancer Cell Mitochondria.
著者: Guo, Z. / Sevrioukova, I.F. / Denisov, I.G. / Zhang, X. / Chiu, T.L. / Thomas, D.G. / Hanse, E.A. / Cuellar, R.A.D. / Grinkova, Y.V. / Langenfeld, V.W. / Swedien, D.S. / Stamschror, J.D. / ...著者: Guo, Z. / Sevrioukova, I.F. / Denisov, I.G. / Zhang, X. / Chiu, T.L. / Thomas, D.G. / Hanse, E.A. / Cuellar, R.A.D. / Grinkova, Y.V. / Langenfeld, V.W. / Swedien, D.S. / Stamschror, J.D. / Alvarez, J. / Luna, F. / Galvan, A. / Bae, Y.K. / Wulfkuhle, J.D. / Gallagher, R.I. / Petricoin, E.F. / Norris, B. / Flory, C.M. / Schumacher, R.J. / O'Sullivan, M.G. / Cao, Q. / Chu, H. / Lipscomb, J.D. / Atkins, W.M. / Gupta, K. / Kelekar, A. / Blair, I.A. / Capdevila, J.H. / Falck, J.R. / Sligar, S.G. / Poulos, T.L. / Georg, G.I. / Ambrose, E. / Potter, D.A.
履歴
登録2016年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5033
ポリマ－55,7581
非ポリマー7462
水46826
1
A: CYTOCHROME P450 3A4
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,0076
ポリマ－111,5162
非ポリマー1,4914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-58.4 kcal/mol
Surface area38590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.000, 101.070, 128.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2014-

HOH

21A-2017-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 3A4 / 1 / 8-CINEOLE 2-EXO-MONOOXYGENASE / ALBENDAZOLE MONOOXYGENASE / ALBENDAZOLE SULFOXIDASE / CYPIIIA3 ...1 / 8-CINEOLE 2-EXO-MONOOXYGENASE / ALBENDAZOLE MONOOXYGENASE / ALBENDAZOLE SULFOXIDASE / CYPIIIA3 / CYPIIIA4 / CHOLESTEROL 25-HYDROXYLASE / CYTOCHROME P450 3A3 / CYTOCHROME P450 HLP / CYTOCHROME P450 NF-25 / CYTOCHROME P450-PCN1 / NIFEDIPINE OXIDASE / QUININE 3-MONOOXYGENASE / 1.14.13.67 / TAUROCHENODEOXYCHOLATE 6-ALPHA-HYDROXYLASE


分子量: 55757.812 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-2,23-503 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCWORI-CYP3A4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P08684, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P08684, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む, EC: 1.14.13.157, EC: 1.14.13.32, unspecific monooxygenase, EC: 1.14.13.67, EC: 1.14.13.97
#2: 化合物 ChemComp-MF8 / Metformin / N,N-Dimethylimidodicarbonimidic diamide / メトホルミン


分子量: 129.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11N5 / コメント: 薬剤, 抗精神病薬*YM
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): HEME METFORMIN (MF8): N/A
配列の詳細RESIDUES 3-22 DETETED, ADDITIONAL C-TERMINAL 4-HISTIDINE TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 12% PEG 3350, 0.1M SODIUM ACETATE PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月8日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→44.31 Å / Num. obs: 15443 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UA1

3ua1


解像度: 2.6→37.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 30.94 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.375 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 24-27, 260-269, 280-286 AND C-TERMINUS ARE DISORDERED THE N- AND C-TERMINI AND THE 260-269 AND 280-286 FRAGMENTS ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27942 770 5 %RANDOM
Rwork0.20227 ---
obs0.20608 14657 97.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.742 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.16 Å2-0 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3639 0 52 26 3717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193787
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4722.0065136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8475449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.02823.885157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.39315680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3291520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2335.4471805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0268.1582251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6065.6051981
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 59 -
Rwork0.257 1095 -
obs--99.31 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.1266 Å / Origin y: -23.5143 Å / Origin z: 13.5138 Å
111213212223313233
T0.0296 Å2-0.0242 Å2-0.0045 Å2-0.113 Å20.0337 Å2--0.0298 Å2
L1.3022 °21.0548 °2-0.2788 °2-2.8271 °2-0.4085 °2--0.7458 °2
S0.0663 Å °-0.1976 Å °-0.0455 Å °-0.0873 Å °-0.1199 Å °0.1148 Å °0.1032 Å °-0.0294 Å °0.0536 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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