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- PDB-5f34: Crystal structure of membrane associated PatA from Mycobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f34
タイトルCrystal structure of membrane associated PatA from Mycobacterium smegmatis in complex with S-hexadecyl Coenzyme A - P21 space group
要素Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acyltransferase / glycolipid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol dimannoside acyltransferase / glycolipid biosynthetic process / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipid biosynthetic process / acyltransferase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial lipid A biosynthesis acyltransferase / Bacterial lipid A biosynthesis acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HD6 / Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.281 Å
データ登録者Albesa-Jove, D. / Svetlikova, Z. / Carreras-Gonzalez, A. / Tersa, M. / Sancho-Vaello, E. / Cifuente, J.O. / Mikusova, K. / Guerin, M.E.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis for selective recognition of acyl chains by the membrane-associated acyltransferase PatA.
著者: Albesa-Jove, D. / Svetlikova, Z. / Tersa, M. / Sancho-Vaello, E. / Carreras-Gonzalez, A. / Bonnet, P. / Arrasate, P. / Eguskiza, A. / Angala, S.K. / Cifuente, J.O. / Kordulakova, J. / ...著者: Albesa-Jove, D. / Svetlikova, Z. / Tersa, M. / Sancho-Vaello, E. / Carreras-Gonzalez, A. / Bonnet, P. / Arrasate, P. / Eguskiza, A. / Angala, S.K. / Cifuente, J.O. / Kordulakova, J. / Jackson, M. / Mikusova, K. / Guerin, M.E.
履歴
登録2015年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
B: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
C: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
D: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,1638
ポリマ－137,1954
非ポリマー3,9684
水41423
1
A: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2912
ポリマ－34,2991
非ポリマー9921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2912
ポリマ－34,2991
非ポリマー9921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2912
ポリマ－34,2991
非ポリマー9921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2912
ポリマ－34,2991
非ポリマー9921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.080, 80.270, 97.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Phosphatidylinositol mannoside acyltransferase / PIM acyltransferase


分子量: 34298.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_2934, MSMEI_2860 / プラスミド: pJAM2::patA
発現宿主: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QWG5, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-HD6 / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{S})-4-[[3-(2-hexadecylsulfanylethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate


分子量: 991.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H68N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 500 mM ammonium sulfate and 30% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月19日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR i03 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.28→47.12 Å / Num. obs: 17931 / % possible obs: 99.13 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.18
反射 シェル最高解像度: 3.28 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.898 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / % possible all: 94.36

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F2T

5f2t


解像度: 3.281→47.116 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 931 5.2 %
Rwork0.264 --
obs0.2662 17906 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.281→47.116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7400 0 174 23 7597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08410682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3932748
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2809-3.45390.43161430.38922307X-RAY DIFFRACTION96
3.4539-3.67020.35081270.31462439X-RAY DIFFRACTION99
3.6702-3.95340.32911250.29692405X-RAY DIFFRACTION100
3.9534-4.3510.28661200.26182455X-RAY DIFFRACTION100
4.351-4.980.28591440.24072432X-RAY DIFFRACTION100
4.98-6.2720.32011510.26982427X-RAY DIFFRACTION99
6.272-47.12080.26871210.23062510X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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