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- PDB-5fv7: Human Fen1 in complex with an N-hydroxyurea compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fv7
タイトルHuman Fen1 in complex with an N-hydroxyurea compound
要素FLAP ENDONUCLEASE 1
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


flap endonuclease activity / positive regulation of sister chromatid cohesion / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / 5'-flap endonuclease activity / DNA replication, removal of RNA primer / Removal of the Flap Intermediate / UV protection / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / 5'-3' exonuclease activity ...flap endonuclease activity / positive regulation of sister chromatid cohesion / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / 5'-flap endonuclease activity / DNA replication, removal of RNA primer / Removal of the Flap Intermediate / UV protection / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / 5'-3' exonuclease activity / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / exonuclease activity / Early Phase of HIV Life Cycle / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / base-excision repair, gap-filling / double-strand break repair via homologous recombination / memory / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / double-stranded DNA binding / endonuclease activity / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA replication / chromosome, telomeric region / DNA repair / nucleolus / magnesium ion binding / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease 1 / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region ...Flap endonuclease 1 / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R3Z / Flap endonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Exell, J.C. / Thompson, M.J. / Finger, L.D. / Shaw, S.K. / Abbott, W.M. / McWhirter, C. / Debreczeni, J.E. / Jones, C.D. / Nissink, J.W.M. / Ward, T.A. ...Exell, J.C. / Thompson, M.J. / Finger, L.D. / Shaw, S.K. / Abbott, W.M. / McWhirter, C. / Debreczeni, J.E. / Jones, C.D. / Nissink, J.W.M. / Ward, T.A. / Sioberg, C.W.L. / Molina, D.M. / Durant, S.T. / Grasby, J.A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Cellular Active N-Hydroxyurea Fen1 Inhibitors Block Substrate Entry to the Active Site
著者: Exell, J.C. / Thompson, M.J. / Finger, L.D. / Shaw, S.K. / Abbott, W.M. / Mcwhirter, C. / Debreczeni, J.E. / Jones, C.D. / Nissink, J.W.M. / Ward, T.A. / Sioberg, C.W.L. / Molina, D.M. / ...著者: Exell, J.C. / Thompson, M.J. / Finger, L.D. / Shaw, S.K. / Abbott, W.M. / Mcwhirter, C. / Debreczeni, J.E. / Jones, C.D. / Nissink, J.W.M. / Ward, T.A. / Sioberg, C.W.L. / Molina, D.M. / Durant, S.T. / Grasby, J.A.
履歴
登録2016年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22016年10月5日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAP ENDONUCLEASE 1
B: FLAP ENDONUCLEASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3558
ポリマ－79,5932
非ポリマー7626
水181
1
A: FLAP ENDONUCLEASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1784
ポリマ－39,7971
非ポリマー3813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FLAP ENDONUCLEASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1784
ポリマ－39,7971
非ポリマー3813
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.339, 50.193, 66.945
Angle α, β, γ (deg.)102.06, 94.01, 90.74
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.5201, -0.1276, -0.8445), (-0.1126, -0.9904, 0.08026), (-0.8466, 0.05332, -0.5295)
ベクター: 19, 2.756, 25.39)

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要素

#1: タンパク質 FLAP ENDONUCLEASE 1 / FEN-1 / DNASE IV / FLAP STRUCTURE-SPECIFIC ENDONUCLEASE 1 / MATURATION FACTOR 1 / MF1 / HFEN-1


分子量: 39796.570 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-336 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P39748, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-R3Z / 1-[(2S)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-2-ylmethyl]-3-hydroxythieno[3,2-d]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione


分子量: 332.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12N2O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1M MOPS 7.0, 5% 2-PROPANOL, 2% GLYCEROL, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.886
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→49.07 Å / Num. obs: 12396 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.84→2.94 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.84→65.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 47.68 / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.54 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30021 576 4.8 %RANDOM
Rwork0.23387 ---
obs0.23712 11422 92.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.792 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3 Å2-0.46 Å2-1.13 Å2
2---2.75 Å20.68 Å2
3---7.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→65.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4209 0 50 1 4260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.014352
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0231.985907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0385551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96824.65176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.33315709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.0351519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.914 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 27 -
Rwork0.309 820 -
obs--87.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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