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- PDB-5f2p: Crystal structure of the BRD9 bromodomain in complex with compound 3. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f2p
タイトルCrystal structure of the BRD9 bromodomain in complex with compound 3.
要素BRD9
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain / Inhibitor / REGULATORY PROTEINS
機能・相同性
機能・相同性情報


GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II ...GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily ...Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5TY / Bromodomain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nar, H. / Fiegen, D. / Zoephel, A. / Bader, G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Design of an in Vivo Active Selective BRD9 Inhibitor.
著者: Martin, L.J. / Koegl, M. / Bader, G. / Cockcroft, X.L. / Fedorov, O. / Fiegen, D. / Gerstberger, T. / Hofmann, M.H. / Hohmann, A.F. / Kessler, D. / Knapp, S. / Knesl, P. / Kornigg, S. / ...著者: Martin, L.J. / Koegl, M. / Bader, G. / Cockcroft, X.L. / Fedorov, O. / Fiegen, D. / Gerstberger, T. / Hofmann, M.H. / Hohmann, A.F. / Kessler, D. / Knapp, S. / Knesl, P. / Kornigg, S. / Muller, S. / Nar, H. / Rogers, C. / Rumpel, K. / Schaaf, O. / Steurer, S. / Tallant, C. / Vakoc, C.R. / Zeeb, M. / Zoephel, A. / Pearson, M. / Boehmelt, G. / McConnell, D.
履歴
登録2015年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRD9
B: BRD9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9084
ポリマ－28,5002
非ポリマー4082
水4,234235
1
A: BRD9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4542
ポリマ－14,2501
非ポリマー2041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BRD9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4542
ポリマ－14,2501
非ポリマー2041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.924, 125.413, 29.525
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 BRD9


分子量: 14249.763 Da / 分子数: 2 / 断片: bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8M2
#2: 化合物 ChemComp-5TY / 2-(dimethylamino)-6-methyl-pyrido[4,3-d]pyrimidin-5-one


分子量: 204.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: glycerol ethoxylate, Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→27.04 Å / Num. obs: 25190 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 30.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 20.3 / Num. measured all: 151496 / Scaling rejects: 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 99.5

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all
1.8-1.975.70.4373.33367959270.9730.196
4.42-27.046.40.02357.512074188610.01

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.29データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.4精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HME

3hme


解像度: 1.8→27.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9442 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9272 / SU R Cruickshank DPI: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Blow DPI: 0.12 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.114
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1276 5.08 %RANDOM
Rwork0.2034 ---
obs0.2042 25138 99.22 %-
原子変位パラメータBiso max: 128.45 Å2 / Biso mean: 43.08 Å2 / Biso min: 18.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.0415 Å20 Å20 Å2
2--11.9684 Å20 Å2
3----4.9269 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.301 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→27.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1830 0 30 235 2095
Biso mean--35.66 48.12 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d679SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes36HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes272HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1912HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion241SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2306SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1912HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2569HARMONIC20.8
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.82
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.87 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2364 139 5.16 %
Rwork0.244 2553 -
all0.2436 2692 -
obs--99.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.422-0.1934-0.61697.145-0.0571.02170.1613-0.00710.2470.38090.02080.4213-0.184-0.2984-0.1821-0.10630.09580.0517-0.08620.0099-0.03-19.02378.431-8.8306
22.543-1.76730.66425.7593-0.29532.088-0.1945-0.0601-0.2120.06630.11470.11880.2487-0.03990.0798-0.03030.00180.0483-0.13440.0009-0.0969-27.471342.3255-7.0046
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A22 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B22 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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