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- PDB-5fsb: Structure of tectonin 2 from laccaria bicolor in complex with 2-o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fsb
タイトルStructure of tectonin 2 from laccaria bicolor in complex with 2-o-methyl-methyl-seleno-beta-l-fucopyranoside
要素TECTONIN 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / METHYLATED SUGAR / NEMATOXIC / BETA-PROPELLER
機能・相同性Tectonin domain / Beta-propeller repeat TECPR / Beta propeller repeats in Physarum polycephalum tectonins, Limulus lectin L-6 and animal hypothetical proteins. / methyl 1-seleno-2-O-methyl-beta-L-fucopyranoside / BORIC ACID / Tectonin 2
機能・相同性情報
生物種LACCARIA BICOLOR (オオキツネタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Sommer, R. / Bleuer, S. / Titz, A. / Kunzler, M. / Varrot, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of Fungal Tectonin in Complex with O-Methylated Glycans Suggest Key Role in Innate Immune Defense.
著者: Sommer, R. / Makshakova, O.N. / Wohlschlager, T. / Hutin, S. / Marsh, M. / Titz, A. / Kunzler, M. / Varrot, A.
履歴
登録2016年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TECTONIN 2
B: TECTONIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,73618
ポリマ－47,6262
非ポリマー3,10916
水9,386521
1
A: TECTONIN 2
ヘテロ分子

A: TECTONIN 2
ヘテロ分子

A: TECTONIN 2
B: TECTONIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,47138
ポリマ－95,2534
非ポリマー6,21834
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: TECTONIN 2
ヘテロ分子

A: TECTONIN 2
ヘテロ分子

A: TECTONIN 2
B: TECTONIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,47138
ポリマ－95,2534
非ポリマー6,21834
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
手法PISA
3
A: TECTONIN 2
ヘテロ分子

A: TECTONIN 2
ヘテロ分子

A: TECTONIN 2
B: TECTONIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,47138
ポリマ－95,2534
非ポリマー6,21834
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.058, 69.058, 349.211
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-87-

ARG

21B-299-

MG

31A-2009-

HOH

41A-2023-

HOH

51A-2139-

HOH

61A-2140-

HOH

71B-2068-

HOH

81B-2194-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.982, -0.141, 0.124), (-0.164, 0.317, -0.934), (0.092, -0.938, -0.335)
ベクター: -4.67992, 32.26551, 46.03787)

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 13分子 AB

#1: タンパク質 TECTONIN 2


分子量: 23813.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LACCARIA BICOLOR (オオキツネタケ)
株: S238N-H82 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0CZL6
#3: 糖
ChemComp-6YR / methyl 1-seleno-2-O-methyl-beta-L-fucopyranoside / 2-O-methyl-methyl-seleno-L-fucopyranoside / methyl 1-seleno-2-O-methyl-beta-L-fucoside / methyl 1-seleno-2-O-methyl-L-fucoside / methyl 1-seleno-2-O-methyl-fucoside


タイプ: L-saccharide / 分子量: 255.170 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H16O4Se

-
非ポリマー , 4種, 526分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 1.6M MAGNESIUM SULFATE 0.1M MES PH 6.5. 80% LITHIUM SULFATE WAS USED AS CRYOPROTECTANT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97914
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→34.53 Å / Num. obs: 39383 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.65→34.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.716 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. B MOLECULES HAVE THREE STATISTICAL ORIENTATIONS IN THE CRYSTAL AND TO PRODUCE THEM IT WAS CONSTRUCTED AROUND ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. B MOLECULES HAVE THREE STATISTICAL ORIENTATIONS IN THE CRYSTAL AND TO PRODUCE THEM IT WAS CONSTRUCTED AROUND TEH THREE FOLD AXIS WITH 0.33 OCCUPANCY DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY. MOLECULE B WAS BUILD WITH 0.33 OCCUPANCY TO CREATE BY SYMMETRY THE THREE ORIENTATIONS FOUND IN THE CRYSTAL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16656 1983 5 %RANDOM
Rwork0.13306 ---
obs0.13474 37397 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.051 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→34.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3328 0 159 521 4008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.023655
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.9385025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91837581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9155464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.07223.733150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.72715459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2971521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02883
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6260.7291830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6240.7281829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0061.0892295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1780.8911825
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 148 -
Rwork0.169 2695 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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