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万見
- PDB-5eqe: Crystal structure of choline kinase alpha-1 bound by [4-[(4-methy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eqe
タイトルCrystal structure of choline kinase alpha-1 bound by [4-[(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)methyl]phenyl]methanamine (compound 11)
要素Choline kinase alpha
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity ...ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity / lipid transport / Synthesis of PC / cellular response to glucose starvation / lipid droplet / lipid metabolic process / protein tyrosine kinase activity / phosphorylation / protein homodimerization activity / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Choline/ethanolamine kinase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5R8 / Choline kinase alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhou, T. / Zhu, X. / Dalgarno, D.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Novel Small Molecule Inhibitors of Choline Kinase Identified by Fragment-Based Drug Discovery.
著者: Zech, S.G. / Kohlmann, A. / Zhou, T. / Li, F. / Squillace, R.M. / Parillon, L.E. / Greenfield, M.T. / Miller, D.P. / Qi, J. / Thomas, R.M. / Wang, Y. / Xu, Y. / Miret, J.J. / Shakespeare, W.C. ...著者: Zech, S.G. / Kohlmann, A. / Zhou, T. / Li, F. / Squillace, R.M. / Parillon, L.E. / Greenfield, M.T. / Miller, D.P. / Qi, J. / Thomas, R.M. / Wang, Y. / Xu, Y. / Miret, J.J. / Shakespeare, W.C. / Zhu, X. / Dalgarno, D.C.
履歴
登録2015年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Structure summary
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline kinase alpha
B: Choline kinase alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1804
ポリマ－93,7132
非ポリマー4672
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area32840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.671, 120.878, 131.208
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Choline kinase alpha / CK / CHETK-alpha / Ethanolamine kinase / EK


分子量: 46856.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 75-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHKA, CHK, CKI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P35790, choline kinase, ethanolamine kinase
#2: 化合物 ChemComp-5R8 / [4-[(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)methyl]phenyl]methanamine / 1-[4-(アミノメチル)ベンジル]-4-メチルヘキサヒドロ-1H-1,4-ジアゼピン


分子量: 233.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H23N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium formate, 8-12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 35538 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 19.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
CNX位相決定
精密化解像度: 2.4→50 Å / FOM work R set: 0.8176 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 1652 4.7 %
Rwork0.2249 31697 -
obs-33349 94.1 %
原子変位パラメータBiso max: 98.26 Å2 / Biso mean: 39.5985 Å2 / Biso min: 7.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.066 Å20 Å20 Å2
2---0.113 Å20 Å2
3---0.047 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5799 0 149 0 5948
Biso mean--38.74 --
残基数----697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0522
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1022.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 33

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4-2.420.2867440.2974874918
2.42-2.450.3407470.2893846893
2.45-2.480.3688490.3059902951
2.48-2.510.3271470.3067888935
2.51-2.540.3509500.2844908958
2.54-2.570.3299470.2809887934
2.57-2.60.2887410.261901942
2.6-2.630.345510.2634906957
2.63-2.670.3092530.2577919972
2.67-2.710.2372440.2488906950
2.71-2.750.2838530.27179651018
2.75-2.790.3465450.275948993
2.79-2.840.3551660.28649401006
2.84-2.880.3887320.2809965997
2.88-2.940.3283390.26919671006
2.94-2.990.344460.2533950996
2.99-3.050.2793410.25669901031
3.05-3.120.305620.23799851047
3.12-3.190.3194560.26519591015
3.19-3.270.3872560.25410041060
3.27-3.360.1958410.21899671008
3.36-3.460.2228650.22259921057
3.46-3.570.2555440.24299991043
3.57-3.70.2361540.207710011055
3.7-3.850.2893450.22639941039
3.85-4.020.2704660.2059991065
4.02-4.240.2167550.187610141069
4.24-4.50.1919620.17569881050
4.5-4.850.2353440.17110241068
4.85-5.340.2439420.18510251067
5.34-6.110.2067610.196710171078
6.11-7.690.2244600.1910231083
7.69-500.189440.201110441088
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5AP27736_B.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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