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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5f34 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of membrane associated PatA from Mycobacterium smegmatis in complex with S-hexadecyl Coenzyme A - P21 space group | ||||||
![]() | Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / acyltransferase / glycolipid biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphatidylinositol dimannoside acyltransferase / glycolipid biosynthetic process / phospholipid biosynthetic process / phosphatidylinositol metabolic process / acyltransferase activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Albesa-Jove, D. / Svetlikova, Z. / Carreras-Gonzalez, A. / Tersa, M. / Sancho-Vaello, E. / Cifuente, J.O. / Mikusova, K. / Guerin, M.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for selective recognition of acyl chains by the membrane-associated acyltransferase PatA. 著者: Albesa-Jove, D. / Svetlikova, Z. / Tersa, M. / Sancho-Vaello, E. / Carreras-Gonzalez, A. / Bonnet, P. / Arrasate, P. / Eguskiza, A. / Angala, S.K. / Cifuente, J.O. / Kordulakova, J. / ...著者: Albesa-Jove, D. / Svetlikova, Z. / Tersa, M. / Sancho-Vaello, E. / Carreras-Gonzalez, A. / Bonnet, P. / Arrasate, P. / Eguskiza, A. / Angala, S.K. / Cifuente, J.O. / Kordulakova, J. / Jackson, M. / Mikusova, K. / Guerin, M.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 188.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 884.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 894.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34298.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: MSMEG_2934, MSMEI_2860 / プラスミド: pJAM2::patA 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0QWG5, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-HD6 / [[( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 500 mM ammonium sulfate and 30% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月19日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR i03 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.28→47.12 Å / Num. obs: 17931 / % possible obs: 99.13 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.18 |
反射 シェル | 最高解像度: 3.28 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.898 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / % possible all: 94.36 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5F2T 解像度: 3.281→47.116 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.281→47.116 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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