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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5exl | ||||||
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タイトル | FACTOR XIA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR 4-(aminomethyl)-~{N}-[(1~{S})-1-[4-(3-oxidanyl-1~{H}-indazol-5-yl)pyridin-2-yl]-2-phenyl-ethyl]cyclohexane-1-carboxamide | ||||||
![]() | Coagulation factor XIa light chain | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / HYDROLASE / SERINE PROTEASE / BLOOD COAGULATION FACTOR / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wei, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Orally bioavailable pyridine and pyrimidine-based Factor XIa inhibitors: Discovery of the methyl N-phenyl carbamate P2 prime group 著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Pinto, D.J.P. / Orwat, M.J. / Han, W. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Myers Jr., J.E. / Sheriff, S. / Narayanan, R. / ...著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Pinto, D.J.P. / Orwat, M.J. / Han, W. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Myers Jr., J.E. / Sheriff, S. / Narayanan, R. / Harper, T. / Zheng, J.J. / Li, Y.-X. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L. #1: ![]() タイトル: Tetrahydroquinoline Derivatives as Potent and Selective Factor XIa Inhibitors 著者: Quan, M.L. / Wong, P.C. / Wang, C. / Woerner, F. / Smallheer, J.M. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Brown, R.L. / Harpel, M.R. / Luettgen, J.M. / Morin, P.E. / Peterson, T. / Ramamurthy, V. ...著者: Quan, M.L. / Wong, P.C. / Wang, C. / Woerner, F. / Smallheer, J.M. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Brown, R.L. / Harpel, M.R. / Luettgen, J.M. / Morin, P.E. / Peterson, T. / Ramamurthy, V. / Rendina, A.R. / Rossi, K.A. / Watson, C.A. / Wei, A. / Zhang, G. / Seiffert, D. / Wexler, R.R. #2: ![]() タイトル: Phenylimidazoles as Potent and Selective Inhibitors of Coagulation Factor XIa with In Vivo Antithrombotic Activity 著者: Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rossi, K.A. / Smallheer, J.M. / Wang, C. / Sun, Z. / Corte, J.R. / Fang, T. / Wong, P.C. / Rendina, A.R. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Luettgen, J.M. / ...著者: Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rossi, K.A. / Smallheer, J.M. / Wang, C. / Sun, Z. / Corte, J.R. / Fang, T. / Wong, P.C. / Rendina, A.R. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Luettgen, J.M. / Watson, C.A. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Bisacchi, G.S. / Subramaniam, S. / Arunachalam, P. / Mathur, A. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L. #3: ![]() タイトル: Pyridine and Pyridinone-Based Factor XIa Inhibitors 著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Bozarth, J.M. / Barbera, F.A. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Seiffert, D. ...著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Bozarth, J.M. / Barbera, F.A. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L. #4: ![]() タイトル: Structure-based design of inhibitors of coagulation factor XIa with novel P1 moieties 著者: Pinto, D.J.P. / Smallheer, J.M. / Corte, J.R. / Austin, E.J.D. / Wang, C. / Fang, T. / Smith II, L.M. / Rossi, K.A. / Rendina, A.R. / Bozarth, J.M. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / ...著者: Pinto, D.J.P. / Smallheer, J.M. / Corte, J.R. / Austin, E.J.D. / Wang, C. / Fang, T. / Smith II, L.M. / Rossi, K.A. / Rendina, A.R. / Bozarth, J.M. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Sheriff, S. / Myers Jr., J.E. / Morin, P.E. / Luettgen, J.M. / Seiffert, D.A. / Quan, M.L. / Wexler, R.R. #5: ![]() タイトル: Discovery of a Potent Parenterally Administered Factor XIa Inhibitor with Hydroxyquinolin-2(1H)-one as the P2' Moiety 著者: Hu, Z. / Wong, P.C. / Gilligan, P.J. / Han, W. / Pabbisetty, K.B. / Bozarth, J.M. / Crain, E.J. / Harper, T. / Luettgen, J.M. / Myers Jr., J.E. / Ramamurthy, V. / Rossi, K.A. / Sheriff, S. / ...著者: Hu, Z. / Wong, P.C. / Gilligan, P.J. / Han, W. / Pabbisetty, K.B. / Bozarth, J.M. / Crain, E.J. / Harper, T. / Luettgen, J.M. / Myers Jr., J.E. / Ramamurthy, V. / Rossi, K.A. / Sheriff, S. / Watson, C.A. / Wei, A. / Zheng, J.J. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L. #6: ![]() タイトル: Novel phenylalanine derived diamides as Factor XIa inhibitors 著者: Smith II, L.M. / Orwat, M.J. / Hu, Z. / Han, W. / Wang, C. / Rossi, K.A. / Gilligan, P.J. / Pabbisetty, K.B. / Osuna, H. / Corte, J.R. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Wong, P.C. / ...著者: Smith II, L.M. / Orwat, M.J. / Hu, Z. / Han, W. / Wang, C. / Rossi, K.A. / Gilligan, P.J. / Pabbisetty, K.B. / Osuna, H. / Corte, J.R. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Wong, P.C. / Narayanan, R. / Harper, T. / Bozarth, J.M. / Crain, E.J. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Seiffert, D.A. / Quan, M.L. / Lam, P.Y.S. / Wexler, R.R. / Pinto, D.J.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 27600.342 Da / 分子数: 1 / 変異: N113G,T115G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-5SS / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.55 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.6, 26%(w/v) MEPEG2000, 200 MM AMMONIUM SULFATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月24日 / 詳細: MICROMAX CONFOCAL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 17522 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 37.99 Å2 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rejects: 0 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4TY7 解像度: 2.3→22.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9313 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9122 / SU R Cruickshank DPI: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.232 / SU Rfree Blow DPI: 0.196 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.19
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原子変位パラメータ | Biso max: 121.63 Å2 / Biso mean: 29.48 Å2 / Biso min: 10.86 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.253 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→22.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Total num. of bins used: 9
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