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- PDB-5f1z: Structure of TYK2 with inhibitor 16: 3-azanyl-5-[(2~{S})-3-methyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f1z
タイトルStructure of TYK2 with inhibitor 16: 3-azanyl-5-[(2~{S})-3-methylbutan-2-yl]-7-[1-methyl-5-(2-oxidanylpropan-2-yl)pyrazol-3-yl]-1~{H}-pyrazolo[4,3-c]pyridin-4-one
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / complex / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / Interleukin-12 signaling ...type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / Interleukin-12 signaling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-35 Signalling / positive regulation of natural killer cell proliferation / growth hormone receptor binding / extrinsic component of plasma membrane / Other interleukin signaling / Interleukin-20 family signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / MAPK3 (ERK1) activation / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of interleukin-17 production / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of IFNA/IFNB signaling / type II interferon-mediated signaling pathway / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of T cell proliferation / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cellular response to virus / Evasion by RSV of host interferon responses / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of type II interferon production / Interferon alpha/beta signaling / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / intracellular signal transduction / immune response / protein phosphorylation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5U3 / Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Skene, R.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Design and Synthesis of 3-Amino-1,5-dihydro-4H-pyrazolopyridin-4-one Derivatives as Tyrosine Kinase 2 Inhibitors.
著者: Yogo, T. / Nagamiya, H. / Seto, M. / Sasaki, S. / Shih-Chung, H. / Ohba, Y. / Tokunaga, N. / Lee, G.N. / Rhim, C.Y. / Yoon, C.H. / Cho, S.Y. / Skene, R. / Yamamoto, S. / Satou, Y. / Kuno, M. ...著者: Yogo, T. / Nagamiya, H. / Seto, M. / Sasaki, S. / Shih-Chung, H. / Ohba, Y. / Tokunaga, N. / Lee, G.N. / Rhim, C.Y. / Yoon, C.H. / Cho, S.Y. / Skene, R. / Yamamoto, S. / Satou, Y. / Kuno, M. / Miyazaki, T. / Nakagawa, H. / Okabe, A. / Marui, S. / Aso, K. / Yoshida, M.
履歴
登録2015年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2032
ポリマ－34,8451
非ポリマー3581
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.805, 47.805, 476.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1431-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 34844.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYK2 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-5U3 / 3-azanyl-5-[(2~{S})-3-methylbutan-2-yl]-7-[1-methyl-5-(2-oxidanylpropan-2-yl)pyrazol-3-yl]-1~{H}-pyrazolo[4,3-c]pyridin-4-one / 3-アミノ-5-[(S)-1,2-ジメチルプロピル]-7-[1-メチル-5-(1-ヒドロキシ-1-メチルエチル)-1H(以下略)


分子量: 358.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H26N6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% PEG 5000 MME, and 100 mM Sodium Citrate (pH 6.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.3 % / 数: 92057 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 1.03 / D res high: 2.35 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 14704 / % possible obs: 99
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.375010.0680.9946
5.066.3710.0971.0246.9
4.425.0610.0820.9936.7
4.024.4210.0770.9866.5
3.734.0210.0790.9986.4
3.513.7310.0880.9966.7
3.333.5110.11.0126.6
3.193.3310.1541.0636.9
3.073.1910.1671.0297
2.963.0710.1911.0647.1
2.872.9610.2381.1367.1
2.792.8710.2921.0757.3
2.712.7910.3341.0717.4
2.652.7110.351.0997
2.592.6510.4481.136
2.532.5910.4441.0615.2
2.482.5310.4410.9724.9
2.432.4810.4810.9374.8
2.392.4310.5070.874
2.352.3910.5510.9044
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 14704 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 1.03 / Net I/av σ(I): 10.951 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 92057
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.35-2.3940.5516600.90494.6
2.39-2.4340.5076650.8795.1
2.43-2.484.80.4816810.93796.2
2.48-2.534.90.4416820.97297.6
2.53-2.595.20.4447071.06199.4
2.59-2.6560.4487371.1398.8
2.65-2.7170.356691.09999.4
2.71-2.797.40.3347411.07199.7
2.79-2.877.30.2926901.075100
2.87-2.967.10.2387611.136100
2.96-3.077.10.1916971.06499.9
3.07-3.1970.1677411.02999.9
3.19-3.336.90.1547151.063100
3.33-3.516.60.17451.01299.7
3.51-3.736.70.0887430.99699.6
3.73-4.026.40.0797520.99899.7
4.02-4.426.50.0777550.986100
4.42-5.066.70.0827890.993100
5.06-6.376.90.0978151.024100
6.37-5060.0689590.99499.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.49 Å41.24 Å
Translation6.49 Å41.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / WRfactor Rfree: 0.31 / WRfactor Rwork: 0.216 / FOM work R set: 0.7922 / SU B: 29.827 / SU ML: 0.276 / SU R Cruickshank DPI: 2.9907 / SU Rfree: 0.416 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.991 / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 514 4.9 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.2201 10006 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.07 Å2 / Biso mean: 32.71 Å2 / Biso min: 7.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.83 Å20.92 Å20 Å2
2--1.83 Å20 Å2
3----2.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2293 0 26 155 2474
Biso mean--30.25 30.25 -
残基数----281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0192385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0341.983232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70235159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4085278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94723.304112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9315413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5741515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02553
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 30 -
Rwork0.257 664 -
all-694 -
obs--99.14 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.464 Å / Origin y: 16.157 Å / Origin z: 492.21 Å
111213212223313233
T0.0439 Å20.0058 Å2-0.0071 Å2-0.0039 Å2-0.0036 Å2--0.0964 Å2
L0.756 °20.0589 °20.5635 °2-0.7045 °20.2248 °2--2.8657 °2
S-0.006 Å °0.0412 Å °0.0186 Å °-0.1552 Å °-0.027 Å °-0.0049 Å °-0.1921 Å °0.0379 Å °0.0331 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A886 - 1177
2X-RAY DIFFRACTION1A1200
3X-RAY DIFFRACTION1A1301 - 1455

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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