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- PDB-5fq6: Crystal structure of the SusCD complex BT2261-2264 from Bacteroid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fq6
タイトルCrystal structure of the SusCD complex BT2261-2264 from Bacteroides thetaiotaomicron
要素
  • BT_2261
  • PUTATIVE LIPOPROTEIN
  • SUSC/RAGA FAMILY TONB-LINKED OUTER MEMBRANE PROTEIN
  • UNCHARACTERIZED PROTEIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OUTER MEMBRANE NUTRIENT IMPORTER SUSCD COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #220 / Lipid-binding, putative / Lipid-binding superfamily / Lipid-binding putative hydrolase / SusD-like 2 / Starch-binding associating with outer membrane / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. ...Lipocalin - #220 / Lipid-binding, putative / Lipid-binding superfamily / Lipid-binding putative hydrolase / SusD-like 2 / Starch-binding associating with outer membrane / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Lipocalin / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-decanoyloxypropyl decanoate / Outer membrane protein Omp121 / Lipoprotein / Lipid-binding hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Glenwright, A.J. / Pothula, K.R. / Chorev, D.S. / Basle, A. / Robinson, C.V. / Kleinekathoefer, U. / Bolam, D.N. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural basis for nutrient acquisition by dominant members of the human gut microbiota.
著者: Glenwright, A.J. / Pothula, K.R. / Bhamidimarri, S.P. / Chorev, D.S. / Basle, A. / Firbank, S.J. / Zheng, H. / Robinson, C.V. / Winterhalter, M. / Kleinekathofer, U. / Bolam, D.N. / van den Berg, B.
履歴
登録2015年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32017年2月1日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 22-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 23-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "DD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 22-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 23-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "ID" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 22-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 23-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "MD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 22-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 23-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "NA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE LIPOPROTEIN
B: SUSC/RAGA FAMILY TONB-LINKED OUTER MEMBRANE PROTEIN
C: PUTATIVE LIPOPROTEIN
D: SUSC/RAGA FAMILY TONB-LINKED OUTER MEMBRANE PROTEIN
E: UNCHARACTERIZED PROTEIN
F: UNCHARACTERIZED PROTEIN
G: BT_2261
H: PUTATIVE LIPOPROTEIN
I: SUSC/RAGA FAMILY TONB-LINKED OUTER MEMBRANE PROTEIN
J: UNCHARACTERIZED PROTEIN
K: BT_2261
L: PUTATIVE LIPOPROTEIN
M: SUSC/RAGA FAMILY TONB-LINKED OUTER MEMBRANE PROTEIN
N: UNCHARACTERIZED PROTEIN
O: BT_2261
P: BT_2261
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)718,26128
ポリマ－716,47016
非ポリマー1,79112
水00
1
C: PUTATIVE LIPOPROTEIN
D: SUSC/RAGA FAMILY TONB-LINKED OUTER MEMBRANE PROTEIN
E: UNCHARACTERIZED PROTEIN
G: BT_2261
L: PUTATIVE LIPOPROTEIN
M: SUSC/RAGA FAMILY TONB-LINKED OUTER MEMBRANE PROTEIN
N: UNCHARACTERIZED PROTEIN
O: BT_2261
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,13014
ポリマ－358,2358
非ポリマー8956
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28600 Å2
ΔGint-167.6 kcal/mol
Surface area108950 Å2
手法PISA
2
A: PUTATIVE LIPOPROTEIN
B: SUSC/RAGA FAMILY TONB-LINKED OUTER MEMBRANE PROTEIN
F: UNCHARACTERIZED PROTEIN
H: PUTATIVE LIPOPROTEIN
I: SUSC/RAGA FAMILY TONB-LINKED OUTER MEMBRANE PROTEIN
J: UNCHARACTERIZED PROTEIN
K: BT_2261
P: BT_2261
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,13014
ポリマ－358,2358
非ポリマー8956
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28460 Å2
ΔGint-159.2 kcal/mol
Surface area108690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)222.027, 91.941, 261.219
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 12分子 ACHLBDIMEFJN

#1: タンパク質
PUTATIVE LIPOPROTEIN


分子量: 53145.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN
由来: (天然) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
参照: UniProt: Q8A5H6
#2: タンパク質
SUSC/RAGA FAMILY TONB-LINKED OUTER MEMBRANE PROTEIN


分子量: 108954.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TONB DEPENDENT TRANSPORTER
由来: (天然) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
参照: UniProt: Q8A5H5
#3: タンパク質
UNCHARACTERIZED PROTEIN


分子量: 16428.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN
由来: (天然) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
参照: UniProt: Q8A5H8

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 GKOP

#4: タンパク質・ペプチド
BT_2261


分子量: 588.533 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN
由来: (天然) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)

-
非ポリマー , 3種, 12分子

#5: 化合物
ChemComp-KR0 / 3-decanoyloxypropyl decanoate


分子量: 384.593 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O4
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE DIHYDRATE 0.05 M TRIS PH 8 18-22% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.8 Å / Num. obs: 256052 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 1.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 5FQ4 AND 5FQ3

5fq4

5fq3


解像度: 2.8→48.799 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2546 10251 4 %
Rwork0.1982 --
obs0.2005 255319 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49146 0 116 0 49262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00850457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0868497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.60229507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0567255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079011
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.83180.37183510.31498002X-RAY DIFFRACTION99
2.8318-2.86510.36633350.30248138X-RAY DIFFRACTION99
2.8651-2.90010.39393640.30638051X-RAY DIFFRACTION99
2.9001-2.93680.36523220.29088082X-RAY DIFFRACTION99
2.9368-2.97540.35233500.28178143X-RAY DIFFRACTION99
2.9754-3.01620.39073190.27198032X-RAY DIFFRACTION99
3.0162-3.05930.32493300.26778161X-RAY DIFFRACTION99
3.0593-3.10490.34593750.24848029X-RAY DIFFRACTION99
3.1049-3.15340.30613510.24398138X-RAY DIFFRACTION99
3.1534-3.20510.33823170.24568145X-RAY DIFFRACTION99
3.2051-3.26040.32223330.23798130X-RAY DIFFRACTION99
3.2604-3.31960.32693170.23588075X-RAY DIFFRACTION99
3.3196-3.38350.26233540.22048191X-RAY DIFFRACTION99
3.3835-3.45250.27643110.21758116X-RAY DIFFRACTION99
3.4525-3.52760.30243290.22348232X-RAY DIFFRACTION99
3.5276-3.60960.2663580.19338076X-RAY DIFFRACTION99
3.6096-3.69980.23373520.19098202X-RAY DIFFRACTION99
3.6998-3.79980.26193250.1868179X-RAY DIFFRACTION100
3.7998-3.91160.24663640.18498095X-RAY DIFFRACTION99
3.9116-4.03780.24623350.17978201X-RAY DIFFRACTION99
4.0378-4.1820.24653530.17378231X-RAY DIFFRACTION99
4.182-4.34940.21333300.15668197X-RAY DIFFRACTION100
4.3494-4.54720.17483540.14748190X-RAY DIFFRACTION100
4.5472-4.78670.17633340.13728218X-RAY DIFFRACTION100
4.7867-5.08630.1843450.14118262X-RAY DIFFRACTION100
5.0863-5.47860.21993430.16378251X-RAY DIFFRACTION100
5.4786-6.0290.22783620.17918274X-RAY DIFFRACTION100
6.029-6.89930.21473660.17858283X-RAY DIFFRACTION100
6.8993-8.68440.22173230.17058381X-RAY DIFFRACTION100
8.6844-48.80640.21213490.20668363X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3133-0.08180.24330.6148-0.01980.84470.0407-0.2517-0.37730.06430.03910.27890.1983-0.5358-0.06410.4059-0.162-0.03120.70860.12640.5054-87.05-26.5385-89.6186
21.209-0.15540.46460.2706-0.08920.4295-0.0170.5303-0.0431-0.14590.0225-0.03-0.01630.1769-0.00440.4131-0.0653-0.00140.59990.00380.3067-51.3782-11.879-112.3548
30.6936-0.03910.20570.97840.01910.9129-0.14540.10010.1184-0.26250.00060.3548-0.241-0.01770.12770.63150.0836-0.21820.92740.15540.6625-101.539310.4441-122.8767
43.1554-0.92680.67032.0395-2.01532.01250.34070.4005-0.4024-0.3092-0.37740.23330.1760.0671-0.03280.4777-0.1567-0.01750.3956-0.03840.4023-73.8096-10.854-102.6436
51.25760.20610.25180.41180.04960.7286-0.0460.3376-0.3327-0.1022-0.0027-0.14410.20040.42290.03730.4190.13410.05830.506-0.11510.4587-116.5464-27.6602-40.8369
61.17590.16260.20660.0968-0.04130.4576-0.059-0.2492-0.00280.02560.03750.019-0.0097-0.02690.02620.45220.04240.01970.2145-0.02770.3928-152.1797-14.355-16.9214
70.82030.02090.08430.98-0.01730.9174-0.0792-0.19730.17270.17710.0082-0.3203-0.18330.23450.07310.4501-0.0856-0.09660.6663-0.08710.4716-101.78567.5016-5.8139
81.8981-1.01550.08930.58380.28842.90140.157-0.3026-0.2960.1827-0.2528-0.14110.1397-0.0912-0.02970.51580.15870.05840.3164-0.1180.4715-129.7584-12.7998-26.9571
91.2148-0.2630.1790.6446-0.33250.7995-0.1954-0.7427-0.09980.18880.25620.2324-0.0257-0.5114-0.03710.44280.12280.06761.01970.13640.4252-59.8413-13.0295-45.4896
101.0548-0.11780.3850.2501-0.05140.5656-0.0603-0.04-0.08930.00410.0658-0.00340.01350.0039-0.0040.4296-0.03070.02230.25320.06460.3809-22.647-17.9189-70.398
110.52260.1474-0.31770.6635-0.14451.1082-0.0796-0.5656-0.32420.22340.0608-0.0860.22390.10010.09210.6144-0.00790.0141.12050.49920.7074-28.3547-47.6896-23.135
122.8899-0.7679-0.06720.20420.03323.94570.2239-0.078-0.11850.1429-0.405-0.5922-0.06680.12690.15790.4687-0.03730.0190.40280.16670.3711-40.104-24.2875-53.9946
130.95750.25790.24030.5250.35620.8817-0.2660.98420.0018-0.21140.2876-0.2188-0.12410.5866-0.03190.5033-0.26360.08631.448-0.10240.4452-144.074-11.536-83.9479
140.96950.03180.33030.23110.06630.5935-0.10040.2939-0.04120.00370.08180.02070.03540.04440.02170.4533-0.02320.03130.2561-0.07350.4187-181.0912-18.0442-59.1259
150.5122-0.17220.05340.74490.15260.7237-0.07520.4866-0.2802-0.26690.05740.09920.2344-0.10440.08310.6594-0.09960.01561.4406-0.55950.6189-175.6394-44.8052-108.1882
163.72130.91560.10510.3824-0.84694.90410.29770.2621-0.1795-0.1541-0.58240.85820.0474-0.31380.32130.4091-0.1170.04180.4205-0.05790.3945-163.6241-23.1595-75.8234
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN 'A' AND RESID 0 THROUGH 480)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN 'B' AND RESID 37 THROUGH 984)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN 'F' AND RESID 3 THROUGH 148)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN 'P' AND RESID 1 THROUGH 10)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN 'C' AND RESID 0 THROUGH 480)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN 'D' AND RESID 37 THROUGH 984)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN 'E' AND RESID 3 THROUGH 148)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN 'G' AND RESID 1 THROUGH 10)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN 'H' AND RESID 0 THROUGH 480)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN 'I' AND RESID 38 THROUGH 984)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN 'J' AND RESID 3 THROUGH 148)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN 'K' AND RESID 1 THROUGH 10)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN 'L' AND RESID 0 THROUGH 480)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN 'M' AND RESID 37 THROUGH 984)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN 'N' AND RESID 3 THROUGH 148)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN 'O' AND RESID 1 THROUGH 10)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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