PDB-5ek4: Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ek4

タイトル

Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) complexed with NLG919 analogue

要素

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / IDO1 / inhibitor / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / stereocilium bundle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Wu, S.Y. / Peng, Y.H. / Wu, J.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Important Hydrogen Bond Networks in Indoleamine 2,3-Dioxygenase 1 (IDO1) Inhibitor Design Revealed by Crystal Structures of Imidazoleisoindole Derivatives with IDO1
著者: Peng, Y.H. / Ueng, S.H. / Tseng, C.T. / Hung, M.S. / Song, J.S. / Wu, J.S. / Liao, F.Y. / Fan, Y.S. / Wu, M.H. / Hsiao, W.C. / Hsueh, C.C. / Lin, S.Y. / Cheng, C.Y. / Tu, C.H. / Lee, L.C. / ...

履歴

登録	2015年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ek4.cif.gz	316.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ek4.ent.gz	258.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ek4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ek4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ek4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ek2C 5ek3C 5etwC 2d0tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6azu-3 6wjy-2 6e40-2 6e43-2 6kof-2 6e44-4 6azu-4 7a62-1 6e45-2 6e40-3 6o3i-1 6kps-1 6e46-2 4u72-2 6e45-3 7a62-2 6e42-2 5wn8-2 6azu-2 6obo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.768, 92.357, 129.928
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase 分子量: 45384.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-5PF / (1~{R})-1-cyclohexyl-2-[(5~{S})-6-fluoranyl-5~{H}-imidazo[1,5-b]isoindol-5-yl]ethanol 分子量: 300.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₁FN₂O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG, Ammonium Fluoride / PH範囲: 5.5-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.64→30 Å / Num. obs: 30572 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 49.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Χ²: 1.055 / Net I/av σ(I): 19.022 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 164703

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.64-2.73	5.4	0.448	3010	1.051	99.5
2.73-2.84	5.5	0.313	3032	1.063	99.6
2.84-2.97	5.6	0.241	3045	1.045	99.4
2.97-3.13	5.6	0.201	3028	1.037	99.3
3.13-3.33	5.5	0.139	3049	1.099	99.1
3.33-3.58	5.4	0.089	3034	1.097	99.1
3.58-3.94	5.3	0.065	3040	1.067	98.5
3.94-4.51	5.2	0.049	3069	1.021	98.3
4.51-5.68	5.3	0.04	3085	1.011	98.2
5.68-30	5.1	0.038	3180	1.062	96.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.374

	最高解像度	最低解像度
Rotation	28.92 Å	2.8 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2152)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP	11.2.05	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2D0T

2d0t

解像度: 2.64→28.938 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	1446	4.74 %
R_work	0.1832	29085	-
obs	0.1851	30531	98.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.18 Å² / B_iso mean: 57.3557 Å² / B_iso min: 24.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.64→28.938 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5899	0	130	94	6123
B_iso mean	-	-	46.47	50.49	-
残基数	-	-	-	-	745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6185
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.987	8398
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	906
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.896	3673

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.638-2.7322	0.3077	143	0.2459	2754	2897	95
2.7322-2.8415	0.2992	166	0.2434	2868	3034	100
2.8415-2.9707	0.3088	152	0.2457	2904	3056	99
2.9707-3.1271	0.2907	147	0.2511	2893	3040	99
3.1271-3.3228	0.2723	129	0.2387	2938	3067	99
3.3228-3.5789	0.2262	128	0.2078	2909	3037	99
3.5789-3.9383	0.2033	147	0.1728	2911	3058	99
3.9383-4.5063	0.1963	167	0.1504	2903	3070	98
4.5063-5.6705	0.2027	131	0.1504	2962	3093	98
5.6705-28.9401	0.1832	136	0.1478	3043	3179	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2396	0.2551	-1.9726	4.8556	-3.0098	3.3585	0.4744	1.8454	-0.5792	-1.1571	-0.8777	0.7248	0.2892	-1.3228	0.3527	0.5718	0.125	-0.1813	0.8338	-0.2817	0.5705	9.0696	-5.3657	3.4979
2	3.7047	1.1063	-0.0977	3.5998	0.3114	3.5659	-0.2793	0.5481	-0.9923	0.1024	-0.4815	1.3041	0.2524	-1.1712	0.7287	0.4236	-0.0434	0.0854	0.9786	-0.25	0.826	-5.1644	-2.6028	20.2626
3	4.8059	0.5348	-0.9302	3.0589	1.439	5.2552	-0.0236	0.3533	-0.306	0.0953	-0.4952	0.3775	-0.0996	-1.2089	0.416	0.2965	0.0679	0.0212	0.5836	-0.0994	0.4992	3.7444	0.5321	17.1711
4	8.0325	-2.4167	-5.3587	2.2386	2.5266	5.9048	0.346	0.6369	-0.0848	-0.5865	-0.4255	0.0314	-0.3142	-0.3165	0.0347	0.4303	0.1165	0.023	0.4615	0.084	0.3591	25.0043	2.0866	3.0587
5	4.6216	3.844	-2.377	4.7936	-0.7402	4.7114	0.1619	-0.6017	0.0641	0.4503	-0.3259	0.2798	-0.2066	-0.1254	0.1625	0.3479	0.0453	0.0065	0.5476	-0.0278	0.3624	11.0379	7.3999	27.4404
6	5.3522	-0.9868	-1.5738	2.2943	3.1964	4.2886	-0.1068	-0.5314	-0.798	0.5068	-0.3385	0.292	0.6605	-0.3349	0.4077	0.559	0.011	0.0714	0.4735	0.125	0.6491	12.753	-7.8434	25.1944
7	8.3046	-0.174	-2.8572	4.9133	-1.7203	8.7727	-0.1741	-1.2265	-1.265	0.1885	0.0578	-0.0389	0.8225	0.6152	0.0665	0.4984	0.089	0.0541	0.4282	0.1202	0.6029	25.7752	-8.3526	20.8064
8	3.8688	-0.1826	-0.9956	0.978	-0.2763	1.9676	-0.0358	-0.1241	-0.3692	-0.2651	-0.0652	-0.3464	0.1581	0.2745	0.1078	0.3859	0.0936	0.0766	0.368	0.0094	0.3363	30.9723	-2.3565	9.663
9	5.4663	-7.1564	-5.2509	9.3744	6.4985	8.4588	-0.2075	-1.1548	0.3819	0.501	0.5752	-0.3681	0.2712	0.9512	-0.3565	0.3143	-0.0299	-0.0555	0.5077	-0.0226	0.3919	28.082	5.6197	22.9392
10	4.4898	0.8315	1.6644	1.9717	0.0641	4.5388	-0.0846	0.6452	0.1839	-0.1569	-0.0586	-0.3931	-0.2553	0.7949	0.1344	0.3057	-0.005	0.0287	0.4121	0.0794	0.4315	49.7151	-25.9748	23.0981
11	3.8359	1.1552	1.4961	1.8024	0.4836	2.5004	-0.0838	0.1927	-0.0947	-0.0047	-0.0092	-0.0786	0.0739	0.1624	0.092	0.3022	-0.0062	0.0315	0.2168	0.0326	0.2389	36.1241	-31.5658	25.1941
12	4.4584	-1.0979	1.9999	0.3201	-0.4343	3.8535	0.0722	-0.2127	0.4337	0.2054	-0.0883	-0.1539	-0.2525	0.035	0.0389	0.396	-0.0004	-0.015	0.22	0.0305	0.4127	34.0861	-17.4925	29.2473
13	2.6754	-0.4619	2.1857	5.7721	3.2079	4.427	-0.1072	0.111	1.2605	0.1916	-0.0977	0.998	-0.7437	-0.7909	0.3752	0.4587	0.0602	-0.0435	0.3755	0.0853	0.5793	21.0509	-20.9835	25.6079
14	3.2936	0.5925	1.2578	2.46	-0.1449	2.769	-0.0653	-0.0144	0.1721	-0.3195	-0.014	0.3003	0.0681	-0.3496	0.0741	0.3298	-0.0056	-0.0256	0.2637	-0.0628	0.2838	16.9502	-32.6697	20.2616
15	4.1498	-1.9533	5.9922	2.2487	-1.6491	9.4522	-0.1546	-1.4154	0.6429	0.602	-0.3167	0.2707	0.0062	-1.6591	0.322	0.4858	-0.0605	0.1008	0.6938	-0.0797	0.4565	17.2122	-31.8621	35.7217

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 33 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 92 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 159 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 160 through 220 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 221 through 240 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 241 through 276 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 277 through 298 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 299 through 353 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 354 through 401 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 11 through 72 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 73 through 240 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 241 through 276 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 277 through 298 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 299 through 353 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 354 through 403 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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