PDB-5ewy: Scabin toxin from Streptomyces Scabies in complex with inhibitor P6E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ewy

タイトル

Scabin toxin from Streptomyces Scabies in complex with inhibitor P6E

要素

Putative ADP-Ribosyltransferase Scabin

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / transferase / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

: / : / Scabin-like / nucleotide binding / Chem-5TQ / Putative secreted protein

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces scabiei 87.22 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Ravulapalli, R. / Lyons, B. / Merrill, A.R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Scabin, a Novel DNA-acting ADP-ribosyltransferase from Streptomyces scabies.
著者: Lyons, B. / Ravulapalli, R. / Lanoue, J. / Lugo, M.R. / Dutta, D. / Carlin, S. / Merrill, A.R.

履歴

登録	2015年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月6日	Group: Database references
改定 1.2	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list ...citation / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ewy.cif.gz	112.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ewy.ent.gz	89.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ewy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ewy_validation.pdf.gz	686.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ewy_full_validation.pdf.gz	687.4 KB	表示
XML形式データ	5ewy_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	5ewy_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/5ewy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/5ewy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dazC 5ewkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5daz-d 5ewk-d 4b32-d 5hnm-2 6kfa-d 3v4j-2 4p3h-2 4b2l-d 4b35-d 4b33-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative ADP-Ribosyltransferase Scabin

ヘテロ分子

22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.170, 60.530, 37.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.25, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative ADP-Ribosyltransferase Scabin 分子量: 21992.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces scabiei 87.22 (バクテリア) 株: 87.22 / 遺伝子: SCAB_27771 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C9Z6T8, NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-5TQ / 4-(8-fluoranyl-6-oxidanylidene-1,3,4,5-tetrahydrobenzo[c][1,6]naphthyridin-2-yl)butanoic acid 分子量: 304.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₇FN₂O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 15% w/v PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→49.456 Å / Num. obs: 38076 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 20.44
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データスケーリング

精密化

解像度: 1.4→42.889 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1655	1903	5 %
R_work	0.1528	-	-
obs	0.1534	38050	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→42.889 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1315	0	22	185	1522

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1397
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.014	1918
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.226	510
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	252

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.435	0.3052	132	0.3324	2511	X-RAY DIFFRACTION	98
1.435-1.4738	0.2691	137	0.2624	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4738-1.5172	0.2527	136	0.2255	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5172-1.5662	0.2166	133	0.2093	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5662-1.6222	0.2177	136	0.1873	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6222-1.6871	0.2111	135	0.1764	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6871-1.7639	0.1781	136	0.1646	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7639-1.8569	0.177	135	0.1543	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8569-1.9732	0.1449	138	0.1458	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9732-2.1256	0.2102	135	0.1477	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1256-2.3395	0.17	137	0.1476	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3395-2.678	0.1588	137	0.1459	2597	X-RAY DIFFRACTION	99
2.678-3.3737	0.1719	136	0.1432	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3737-42.9094	0.1273	140	0.1366	2642	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2773	2.5081	2.0009	3.271	1.7183	2.2112	0.6774	0.5539	0.3316	0.1376	-0.183	-0.402	-0.3343	0.343	-0.1425	0.464	0.0554	0.092	0.569	0.051	0.382	42.704	38.4251	2.5186
2	2.4924	-0.6403	-0.5238	1.6749	0.2358	1.5347	0.0431	0.6366	0.1511	-0.2617	0.0019	0.2276	-0.0457	-0.5048	-0.0268	0.1914	-0.0026	-0.0336	0.3352	0.0435	0.184	24.2836	33.9574	8.7965
3	4.5579	-2.5978	-0.3472	4.2626	0.3164	2.1854	-0.1754	0.3006	0.0078	0.0807	0.0872	0.6273	-0.1234	-0.5986	0.1259	0.1745	0.0175	0.0083	0.304	0.0446	0.2445	17.095	36.9922	15.3953
4	2.1861	-0.8201	0.0817	5.3088	-2.8732	5.3034	-0.1123	-0.1371	0.0276	0.1633	0.1103	-0.0331	0.1349	-0.1919	0.0337	0.1736	0.0031	-0.0146	0.1571	-0.0238	0.1491	34.4448	33.5229	23.6489
5	3.6635	-0.3336	-0.9947	4.1999	-0.8951	1.4586	-0.0576	-0.0444	-0.0395	0.3091	0.037	0.2215	-0.0389	-0.1597	0.0109	0.1698	-0.0286	-0.0047	0.1591	-0.0161	0.1261	29.5479	30.0385	18.6916
6	2.8585	-0.9304	-0.4273	4.9424	-2.7683	2.3873	0.0418	-0.2134	0.5712	0.8177	0.1061	0.2655	-1.1971	-0.1897	-0.206	0.3966	0.0726	0.0524	0.1938	0.0148	0.3338	26.7187	47.579	20.6328
7	3.0046	-1.2292	-0.8013	4.7513	-0.3015	1.0733	-0.0179	0.3005	0.01	-0.0503	0.0128	0.1788	0.0574	-0.247	-0.0154	0.129	-0.0275	0.0094	0.1721	-0.0005	0.1145	28.8977	31.8191	13.4693
8	2.2149	-0.0687	0.6073	2.7514	-0.7012	5.2255	-0.0904	-0.0388	-0.1912	0.0868	-0.003	0.0389	0.397	-0.4477	0.0877	0.1613	-0.0169	0.0342	0.1201	-0.0109	0.164	35.4284	22.701	18.0099

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 36 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 89 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 90 through 119 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 120 through 127 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 128 through 144 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 145 through 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 177 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 178 through 200 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)